Questo è il comando gmx-check che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online di Windows o emulatore online di MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gmx-check - Controlla e confronta i file
SINOSSI
controllo gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-f2 [<.xtc/.trr/...>]] [-s1 [<.tpr>]]
[-s2 [<.tpr>]] [-c [<.tpr/.gro/...>]] [-e [<.edr>]]
[-e2 [<.edr>]] [-n [<.ndx>]] [-m [<.tex>]] [-vdwfac ]
[-bonlo ] [-bonhi ] [-[no]rmsd] [-tol ]
[-assoluto ] [-[no]ab] [-lastener ]
DESCRIZIONE
gmx dai un'occhiata legge una traiettoria (.tng, .tr or .xtc), un file energetico (.edr) o un file indice
(.ndx) e stampa informazioni utili su di loro.
Opzione -c controlla la presenza di coordinate, velocità e box nel file, per chiudere
contatti (più piccoli di -vdwfac e non legato, cioè non tra -bonlo e -bonhi, tutti
rispetto alla somma di entrambi i raggi di Van der Waals) e atomi fuori dalla scatola (questi possono
si verificano spesso e non sono un problema). Se sono presenti velocità, verrà stimata la temperatura
essere calcolato da loro.
Se viene fornito un file indice, il suo contenuto verrà riepilogato.
Se sia una traiettoria che una .tpr file sono forniti (con -s1) il programma verificherà se
le lunghezze dei legami definite nel file tpr sono effettivamente corrette nella traiettoria. In caso contrario,
potrebbero esserci file non corrispondenti, ad esempio a causa di un deshuffling o di problemi con i siti virtuali.
Con queste bandiere, gmx dai un'occhiata fornisce un rapido controllo di tali problemi.
Il programma può confrontare due input di esecuzione (.tpr) file quando entrambi -s1 e -s2 sono forniti.
Allo stesso modo è possibile confrontare una coppia di file di traiettoria (utilizzando il -f2 opzione), o una coppia di
file energetici (utilizzando il -e2 opzione).
Per le simulazioni di energia libera, la topologia degli stati A e B da un file di input di esecuzione può essere
rispetto alle opzioni -s1 e -ab.
In caso -m viene assegnato un flag verrà scritto un file LaTeX consistente in una bozza
per una sezione sui metodi di un articolo.
VERSIONI
Opzioni per specificare i file di input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc) (Facoltativo)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG
-f2 [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc) (Facoltativo)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG
-s1 [<.tpr>] (top1.tpr) (Facoltativo)
File di input per eseguire xdr portatile
-s2 [<.tpr>] (top2.tpr) (Facoltativo)
File di input per eseguire xdr portatile
-c [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Facoltativo)
Struttura+massa (db): tpr gro g96 PDB interruzione
-e [<.edr>] (energ.edr) (Facoltativo)
File di energia
-e2 [<.edr>] (ener2.edr) (Facoltativo)
File di energia
-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
File indice
Opzioni per specificare i file di output:
-m [<.tex>] (doc.tex) (Facoltativo)
File LaTeX
Altre opzioni:
-vdwfac (0.8)
Frazione della somma dei raggi VdW utilizzata come soglia di avvertimento
-bonlo (0.4)
Frazione minima della somma dei raggi VdW per gli atomi legati
-bonhi (0.7)
Frazione massima della somma dei raggi VdW per gli atomi legati
-[no]rmsd (In)
Stampa RMSD per x, v e f
-tol (0.001)
Tolleranza relativa per il confronto di valori reali definiti come 2*(ab)/(|a|+|b|)
-assoluto (0.001)
Tolleranza assoluta, utile quando le somme sono prossime allo zero.
-[no]ab (In)
Confronta la topologia A e B da un file
-lastener
Ultimo termine energetico da confrontare (se non viene fornito, tutti vengono testati). Ha senso salire
fino alla Pressione.
Utilizzare gmx-check online utilizzando i servizi onworks.net
