Questo è il comando gbrowse che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici postazioni di lavoro online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
GBrowse2 - Il browser del genoma generico
SINOSSI
libgbrowse-perl [-H]
MONTAGGIO
Se Apache2 è installato sul sistema, il software lo ha configurato per collegare gli URL a
G Sfoglia le directory. È necessario riavviare Apache per tenerne conto.
La configurazione è disponibile nel file /etc/gbrowse2/apache2.conf.
Se viene utilizzato un altro server Web, si dovrebbe fare riferimento al modello apache2 per mappare gli URL in
allo stesso modo.
DIPENDENZE
Esistono ulteriori dipendenze perl opzionali per fornire funzionalità aggiuntive. Per favore, riferisci
a Moduli opzionali nel file INSTALL per ulteriori informazioni.
CONFIGURAZIONE
gsfoglia2 I file di configurazione si trovano in /etc/gbrowse. Il file di configurazione principale è
GBrowse.conf. Contiene gli elementi di configurazione globale. File di configurazione specifici
si trovano nella stessa directory per banca dati. Per maggiori dettagli, si dovrebbe fare riferimento al
G Sfoglia la documentazione.
L'installazione è fornita con un campione di genoma del lievito.
DESCRIZIONE
GBrowse è un semplice ma altamente
browser del genoma basato sul web configurabile. È un componente del
Progetto di database di sistemi di organismi modello generici (GMOD).
Alcune delle sue caratteristiche:
* Panoramica simultanea e viste dettagliate del genoma;
* Scorri, ingrandisci, centra;
* Allega URL arbitrari a qualsiasi annotazione;
* L'ordine e l'aspetto delle tracce sono personalizzabili dall'amministratore e
utente finale;
* Ricerca per ID annotazione, nome o commento;
* Supporta annotazioni di terze parti utilizzando i formati GFF;
* Le impostazioni persistono tra le sessioni;
* Dump di DNA e GFF;
* Connettività a diversi database, inclusi BioSQL e Chado;
* Supporto multilingue;
* Caricamento di funzionalità di terze parti;
* Architettura plug-in personalizzabile (ad esempio, esegui BLAST, scarica e importa molti)
formati, trovare oligonucleotidi, progettare primer, creare mappe di restrizione,
funzioni di modifica).
WEB ACCESSO
GBrowse è accessibile all'URL http://localhost/gbrowse2
Usa gbrowse online utilizzando i servizi onworks.net
