Questo è il comando exonerate-server che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
exonerate-server - un server di confronto di sequenze per exonerate
SINOSSI
esonerare-server [ Opzioni ] <indice percorso>
DESCRIZIONE
esonerare-server è un server multi-thread per il programma di allineamento della sequenza esonerato.
Utilizza un insieme di sequenze e un file indice corrispondente per consentire set di dati di grandi dimensioni.
OVERVIEW
In primo luogo, un file .esd il file deve essere creato dai file di sequenza. Il .esd il file è un esonero
Sequence Dataset file e può essere utilizzato per raggruppare insieme qualsiasi set di sequenze in cui ciascuna
sequenze contenenti identificatori univoci. Questo viene fatto usando il fasta2esd utilità.
fasta2esd genoma.fasta genoma.esd
Successivamente, un file .esi file mio essere fatto da .esd file. Il .esi il file è una sequenza esonerata
File di indice e contiene un indice o un insieme di indici corrispondenti a un particolare set di dati.
Questo viene fatto usando il esd2esi utilità.
esd2esi genoma.esd genoma.esi
Una volta che il .esi file è stato generato, il server exonerate può essere avviato.
esonerare-server genoma.esi
Mentre il server è in esecuzione, exonerate può essere utilizzato per interrogare il server sostituendo il
sequenze di destinazione nella riga di comando con il nome del server e il numero di porta. Il
il numero di porta predefinito per il server exonerate è 12886.
scagionare query.fasta localhost: 12886
VERSIONI
Alcune delle opzioni della riga di comando per exonerate-server sono le stesse di
esonerare il client, e questi sono documentati nella pagina man per scagionare. I
altre opzioni che sono specifiche per esonerare-server sono documentati qui.
--porta
Specificare la porta su cui il server dovrebbe ascoltare. Per impostazione predefinita, esonerare-server
ascolterà sulla porta 12886, ma con questa opzione possono essere specificate porte alternative.
--ingresso <indice file>
Specificare il file indice da utilizzare all'avvio del server. Questa opzione è
obbligatorio. Il file indice è a .esi file generato dal esd2esi utilità.
--precarica
Di default gli indici contenuti nel .esi file e le sequenze a cui si fa riferimento in
corrispondente .esd vengono caricati in memoria all'avvio del server.
Ciò è necessario per ottenere prestazioni veloci che altrimenti sarebbero ostacolate da
frequenti accessi al disco. Questa opzione consente di eseguire il precarico dell'indice e della sequenza
disattivato, che consente al server di funzionare molto più lentamente, ma più velocemente
avvio e un footprint di memoria inferiore. Non è consigliabile disattivare il precaricamento
a meno che non si effettui il test o il debug del server.
--maxconnessioni
Il server è multithread. Questa opzione imposta il numero di processi client che
possono connettersi contemporaneamente al server. Per una buona prestazione, è
non deve essere impostato su un numero di CPU superiore al numero di CPU su cui è
il server è in esecuzione.
--verbosità
Imposta il livello di dettaglio per il server. Se è zero, il server sarà silenzioso,
e più alto è il numero, più messaggi vengono segnalati dal server su cosa
sta succedendo.
INTERFACCIA
Questa sezione documenta l'interfaccia di comunicazione tra
il client e il server. L'interfaccia è documentata per le persone che desiderano scrivere
il proprio server personalizzato per sedersi dietro esonerare - per il normale uso di esonerare, è
non è necessario saperlo.
L'interfaccia funziona dal client che invia semplici righe di comando e dall'invio del server
semplici righe di risposta su un socket. Tutti i comandi e le risposte sono semplici righe di ASCII
text, quindi è possibile utilizzare telnet come client per testare un server.
Qualsiasi comando è una singola riga di testo, ma una risposta può contenere molte righe di testo. Il
le risposte sono sotto forma di :
Qualsiasi risposta può includere righe con il tag avvertimento: or errore: Strumenti Bowman per analizzare le seguenti finiture: avvertimento: ed errore: tag
vengono ripetuti dal client e il client uscirà dopo aver ricevuto qualsiasi errore: rispondere.
Quando il server restituisce una risposta multilinea, la prima riga deve mostrare il numero di
righe nell'intera risposta come: numero di righe: Per esempi, vedere le risposte del ottenere
hsp comandi nella sessione di esempio di seguito.
Il client aprirà solo una singola connessione a qualsiasi server, anche se multithread
server è ovviamente necessario per consentire a più client di connettersi contemporaneamente.
Comandi ed risposte utilizzato in per , il interfaccia.
Comando: versione
Risposta: versione
Comando: exit
Rispondi: (nessuna risposta - il server chiude la connessione)
Comando: dbinfo
Risposta: dbinfo:
I dbinfo Il comando restituisce informazioni sul database caricato sul server.
I campi restituiti sono:
o DNA o proteine
o softmasked o smascherato
il numero di sequenze nel database
la lunghezza della sequenza più lunga nel database
la lunghezza totale di tutte le sequenze nel database
Comando: ricerca
Risposta: ricerca:
Il comando lookup viene utilizzato per mappare un identificatore esterno su un interno
identificatore.
Comando: ottenere info
Risposta: seqinfo: [ ]
Il comando get info restituisce informazioni su una sequenza nel database. Il
i campi restituiti sono:
la lunghezza della sequenza
un checksum in formato gcg (vedi sotto)
l'id esterno (es. dall'intestazione fasta)
una riga di descrizione per la sequenza (anche dal fasta
intestazione), questo campo è facoltativo e può essere omesso.
Comando: ottenere ss
Risposta: seq:
Il comando get seq restituisce un'intera sequenza su una riga.
Comando: ottenere sottosequenza
Risposta: sottosequenza:
Il comando get subseq restituisce parte di una sequenza. L'inizio della sequenza è
posizione zero. per esempio. get subseq 0 0 10 restituirà le prime 10 basi del
prima sequenza nel database.
Comando: set domanda
Risposta: ok:
Il comando seq query viene utilizzato per inviare una sequenza di query al server. Esso
restituisce la lunghezza della sequenza e un checksum gcg
Comando: revcomp
Risposta: ok: filo
Il comando query revcomp rende il server complementare alla query. Questo
è quello di risparmiare la larghezza di banda dell'invio della query due volte.
Il comando revcomp target è dire al server di trattare il database come se fosse il suo
complemento inverso. Il client invia questo comando solo durante la ricerca a
database tradotto, quindi non è necessario implementarlo per la maggior parte dei tipi di ricerca.
Comando: set param
Risposta: ok:
Il comando set parameter invia i parametri dalla riga di comando esoneri a
il server. Questi comandi possono essere tutti ignorati dal client per una base
implementazione, ma non può essere ignorato per prestazioni ottimali.
Comando: ottenere hsp
Risposta: hspset: { }
Oppure: hspset: vuoto
Il comando get hsps è il comando principale per ottenere set di hsps. Il server
può restituire più hspset. I campi restituiti sono:
L'ID interno della sequenza di destinazione per questi HSPset.
La posizione di inizio della query hsp
La posizione iniziale del target hsp
La lunghezza dell'hsp
Gli ultimi tre campi rappresentano un HSP e possono essere ripetuti molte volte su uno
hspset: riga di risposta.
A semplice esempio cliente server dialogo.
% telnet host locale 12886
Cercando 127.0.0.1 ...
Connesso a localhost.localdomain.
Il carattere di escape è '^]'.
% versione
versione: exonerate-server 2.0.0
% dbinfo
dbinfo: dna softmasked 100000 1701 38113579
% ricerca AA159529.1
ricerca: 88065
% ottieni informazioni 88065
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Stratagene pancreas (#937208) Homo sapiens cDNA
% ottieni sequenza 88065
seguito: NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% ottieni sottoseq 88065 10 20
sottoseq: TTTTCTGCTGNATCCTCTTC
% imposta query NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
bene: 62 2028
% ottieni hsps
numero di righe: 15
hspset: 12423 1 349 41
hspset: 44900 1 356 47
sethsp: 61781 1 358 41 36 392 26
sethsp: 70065 1 349 41 36 383 26
hspset: 88065 1 1 61
sethsp: 91032 1 357 41 36 391 26
sethsp: 91442 1 350 41 36 384 26
sethsp: 92971 1 348 41 36 382 26
hspset: 94311 1 375 41
sethsp: 95381 1 346 41 36 380 26
sethsp: 96808 10 385 32 36 410 26
hspset: 88449 18 11 22
hspset: 91036 6 6 56
hspset: 93736 36 400 26
% query di ricomp
ok: interroga il filo revcomp
% ottieni hsps
numero di righe: 6
sethsp: 12564 0 64 26 20 83 41
hspset: 61780 0 266 61
hspset: 29148 0 116 61
hspset: 25849 15 445 22
hspset: 93938 26 265 34
% Uscita
Connessione chiusa da host straniero.
AMBIENTE
Non ancora documentato.
ESEMPI
1. Esempio di creazione di un indice tradotto ed esecuzione di una ricerca veloce protein2genome utilizzando
esonerare-server
fasta2esd genomica.umana.fasta genomica.umana.esd esd2esi --translate sì human.genomic.esd
trans.esi.genomico.umano esonerare-server --port 1234 human.genomic.trans.esi scagionare
pep.fasta localhost:1234 --model p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250
VERSIONE
Questa documentazione accompagna la versione 2.2.0 del pacchetto exonerate.
Usa esonerato-server online utilizzando i servizi onworks.net
