Questo è il comando e-PCR che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici postazioni di lavoro online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
e-PCR — Trova i siti con tag di sequenza (STS) nelle sequenze di DNA
SINOSSI
e-PCR [-hV] [posix-opzioni] stsfile [fast ...] [compat-opzioni]
DESCRIZIONE
Il programma sostituisce l'esplosione nella posizione delle coppie di primer sul genoma che potrebbe
produrre un prodotto di PCR.
VERSIONI
Le opzioni posix sono:
-m=## Margine (predefinito 50)
-w=## Dimensione delle parole (predefinito 7)
-n=## Massime discrepanze consentite (predefinito 0)
-g=## Indel max consentiti (predefinito 0)
-f=## Usa ## parole dissonanti, lento se ##>1
-o=## Imposta file di output
-t=## Imposta il formato di output:
1 - classico, intervallo (pos1..pos2)
2 - classico, punto medio
3 - tabulare
4 - tabellare con allineamento nei commenti (lento)
-d=##-## Imposta l'intervallo di dimensioni predefinito (predefinito 100-350)
-p=+- Attiva/disattiva la post-elaborazione dei risultati
-v=## Flag di verbosità
-a=a|f Usa allineamenti predimensionati (solo se gaps>0), slow
a - Sempre oppure f - come fallback
-x=+- Usa mascheratura minuscola all'estremità 5' dei primer (impostazione predefinita -)
-u=+- Tutti i primer in maiuscolo (predefinito -)
compat-options (duplicate posix-options) sono
M=## Margine (predefinito 50)
W=## Dimensione delle parole (predefinito 7)
N=## Numero di disallineamenti consentiti (predefinito 0)
G=## Indel max consentiti (predefinito 0)
F=## Usa ## parole discontinue
O=## Imposta il file di output su ##
T=## Imposta il formato di output (1..3)
D=##-## Imposta l'intervallo di dimensioni predefinito
P=+- Attiva/disattiva hit post-elaborazione
V=## Flag di verbosità
A=a|f Usa allineamenti predimensionati (solo se gaps>0), slow
a - Sempre oppure f - come fallback
X=+- Usa mascheratura minuscola all'estremità 5' dei primer (impostazione predefinita -)
U=+- Tutti i primer in maiuscolo (predefinito -)
-MID Uguale a T=2
Per informazioni su ulteriori opzioni basta chiamare e-PCR senza alcuna opzione.
Utilizzare l'e-PCR online utilizzando i servizi onworks.net
