Questo è il comando gmx-density che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gmx-density - Calcola la densità del sistema
SINOSSI
densità gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-uovo [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[Ora] [-xvg ] [-d ]
[-sl ] [-tane ] [-ng ] [-[no]centro]
[-[no]sim] [-[non]parente]
DESCRIZIONE
gmx densità calcola le densità parziali attraverso la scatola, usando un file indice.
Per la densità totale delle simulazioni NPT, utilizzare gmx energia anziché.
Opzione -centro esegue il binning dell'istogramma relativo al centro di un arbitrario
gruppo, in coordinate box assolute. Se stai calcolando i profili lungo la casella dell'asse Z
dimensione bZ, l'output sarebbe da -bZ/2 a bZ/2 se si centra in base all'intero sistema.
Notare che questo comportamento è cambiato in GROMACS 5.0; le versioni precedenti eseguivano semplicemente un
binning statico in (0,bZ) e spostato l'output. Ora calcoliamo il centro per ogni fotogramma
e raccogli in (-bZ/2,bZ/2).
Opzione -sim simmetrizza l'output attorno al centro. Questo si accenderà automaticamente
-centro pure. Opzione -parente esegue il binning in casella relativa anziché assoluta
coordinate e ridimensiona l'output finale con la dimensione media della scatola lungo l'output
asse. Questo può essere usato in combinazione con -centro.
Le densità sono espresse in kg/m^3 e anche le densità numeriche o le densità elettroniche possono essere
calcolato. Per le densità di elettroni, un file che descrive il numero di elettroni per ciascuno
tipo di atomo dovrebbe essere fornito utilizzando -uovo. Dovrebbe apparire come:
2
nomeatomo = nrelettroni
nomeatomo = nrelettroni
La prima riga contiene il numero di righe da leggere dal file. Dovrebbe essercene uno
riga per ogni nome di atomo univoco nel tuo sistema. Il numero di elettroni per ogni atomo è
modificato dalla sua carica atomica parziale.
CONSIDERAZIONI IMPORTANTI PER I BILAYER
Uno degli scenari di utilizzo più comuni è calcolare la densità di vari gruppi
attraverso un doppio strato lipidico, tipicamente con l'asse z che è la direzione normale. In breve
simulazioni, piccoli sistemi e dimensioni fisse della scatola funzionerà bene, ma per di più
caso generale i doppi strati lipidici possono essere complicati. Il primo problema che mentre entrambi
proteine e lipidi hanno una compressibilità di basso volume, i lipidi hanno un'area piuttosto elevata
comprimibilità. Ciò significa che la forma della scatola (spessore e area/lipidi) oscillerà
sostanzialmente anche per un sistema completamente rilassato. Poiché GROMACS posiziona la scatola tra il
origine e coordinate positive, questo a sua volta significa che un doppio strato centrato nel riquadro
si sposterà un po' su/giù a causa di queste fluttuazioni e sporcherà il tuo profilo. Il più facile
il modo per risolvere questo problema (se si desidera l'accoppiamento a pressione) è usare il -centro opzione che
calcola il profilo di densità rispetto al centro della scatola. Nota che puoi
centrare ancora sulla parte a doppio strato anche se si dispone di un sistema complesso non simmetrico con a
doppio strato e, diciamo, proteine di membrana - allora il nostro output avrà semplicemente più valori su uno
lato del riferimento (al centro) dell'origine.
Anche il calcolo centrato porterà a macchiare i profili di output, come
i lipidi stessi vengono compressi ed espansi. Nella maggior parte dei casi probabilmente lo vuoi (dal momento che
corrisponde a esperimenti macroscopici), ma se vuoi guardare i dettagli molecolari
puoi usare il -parente opzione per tentare di rimuovere ancora di più gli effetti del volume
fluttuazioni.
Infine, i doppi strati di grandi dimensioni che non sono soggetti a una tensione superficiale mostreranno ondulazioni
fluttuazioni, dove ci sono "onde" che si formano nel sistema. Questo è un fondamentale
proprietà del sistema biologico, e se stai confrontando con esperimenti probabilmente
desidera includere l'effetto di sbavatura dell'ondulazione.
VERSIONI
Opzioni per specificare i file di input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG
-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
File indice
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File di input per eseguire xdr portatile
-uovo [<.dat>] (elettroni.dat) (Facoltativo)
File di dati generici
Opzioni per specificare i file di output:
-o [<.xvg>] (densità.xvg)
file xvgr/xmgr
Altre opzioni:
-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)
-[Ora (In)
Visualizza output .xvg, .xpm, .eps ed PDB file
-xvg
formattazione della trama xvg: xmgrace, xmgr, none
-d (Z)
Prendere la normale sulla membrana in direzione X, Y o Z.
-sl (50)
Dividi la scatola in questo numero di fette.
-tane (messa)
Densità: massa, numero, carica, elettrone
-ng (1)
Numero di gruppi di cui calcolare le densità.
-[no]centro (In)
Eseguire il binning relativo al centro della casella (che cambia). Utile per
doppi strati.
-[no]sim (In)
Simmetrizza la densità lungo l'asse, rispetto al centro. Utile per
doppi strati.
-[non]parente (In)
Utilizzare le coordinate relative per modificare le caselle e ridimensionare l'output in base alle dimensioni medie.
NOTO PROBLEMI
· Quando si calcolano le densità degli elettroni, vengono utilizzati i nomi degli atomi al posto dei tipi. Questo non va bene.
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