Questo è il comando ecoPCR che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
ecoPCR - ricerca dell'ibridazione di sequenza e tassonomia con determinati primer
SINOSSI
ecoPCR [opzioni] <nucleotidico modelli>
DESCRIZIONE
ecoPCR è un software PCR elettronico sviluppato da LECA e Helix-Project. aiuta a
stimare la qualità dei primer per codici a barre.
VERSIONI
-a : Concentrazione di sale in M per il calcolo di Tm (predefinito 0.05 M)
-c : Considera che le sequenze del database sono [c]ircular
-d : [D]database : per corrispondere al formato previsto, il database
deve essere formattato prima dal formato ecoPCRF(1) programma. formato ecoPCRF(1) crea
tre tipi di file:
.sdx : contiene le sequenze
.tdx : contiene informazioni riguardanti la tassonomia
.rdx : contiene il rango della tassonomia
ecoPCR ha bisogno di tutti i tipi di file. Di conseguenza, devi scrivere il database radicale
senza alcuna estensione. Per esempio /ecoPCRDB/gbm
-D : Mantiene il numero specificato di nucleotidi su ciascun lato dell'in silico
sequenze amplificate (incluso il frammento di DNA amplificato più i due target
sequenze dei primer).
-e : [E]rror : errori massimi consentiti dall'oligonucleotide (0 per impostazione predefinita)
-h : [H]elp - stampa aiuto
-i : [I]ignoro l'ID tassonomia specificato.
L'ID tassonomia è disponibile utilizzando il programma ecofind. vedi il suo aiuto digitando ecofind
-h per maggiori informazioni.
-k : [K]modalità regno: imposta la modalità regno
modalità super regno per impostazione predefinita.
-l : minimo [L]ength : definisce la lunghezza minima di amplificazione.
-L : massima [L]ength : definisce la lunghezza massima di amplificazione.
-m : Metodo di correzione del sale per il calcolo di Tm (SANTALUCIA : 1
o OWCZARZY:2, predefinito=1)
-r : [R] limita la ricerca all'id tassonomico specificato.
L'ID tassonomia è disponibile utilizzando il programma ecofind. vedi il suo aiuto digitando ecofind
-h per maggiori informazioni.
primo argomento: oligonucleotide per filamento diretto
secondo argomento: oligonucleotide per il filamento inverso
Descrizione del risultato della tabella:
colonna 1: numero di adesione
colonna 2: lunghezza della sequenza
colonna 3: ID tassonomico
colonna 4: rango
colonna 5: specie tassonomica id
colonna 6: nome scientifico
colonna 7: genere tassonomico id
colonna 8: nome del genere
colonna 9: ID tassonomico familiare
colonna 10: cognome
colonna 11: ID tassonomico del super regno
colonna 12: nome del super regno
colonna 13: filo (diretto o inverso)
colonna 14: primo oligonucleotide
colonna 15: numero di errori per il primo filamento
colonna 16: Tm per l'ibridazione del primer 1 in questo sito
colonna 17: secondo oligonucleotide
colonna 18: numero di errori per il secondo filone
colonna 19: Tm per l'ibridazione del primer 1 in questo sito
colonna 20: lunghezza dell'amplificazione
colonna 21: sequenza
colonna 22: definizione
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