Questo è il comando gmx-densorder che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gmx-densorder - Calcola le fluttuazioni della superficie
SINOSSI
gmx densordine [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [-O [<.out> […]]] [-e [<.xpm> […]]]
[-Spec [<.out> […]]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[Ora] [-[n]1d] [peso- ]
[-bianco ] [-ordine ] [-asse ]
[-metodo ] [-d1 ] [-d2 ]
[-tblocco ] [-nlivello ]
DESCRIZIONE
gmx densordine riduce una distribuzione di densità a due fasi lungo un asse, calcolata su un MD
traiettoria, a superfici 2D fluttuanti nel tempo, da un adattamento a un profilo funzionale per
densità interfacciali. Una rappresentazione spaziale delle interfacce mediata nel tempo può essere
uscita con l'opzione -tav.
VERSIONI
Opzioni per specificare i file di input:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File di input per eseguire xdr portatile
-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG
-n [<.ndx>] (indice.ndx)
File indice
Opzioni per specificare i file di output:
-o [<.dat>] (Densità4D.dat) (Facoltativo)
File di dati generici
-O [<.out> […]] (ciao.fuori) (Facoltativo)
File di output generico
-e [<.xpm> […]] (interfaccia.xpm) (Facoltativo)
File matrice compatibile con X PixMap
-Spec [<.out> […]] (intfspect.out) (Facoltativo)
File di output generico
Altre opzioni:
-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)
-[Ora (In)
Visualizza output .xvg, .xpm, .eps ed PDB file
-[n]1d (In)
Geometria dell'interfaccia pseudo-1d
peso- (0.2)
Binwidth della distribuzione della densità tangenziale all'interfaccia
-bianco (0.05)
Binwidth della distribuzione della densità normale all'interfaccia
-ordine (0)
Ordine del filtro gaussiano, l'ordine 0 equivale a nessun filtraggio
-asse (Z)
Direzione dell'asse - X, Y o Z
-metodo (bisezione)
Metodo di localizzazione dell'interfaccia: bisect, funzionale
-d1 (0)
Densità apparente fase 1 (a z piccola)
-d2 (1000)
Densità apparente fase 2 (a grande z)
-tblocco (100)
Numero di frame in un time-block medio
-nlivello (100)
Numero di livelli di altezza in 2D - XPixMaps
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