gmx-clustsize - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmx-clustsize - Calcola le distribuzioni dimensionali dei cluster atomici

SINOSSI

dimensione cluster gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xpm>]] [-oh [<.xpm>]] [-nc [<.xvg>]]
[-mc [<.xvg>]] [-corrente alternata [<.xvg>]] [-hc [<.xvg>]]
[-temp [<.xvg>]] [-mcn [<.ndx>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-tu ] [-[Ora] [-xvg ]
[-taglio ] [-[no]mol] [-[no]pc] [-nsalta ]
[-nlivelli ] [-ndf ] [-rgblo ]
[-rgbhi ]

DESCRIZIONE

gmx dimensione del gruppo calcola le distribuzioni dimensionali dei cluster molecolari/atomici nel gas
fase. L'output è dato sotto forma di an .xpm file. Il numero totale di cluster è
scritto ad an .xvg file.

Quando il -mol l'opzione è data i cluster saranno fatti di molecole piuttosto che di atomi,
che consente il raggruppamento di grandi molecole. In questo caso un file indice sarebbe ancora
contengono numeri atomici o il tuo calcolo morirà con un SEGV.

Quando le velocità sono presenti nella tua traiettoria, la temperatura dell'ammasso più grande
sarà stampato in un separato .xvg file assumendo che le particelle siano libere di muoversi. Se
stai usando dei vincoli, per favore correggi la temperatura. Ad esempio l'acqua simulata
con SHAKE o SETTLE si otterrà una temperatura 1.5 volte troppo bassa. Puoi
compensare questo con il -ndf opzione. Ricordati di togliere il baricentro
movimento in considerazione.

I -mc l'opzione produrrà un file indice contenente i numeri atomici del più grande
grappolo.

VERSIONI

Opzioni per specificare i file di input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (Facoltativo)
File di input per eseguire xdr portatile

-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
File indice

Opzioni per specificare i file di output:

-o [<.xpm>] (dimensionec.xpm)
File matrice compatibile con X PixMap

-oh [<.xpm>] (csizew.xpm)
File matrice compatibile con X PixMap

-nc [<.xvg>] (incluso.xvg)
file xvgr/xmgr

-mc [<.xvg>] (maxclust.xvg)
file xvgr/xmgr

-corrente alternata [<.xvg>] (avclust.xvg)
file xvgr/xmgr

-hc [<.xvg>] (isto-clust.xvg)
file xvgr/xmgr

-temp [<.xvg>] (temp.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-mcn [<.ndx>] (maxclust.ndx) (Facoltativo)
File indice

Altre opzioni:

-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)

-tu (Ps)
Unità per i valori temporali: fs, ps, ns, us, ms, s

-[Ora (In)
Visualizza output .xvg, .xpm, .eps ed PDB file

-xvg
formattazione della trama xvg: xmgrace, xmgr, none

-taglio (0.35)
Distanza massima (nm) da considerare in un cluster

-[no]mol (In)
Molecole a grappolo anziché atomi (necessità .tpr file)

-[no]pc (sì)
Usa condizioni al contorno periodiche

-nsalta (0)
Numero di fotogrammi da saltare tra la scrittura

-nlivelli (20)
Numero di livelli di grigio in .xpm produzione

-ndf (-1)
Numero di gradi di libertà dell'intero sistema per il calcolo della temperatura. Se
non impostato, viene utilizzato il numero di atomi moltiplicato per tre.

-rgblo (1 1 0)
Valori RGB per il colore della dimensione del cluster occupata più bassa

-rgbhi (0 0 1)
Valori RGB per il colore della dimensione del cluster occupata più alta

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