geom - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

geom - analizza un input di geometria molecolare in coordinate cartesiane.

DESCRIZIONE

Il programma geome legge un insieme di coordinate cartesiane e ne determina il legame
distanze (Bohr e angstrom), angoli di legame, angoli di torsione, angoli fuori piano
(opzionale), momenti di inerzia e costanti di rotazione.

FILE OBBLIGATORIO

input.dat - File di input
e uno dei seguenti:
geom.dat - file di geometria
file11.dat - file di geometria/gradiente in formato PSI

FILE GENERATO

geom.out - file contenente l'analisi

INGRESSO VERSIONI

I geome programma ha le seguenti opzioni:

-h Stampa le informazioni della guida (queste opzioni).

-assi [Nome del file]
Leggi l'input in un formato di output ACES, con ogni riga costituita da atomico
simbolo, numero atomico e coordinate cartesiane (in Bohr). L'argomento opzionale
è il nome del file di input della geometria, che per impostazione predefinita è geom.dati.

-qchem [Nome del file]
Leggi l'input in un formato di output QCHEM, con ogni riga costituita dall'atomo
numero, il simbolo atomico e le coordinate cartesiane (in Angstroms). L'opzionale
argomento è il nome del file di input della geometria, che per impostazione predefinita è geom.dati.

-xyz [Nome del file]
Leggi l'input in un formato di output XYZ. La prima riga contiene il numero di
atomi e la seconda riga è una riga di commento. Le righe successive contengono ciascuna il
simbolo atomico e coordinate cartesiane XY e Z (in Angstroms). L'opzionale
argomento è il nome del file di input della geometria, che per impostazione predefinita è geom.dati.

-ops Stampa angoli fuori piano, dove l'angolo abcd è definito come l'angolo formato
dal vettore ad e dal piano definito dagli atomi b, c e d.

DO_OOP = booleano
Uguale all'opzione della riga di comando -oop descritta sopra.

ISOTOPI = matrice of reali/stringhe
Utilizzato per specificare le masse da utilizzare nel calcolo del centro di massa e
costanti rotazionali. Viene fornito un array per ogni isotopomero da calcolare.
Gli array possono mescolare numeri in virgola mobile con stringhe che designano isotopi.
Se questo array non viene fornito ed è presente file11.dat, le masse saranno
ottenuto convertendo i numeri atomici in file11. Se le masse non sono date da
ISOTOPI o da file11, non verranno calcolate grandezze riferite alla massa.

-g [Nome del file]
Legge le coordinate cartesiane da un file diverso da file11.dat. Se il nome di un file non lo è
dato, il valore predefinito è geom.dat. Si presume che il file alternativo sia in un formato
simile a quello del geom.dat del PSI. Poiché tali file non contengono numeri atomici,
i momenti di inerzia e le costanti di rotazione non vengono calcolati se questa opzione
viene utilizzato.

LEGGI_GEOM = booleano
Questa opzione in input.dat dice geome per leggere la geometria da geom.dat nel PSI
formato geom.dat.

-a Parametri di stampa per tutte le distanze di coppia.

STAMPA_ALL_DIST = booleano
Uguale a -a flag descritto sopra.

-d distanza
Stampa solo i parametri che coinvolgono coppie di atomi inferiori a distanza bohr
a parte (il valore predefinito è 4.0 bohr).

STAMPA_DISTANZA = APPREZZIAMO
Uguale al flag -d descritto sopra.

-angstrom
Le coordinate di input sono in angstrom, non in bohr.

ANGSTROM = booleano
If TRUE, le coordinate di input sono in angstrom anziché in bohr. L'impostazione predefinita è
FALSO.

L'esempio seguente serve per calcolare le informazioni geometriche per l'acqua con
diversi isotopi. La geometria viene letta da geom.dat anziché da
file11.dat.

geom: (
read_geom = vero
isotopi = (
(OHH)
(STRANO)
(O18 1.007825 1.007825)
))

5 giugno, 1998 geome(1)

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