Questo è il comando gff2ps che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gff2ps - Produce output grafico PostScript da file GFF.
SINOSSI
gff2ps [opzioni] --gff_files
DESCRIZIONE
Questo programma disegna DotPlot pieni di colori da file con campi dati in formato gff. IL
il programma prende come input le caratteristiche annotate su una sequenza genomica in formato GFF e
produce un output visivo in PostScript.
VERSIONI
-h Mostra il riepilogo delle opzioni.
-H
Mostra solo la guida per l'opzione specificata.
-V Modalità dettagliata, un report completo viene inviato all'errore standard (per impostazione predefinita invia solo
Avvertenze).
-v Modalità silenziosa: disabilita tutti gli avvisi, nessun messaggio inviato all'errore standard.
-d Scrivi (o riscrivi se esiste) il file personalizzato predefinito.
-D
Crea un nuovo file personalizzato predefinito con il nome file specificato.
-C
Carica il file personalizzato specificato e aggiungilo al file personalizzato predefinito (.gff2psrc).
-s
Utile per modificare la dimensione della pagina (il valore predefinito è a4).
-p Cambia l'orientamento della pagina in Verticale (l'impostazione predefinita è Orizzontale).
-G
Imposta il colore per il PRIMO PIANO (l'impostazione predefinita è il nero).
-g
Imposta il colore per lo SFONDO (il valore predefinito è bianco).
-P <#> Imposta il numero di pagine necessarie per dividere l'output (il valore predefinito è uno).
-S <#> Zoom primo nucleotide (l'impostazione predefinita è l'origine della sequenza).
-E <#> Zoom ultimo nucleotide (l'impostazione predefinita è la lunghezza della sequenza).
-B <#> Imposta i blocchi per pagina (il valore predefinito è uno).
-N <#> Imposta i nucleotidi per riga (l'impostazione predefinita è la posizione della sequenza più grande dall'input gff-
File).
-b Blocca da sinistra a destra e dall'alto verso il basso (l'impostazione predefinita è prima dall'alto al basso).
-L Disattiva l'intestazione (area del titolo).
-T
Definizione del titolo (l'impostazione predefinita è l'immissione del nome file gff).
-t
Definizione dei sottotitoli (il valore predefinito è nessuno).
-l Non mostra la numerazione delle pagine.
-O Non mostra la data.
-o Non mostra l'ora.
-M <#> Numero di segni di graduazione principali per riga (predefinito 10).
-K <#> I segni di graduazione principali scalano i nucleotidi, l'impostazione predefinita è la lunghezza dei nucleotidi per le linee
diviso per il numero dei segni di graduazione principali (vedi opzione -T).
-m <#> Numero di segni di graduazione minori tra segni di graduazione principali (predefinito 10).
-k <#> La scala dei segni di graduazione minori nei nucleotidi è la dimensione predefinita dei segni di graduazione principali divisa per
numero di segni di spunta minori (vedi opzione -t).
-w, -f Disattiva la visualizzazione degli elementi forward-strand (Watson).
-C, -r Disattiva la visualizzazione degli elementi del filo inverso (Crick).
-i Disattiva la visualizzazione degli elementi indipendenti dal filo.
-0
Imposta il colore per la cornice "0" (il valore predefinito è blu).
-1 Imposta il colore per la cornice "1" (l'impostazione predefinita è rossa).
-2 Imposta il colore per la cornice "2" (l'impostazione predefinita è verde).
-3 Imposta il colore per la cornice "." (l'impostazione predefinita è arancione).
-n Disattiva le etichette per le posizioni degli elementi.
-a Disattiva la riga CopyRight sulla trama.
AMBIENTE VARIABILI
Esistono tre variabili ambientali che possono essere impostate dagli utenti in base alle proprie preferenze:
+ Puoi specificare il percorso in cui GFF2PS può trovare i file predefiniti con la shell
variabile "GFF2PS_CFDIR". Il valore predefinito è il percorso in cui stai eseguendo GFF2PS.
+ Puoi anche definire il nome file personalizzato predefinito che ti piacerà con la variabile
"GFF2PS_CUSTOMFILE", il nome file predefinito del programma per il file personalizzato è ".gff2psrc".
+ GFF2PS deve scrivere alcuni file temporanei in una directory con i permessi correnti
utente di leggere e scrivere. Il percorso predefinito della directory temporanea è impostato su "/ Tmp /" ma tu puoi
assegnare un diverso percorso temporaneo alla directory utilizzando la variabile "GFF2PS_TMP".
Impostazione di queste variabili in Bourne-shell (bash):
esporta GFF2PS_CFDIR="percorso"
esporta GFF2PS_CUSTOMFILE="nome_file"
esporta GFF2PS_TMP="percorso"
Utilizzando una C-Shell (csh):
setenv GFF2PS_CFDIR "percorso"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "nome_file"
setenv GFF2PS_TMP "percorso"
COMMENTI
*I colori definiti sono:
Colori base: bianco nero
Colori variabili: grigio magenta viola blu azzurro ciano verde mare verde lime giallo
arancio rosso marrone
Puoi ottenere cinque tonalità di colore da Variable Colors con "verydark", "dark", "light" e
prefissi "molto leggeri". Un esempio: verydarkseagreen darkseagreen seagreen lightseagreen
molto chiaro verde mare
*Le dimensioni della pagina definite sono:
Da A0 a A10, da B0 a B10, 10x14, executive, folio, ledger, legal, letter, quarto,
dichiarazione e tabloid.
Utilizza gff2ps online utilizzando i servizi onworks.net
