Questo è il comando glam2scan che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
glam2scan - trova un motivo GLAM2 in un database
SINOSSI
glam2scan [Opzioni] alfabeto mio_motivo.glam2 my_seq.fa
Un alfabeto diverso da p or n viene interpretato come il nome di un file alfabetico.
DESCRIZIONE
glam2scan trova corrispondenze, in un database di sequenze, a un motivo scoperto da glamour2. Ogni
match riceve un punteggio, che indica quanto bene si adatta al motivo.
VERSIONI (PREDEFINITO IMPOSTAZIONI)
-h
Mostra tutte le opzioni e le loro impostazioni predefinite.
-o
File di uscita (stdout).
-n
Numero di allineamenti da segnalare (25).
-2
Esaminare entrambi i fili: complemento diretto e inverso.
-D
Pseudocount di cancellazione (0.1).
-E
Pseudocount senza cancellazione (2.0).
-I
Pseudocount inserimento (0.02).
-J
Pseudocount senza inserimento (1.0).
-d
File di miscela Dirichlet.
Usa glam2scan online utilizzando i servizi onworks.net
