dcmstack - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

dcmstack - Convertitore da DICOM a NIfTI

DESCRIZIONE

utilizzo: dcmstack [-h] [--force-read] [--file-ext FILE_EXT] [--allow-dummies]

[--dest-dir DEST_DIR] [-o OUTPUT_NAME] [--output-ext OUTPUT_EXT] [-d]
[--embed-meta] [-g GRUPPO_BY] [--voxel-order VOXEL_ORDER] [-t TIME_VAR]
[--var-vettoriale VECTOR_VAR] [--ordine-tempo TIME_ORDER] [--ordine-vettoriale VECTOR_ORDER]
[-l] [--disable-translator DISABLE_TRANSLATOR] [--extract-private] [-i
INCLUDE_REGEX] [-e EXCLUDE_REGEX] [--default-regex] [-v] [--strict] [--version]
[dir_src [dir_src ...]]

Impila i file DICOM da ciascuna directory di origine in volumi da 2D a 5D, estraendo facoltativamente
metadati.

posizionale argomenti:
src_dirs
Le directory di origine che contengono i file DICOM.

opzionale argomenti:
-h, --Aiuto
mostra questo messaggio di aiuto ed esci

Ingresso opzioni:
--lettura forzata
Prova a leggere tutti i file come DICOM, anche se mancano il preambolo.

--file-est FILE_EST
Prova a leggere solo i file con l'estensione specificata. Predefinito: .dcm

--allow-manichini
Consenti file DICOM a cui mancano dati pixel, riempiendo quella parte dell'output
nifti con il massimo valore rappresentabile.

Uscita opzioni:
--dest-dir DEST_DIR
Directory di destinazione, per impostazione predefinita è la directory di origine.

-o USCITA_NOME, --nome-uscita USCITA_NOME
Stringa di formato Python che determina i nomi dei file di output in base ai tag DICOM.

--output-est USCITA_EST
L'estensione per il tipo di file di output. Predefinito: .nii.gz

-d, --dump-meta
Scarica i metadati estratti in un file JSON con lo stesso nome di base del
generato Nifti

--embed-meta
Incorpora i metadati estratti in un'estensione di intestazione Nifti (in formato JSON).

impilabile Opzioni:
-g RAGGRUPPARE PER, --raggruppare per RAGGRUPPARE PER
Elenco separato da virgole di chiavi di metadati con cui raggruppare i file di input in pile.

--voxel-ordine VOXEL_ORDINE
Ordina i voxel in modo che gli indici spaziali inizino da queste direzioni nel paziente
spazio. Le indicazioni nello spazio paziente devono essere fornite come codice di tre caratteri:
(l)eft, (r)ight, (a)nterior, (p)oster, (s)uperior, (i)nferior. Passando un vuoto
stringa disabiliterà il riorientamento. Predefinito: LAS

-t TEMPO_VAR, --time-var TEMPO_VAR
La parola chiave dell'elemento DICOM da utilizzare per ordinare lo stack lungo la dimensione temporale.

--var-vettoriale VETTORE_VAR
La parola chiave dell'elemento DICOM da utilizzare per ordinare lo stack lungo la dimensione del vettore.

--ordine di tempo ORDINE DI TEMPO
Fornire un file di testo con l'ordine desiderato per i valori (uno per riga) di
attributo utilizzato come variabile temporale. Questa opzione è raramente necessaria.

--ordine-vettore VETTORE_ORDINE
Fornire un file di testo con l'ordine desiderato per i valori (uno per riga) di
attributo utilizzato come variabile vettoriale. Questa opzione è raramente necessaria.

Meta Estrazione ed Filtraggio Opzioni:
-l, --list-traduttori
Elenca i traduttori abilitati ed esci

--disabilita-traduttore DISABLE_TRADUTTORE
Disabilita i traduttori per i tag forniti. I tag devono essere forniti nel formato
"0x0_0x0". Più di uno può essere fornito in un elenco separato da virgole. Se la parola "tutti"
è fornito, tutti i traduttori saranno disabilitati.

--estratto-privato
Estrai metadati da elementi privati, anche se non c'è un traduttore. Se la
il valore per l'elemento contiene byte non ASCII verrà comunque ignorato. Il
i metadati estratti possono ancora essere filtrati dalle espressioni regolari.

-i INCLUDE_REGEX, --include-regex INCLUDE_REGEX
Includere eventuali metadati in cui la chiave corrisponde all'espressione regolare fornita. Questo
sovrascriverà qualsiasi espressione di esclusione. Si applica a tutti i metadati.

-e EXCLUDE_REGEX, --exclude-regex ESCLUDE_REGEX
Escludere eventuali metadati in cui la chiave corrisponde all'espressione regolare fornita. Questo
integrerà le espressioni di esclusione predefinite. Si applica a tutti i metadati.

--default-regex
Stampa l'elenco delle espressioni regolari di inclusione ed esclusione predefinite ed esci.

Generale Opzioni:
-v, --verboso
Stampa ulteriori informazioni.

--severa
Fallire alla prima eccezione invece di mostrare un avviso.

--versione
Mostra la versione ed esci.

È VOSTRA RESPONSABILITÀ SAPERE SE ESISTONO INFORMAZIONI SANITARIE PRIVATE NEI METADATI
ESTRATTO DA QUESTO PROGRAMMA.

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