Questo è il comando genome-music-galaxyp che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
genome music galaxy - Esegui la suite completa di strumenti MuSiC in sequenza.
VERSIONE
Questo documento descrive Genome Music Galaxy versione 0.04 (2016/01/01 at 23:10:18)
SINOSSI
genoma musica galassia [--output-dir=?] --bam-list=? --output-bundle=? --roi-file=?
--sequenza-riferimento=? --maf-file=? --pathway-file=? [--numeric-clinical-data-file=?]
[--file-di-dati-clinici-categorici=?] [--file-matrice-di-mutazioni=?] [--permutazioni=?]
[--normal-min-profondità=?] [--tumor-min-profondità=?] [--min-mapq=?] [--show-skipped]
[--genes-to-ignore=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--metodo-di-test-dati-numerici=?] [--skip-low-mr-genes] [--max-fdr=?]
[--tipo-di-dati-genetici=?] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups=?]
[--separate-troncations] [--merge-concurrent-muts] [--skip-non-coding] [--skip-silent]
[--min-mut-genes-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--processori=?] [--aa-range=?]
[--nuc-range=?] [--reference-build=?] [--mostra-successi-noti] [--glm-clinical-data-file=?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir=?] [--cosmic-dir=?] [--verbose]
[--file-matrice-di-correlazione-clinica=?]
Questo strumento prende come parametri tutte le informazioni necessarie per eseguire i singoli strumenti. Un
esempio di utilizzo è:
... riproduzione musicale \
--bam-list input/bams_to_analyze.txt \
--file-numeric-clinical-data-input/numeric_clinical_data.csv \
--maf-file input/mioMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
--file-percorso input/db_percorso \
--reference-sequence input/refseq/all_sequences.fa \
--roi-file input/all_coding_regions.bed \
--gene-tipo di dati genetici
OBBLIGATORIO ARGOMENTI
bam-lista Testo
Elenco delimitato da tabulazioni di file BAM [sample_name normal_bam tumor_bam]
bundle di output Testo
Posizione in cui Galaxy desidera salvare il pacchetto di output musicali
file-roi Testo
Elenco delimitato da tabulazioni di ROI [chr start stop gene_name]
sequenza di riferimento Testo
Percorso alla sequenza di riferimento in formato FASTA
file maf Testo
Elenco delle mutazioni che utilizzano le specifiche TCGA MAF v2.3
percorso-file Testo
File delimitato da tabulazioni di informazioni sul percorso
OPTIONAL ARGOMENTI
dir-output
Directory in cui verranno scritti i file di output e le sottodirectory
Valore predefinito '' se non specificato
file-dati-numerici-clinici Testo
Tabella dei campioni (y) vs. categoria di dati clinici numerici (x)
file-dati-clinici-categoriali Testo
Tabella dei campioni (y) vs. categoria di dati clinici categorici (x)
file-matrice-mutazione Testo
Memorizzare facoltativamente la matrice sample-vs-gene utilizzata durante i calcoli.
permutazioni Numero
Numero di permutazioni utilizzate per determinare i valori P
normale-min-profondità Numero intero
La profondità di lettura minima per considerare coperta una base BAM normale
tumore-min-profondità Numero intero
La profondità di lettura minima per considerare una base Tumore BAM come coperta
min-mapq Numero intero
La qualità di mappatura minima delle letture da considerare per i conteggi della profondità di lettura
spettacolo saltato Booleano
Segnala ogni mutazione saltata, non solo quante
Valore predefinito 'false' (--noshow-skipped) se non specificato
no-show saltato Booleano
Rendi "falso" saltato lo spettacolo
geni-da-ignorare Testo
Elenco delimitato da virgole di geni da ignorare per i tassi di mutazione di fondo
bmr Numero
Tasso di mutazione di fondo nelle regioni bersaglio
max-prossimità Testo
Distanza massima AA tra 2 mutazioni
file-modificatore-bmr Testo
Elenco delimitato da tabulazioni di valori per gene che modificano il BMR prima del test [gene_name
bmr_modificatore]
metodo-test-dati-numerici Testo
O 'cor' per la correlazione di Pearson o 'wilcox' per il test Wilcoxon Rank-Sum per
dati clinici numerici.
Valore predefinito 'cor' se non specificato
geni skip-low-mr Booleano
Salta il test dei geni con MR inferiore al MR di fondo
Valore predefinito 'true' se non specificato
geni noskip-low-mr Booleano
Rendi "falsi" i geni skip-low-mr
max-fdr Numero
Il tasso massimo consentito di falsa scoperta per un gene da considerare un SMG
Valore predefinito '0.2' se non specificato
tipo-dati-genetici Testo
I dati nel file matrice devono essere dati di tipo "gene" o "variante"
wu-annotation-header Booleano
Usalo per impostare come impostazione predefinita le intestazioni del formato di annotazione wustl
nowu-annotation-header Booleano
Rendi "false" le intestazioni delle annotazioni wu
bmr-gruppi Numero intero
Numero di gruppi di campioni con BMR comparabili
Valore predefinito '1' se non specificato
troncamenti-separati Booleano
Raggruppa le mutazioni tronche come una categoria separata
Valore predefinito 'false' (--noseparate-troncations) se non specificato
noseparate-troncamenti Booleano
Rendi "false" i troncamenti separati
unione-concurrent-muts Booleano
Mutazioni multiple di un gene nello stesso campione sono trattate come 1
Valore predefinito 'false' (--nomerge-concurrent-muts) se non specificato
nomerge-concurrent-muts Booleano
Rendi 'false' merge-concurrent-muts
salta non codifica Booleano
Salta le mutazioni non codificanti dal file MAF fornito
Valore predefinito 'true' se non specificato
noskip-non codifica Booleano
Rendi 'falso' il non codificare
salta-silenzioso Booleano
Salta mutazioni silenziose dal file MAF fornito
Valore predefinito 'true' se non specificato
noskip-silenzioso Booleano
Rendi "falso" il silenzio-salto
min-mut-geni-per-path Numero intero
I percorsi con meno geni mutati di questo verranno ignorati
Valore predefinito '1' se non specificato
glm-file-modello Testo
File che descrive il tipo di modello, variabile di risposta, covarianti, ecc. per il GLM
analisi. (Vedi la descrizione).
processori Numero intero
Numero di processori da utilizzare in SMG (richiede pacchetti R "foreach" e "doMC")
Valore predefinito '1' se non specificato
aa-gamma Numero intero
Imposta quanto è vicina una corrispondenza "vicina" durante la ricerca di un amminoacido vicino ai risultati
Valore predefinito '2' se non specificato
gamma-nuc Numero intero
Imposta quanto è vicina una corrispondenza "vicina" durante la ricerca della posizione del nucleotide vicino ai risultati
Valore predefinito '5' se non specificato
costruzione di riferimento Testo
Metti "Build36" o "Build37"
Valore predefinito 'Build37' se non specificato
show-noti-hit Booleano
Quando una scoperta è nuova, mostra AA noto in quel gene
Valore predefinito 'true' se non specificato
successi-noshow Booleano
Rendi "false" le hit famose
glm-file-dati-clinici Testo
Tratti clinici, profili mutazionali, altri dati clinici misti (vedi DESCRIZIONE).
usa-maf-in-glm Booleano
Imposta questo flag per utilizzare la matrice delle varianti creata dal file MAF come input della variante a
Analisi GLM.
Valore predefinito 'false' (--nouse-maf-in-glm) se non specificato
nouse-maf-in-glm Booleano
Usa-maf-in-glm 'falso'
oimaa-dir sentiero
cartella del database delle mutazioni degli amminoacidi omim
cosmico-dir sentiero
cartella del database delle mutazioni degli aminoacidi cosmici
verboso Booleano
accendere per visualizzare un output di lavoro più grande
Valore predefinito 'true' se non specificato
norvegesi Booleano
Rendi "falso" verboso
file-matrice-di-correlazione-clinica Testo
Memorizzare facoltativamente la matrice sample-vs-gene utilizzata internamente durante i calcoli.
DESCRIZIONE
Questo comando può essere utilizzato per eseguire tutti gli strumenti di analisi MuSiC su un insieme di dati. Per favore
vedere i singoli strumenti per un'ulteriore descrizione dei parametri.
AUTORI
Thomas B. Mooney, MS
CREDITS
Si prega di vedere i crediti per genoma-musica(1).
Usa genome-music-galaxyp online utilizzando i servizi onworks.net
