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ecoPCR - Online nel cloud

Esegui ecoPCR nel provider di hosting gratuito OnWorks su Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS

Questo è il comando ecoPCR che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS

PROGRAMMA:

NOME


ecoPCR - ricerca dell'ibridazione di sequenza e tassonomia con determinati primer

SINOSSI


ecoPCR [opzioni] <nucleotidic modelli>

DESCRIZIONE


ecoPCR è un software PCR elettronico sviluppato da LECA e Helix-Project. aiuta a
stimare la qualità dei primer per codici a barre.

VERSIONI


-a : Concentrazione di sale in M ​​per il calcolo di Tm (predefinito 0.05 M)

-c : Considera che le sequenze del database sono [c]ircular

-d : [D]database : per corrispondere al formato previsto, il database
deve essere formattato prima dal formato ecoPCRF(1) programma. formato ecoPCRF(1) crea
tre tipi di file:

.sdx : contiene le sequenze

.tdx : contiene informazioni riguardanti la tassonomia

.rdx : contiene il rango della tassonomia

ecoPCR ha bisogno di tutti i tipi di file. Di conseguenza, devi scrivere il database radicale
senza alcuna estensione. Per esempio /ecoPCRDB/gbm

-D : Mantiene il numero specificato di nucleotidi su ciascun lato dell'in silico
sequenze amplificate (incluso il frammento di DNA amplificato più i due target
sequenze dei primer).

-e : [E]rror : errori massimi consentiti dall'oligonucleotide (0 per impostazione predefinita)

-h : [H]elp - stampa aiuto

-i : [I]ignoro l'ID tassonomia specificato.
L'ID tassonomia è disponibile utilizzando il programma ecofind. vedi il suo aiuto digitando ecofind
-h per maggiori informazioni.

-k : [K]modalità regno: imposta la modalità regno
modalità super regno per impostazione predefinita.

-l : minimo [L]ength : definisce la lunghezza minima di amplificazione.

-L : massima [L]ength : definisce la lunghezza massima di amplificazione.

-m : Metodo di correzione del sale per il calcolo di Tm (SANTALUCIA : 1
o OWCZARZY:2, predefinito=1)

-r : [R] limita la ricerca all'id tassonomico specificato.
L'ID tassonomia è disponibile utilizzando il programma ecofind. vedi il suo aiuto digitando ecofind
-h per maggiori informazioni.

primo argomento: oligonucleotide per filamento diretto

secondo argomento: oligonucleotide per il filamento inverso

Descrizione del risultato della tabella:

colonna 1: numero di adesione

colonna 2: lunghezza della sequenza

colonna 3: ID tassonomico

colonna 4: rango

colonna 5: specie tassonomica id

colonna 6: nome scientifico

colonna 7: genere tassonomico id

colonna 8: nome del genere

colonna 9: ID tassonomico familiare

colonna 10: cognome

colonna 11: ID tassonomico del super regno

colonna 12: nome del super regno

colonna 13: filo (diretto o inverso)

colonna 14: primo oligonucleotide

colonna 15: numero di errori per il primo filamento

colonna 16: Tm per l'ibridazione del primer 1 in questo sito

colonna 17: secondo oligonucleotide

colonna 18: numero di errori per il secondo filone

colonna 19: Tm per l'ibridazione del primer 1 in questo sito

colonna 20: lunghezza dell'amplificazione

colonna 21: sequenza

colonna 22: definizione

Usa ecoPCR online utilizzando i servizi onworks.net


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