genoma-music-bmr-calc-wig-covgp - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

genome music bmr calc-wig-covg - Conta le basi coperte per gene per ogni traccia wiggle data
file di formato.

VERSIONE

Questo documento descrive la musica del genoma bmr calc-wig-covg versione 0.04 (2016-01-01 at
23:10:18)

SINOSSI

genoma musica bmr calc-wig-covg --roi-file=? --sequenza-riferimento=? --lista-parrucca=?
--dir-output=?

Uso generale:

... musica bmr calc-wig-covg \
--wig-list input_dir/wig_list \
--dir-output dir_output/ \
--sequenza-riferimento input_dir/all_sequences.fa \
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv

OBBLIGATORIO ARGOMENTI

file-roi Testo
Elenco delimitato da tabulazioni di ROI [chr start stop gene_name] (vedi descrizione)

sequenza di riferimento Testo
Percorso alla sequenza di riferimento in formato FASTA

lista delle parrucche Testo
Elenco delimitato da tabulazioni di file WIG [sample_name wig_file] (vedi descrizione)

dir-output Testo
Directory in cui verranno scritti i file di output e le sottodirectory

DESCRIZIONE

Questo script conta le basi con una copertura sufficiente nelle ROI di ciascun gene da dato
wiggle track file in formato e li classifica in - conteggi AT, CG (non CpG) e CpG.
Somma anche questi conteggi di base su tutte le ROI di ciascun gene per ciascun campione, ma
le basi coperte che si trovano all'interno di ROI sovrapposte non vengono conteggiate più di una volta per
questi conteggi totali.

ARGOMENTI

--roi-file
Le regioni di interesse (ROI) di ciascun gene sono tipicamente regioni mirate per
sequenziamento o vengono uniti loci esoni (da più trascrizioni) di geni con 2-bp
fianchi (giunzioni di giunzione). Per i conteggi delle basi per gene, una base sovrapposta sarà
contato ogni volta che compare in una ROI dello stesso gene. Per evitare questo, assicurati di
fondere insieme ROI sovrapposti dello stesso gene. MergeBed di BEDtools può aiutare se usato
per gene.
--sequenza-di-riferimento
La sequenza di riferimento in formato FASTA. Se non viene trovato un indice di sequenza di riferimento
accanto a questo file (un file .fai), verrà creato.
--lista-parrucca
Fornire un file contenente i nomi dei campioni e le posizioni dei file in formato traccia wiggle per
ogni. Usa il formato delimitato da tabulazioni [sample_name wig_file] per riga. Colonne aggiuntive
come i dati clinici sono consentiti, ma ignorati. Il nome_campione deve essere lo stesso del
nomi dei campioni di tumore utilizzati nel file MAF (16a colonna, con l'intestazione
Tumore_campione_codice a barre).
--dir-output
Specificare una directory di output in cui verrà creato/scritto quanto segue: roi_covgs:
Sottodirectory contenente i conteggi delle basi coperti per ROI per ciascun campione. gene_covgs:
Sottodirectory contenente i conteggi delle basi coperti per gene per ciascun campione. total_covgs:
File contenente le coperture complessive non sovrapposte per campione.

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