gmx-energy - Online nel Cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmx-energy - Scrive energie su file xvg e visualizza le medie

SINOSSI

gmx energia [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-viola [<.xvg>]] [-coppie [<.xvg>]] [-ora [<.xvg>]]
[-ort [<.xvg>]] [-odda [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[-odt [<.xvg>]] [-spesso [<.xvg>]] [-corr [<.xvg>]]
[-vis [<.xvg>]] [-ravg [<.xvg>]] [-oddio [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[Ora] [-xvg ] [-[Senza costi]
[-fetemp ] [-zero ] [-[no]somma] [-[no]dp]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-[no]muto] [-Salta ]
[-[no]aver] [-nmol ] [-[no]fluct_props]
[-[no]derivacorrezione] [-[no]fluc] [-[no]orinst] [-[no]occ]
[-aflen ] [-[no]normalizzare] [-P ]
[-fitfn ] [-inizio ] [-endfit ]

DESCRIZIONE

gmx energia estrae componenti energetici o dati sulla limitazione della distanza da un file energetico. Il
all'utente viene richiesto di selezionare in modo interattivo i termini energetici desiderati.

Media, RMSD e deriva sono calcolati con la massima precisione dalla simulazione (vedi
manuale cartaceo). La deriva viene calcolata eseguendo un adattamento dei minimi quadrati dei dati a a
retta. La deriva totale riportata è la differenza dell'adattamento al primo e all'ultimo
punto. Viene fornita una stima dell'errore della media basata su una media di blocco su 5 blocchi
utilizzando le medie a piena precisione. La stima dell'errore può essere eseguita su più blocchi
lunghezze con le opzioni -nbmin ed -nbmax. Note: che nella maggior parte dei casi i file energetici
contiene le medie su tutti i passaggi MD o su molti più punti rispetto al numero di fotogrammi in
scheda energia. Questo rende il gmx energia l'output delle statistiche è più accurato del .xvg
produzione. Quando le medie esatte non sono presenti nel file energia, le statistiche menzionate
sopra sono semplicemente sopra i singoli valori di energia per frame.

Il termine fluttuazione fornisce l'RMSD intorno all'adattamento dei minimi quadrati.

Alcune proprietà dipendenti dalle fluttuazioni possono essere calcolate a condizione che i termini energetici corretti
sono selezionati e che l'opzione della riga di comando -fluct_props viene data. Il seguente
le proprietà saranno calcolate:

? ?
│Proprietà │ Termini energetici necessari │
? ?
│Capacità termica C_p (NPT sim): │ Entalpia, Temp │
? ?
│Capacità termica C_v (sim.NVT): │ Etot, Temp │
? ?
│Coeff. di espansione termica. (NPT): Entalpia, Vol, Temp │
? ?
│Comprimibilità isotermica: │ Vol, Temp │
? ?
│Modulo di massa adiabatico: │ Vol, Temp │
? ?

Devi sempre impostare il numero di molecole -nmol. I calcoli C_p/C_v fanno non
includere eventuali correzioni per gli effetti quantistici. Utilizzare il gmx dos programma se ne hai bisogno (e
fate).

Quando il -viola l'opzione è impostata, le violazioni della media temporale vengono tracciate e l'esecuzione
viene ricalcolata la somma media temporale e istantanea delle violazioni. Inoltre in esecuzione
le distanze medie e istantanee tra le coppie selezionate possono essere tracciate con il
-coppie opzione.

Opzioni -ora, -ort, -odda, -odr ed -odt vengono utilizzati per analizzare i dati di vincolo di orientamento.
Le prime due opzioni tracciano l'orientamento, le ultime tre le deviazioni del
orientamenti dai valori sperimentali. Le opzioni che terminano con una 'a' tracciano il
media nel tempo in funzione della moderazione. Le opzioni che terminano con una 't' richiedono il
utente per i numeri di etichetta di ritenuta e tracciare i dati in funzione del tempo. Opzione -odr
traccia la deviazione RMS in funzione del vincolo. Quando la corsa usava il tempo o l'insieme
vincoli di orientamento medio, opzione -orinst può essere utilizzato per analizzare l'istante,
orientamenti e deviazioni non medi di insieme invece del tempo e dell'insieme
medie.

Opzione -spesso traccia gli autovalori del tensore di ordine molecolare per ogni orientamento
esperimento di restrizione. Con opzione -ovec vengono tracciati anche gli autovettori.

Opzione -oddio estrae e traccia i dati dell'energia libera (differenze hamiltoiane e/o
derivata hamiltoniana dhdl) da ener.edr file.

Con -tassa viene calcolata una stima per la differenza di energia libera con un gas ideale
stato:

Delta A = A(N,V,T) - A_idealgas(N,V,T) = kT ln( )
Delta G = G(N,p,T) - G_idealgas(N,p,T) = kT ln( )

dove k è la costante di Boltzmann, T è fissato da -fetemp e la media è sopra l'insieme
(o tempo in una traiettoria). Nota che questo è in linea di principio corretto solo quando si fa la media
sull'intero insieme (Boltzmann) e utilizzando l'energia potenziale. Questo permette anche
una stima dell'entropia usando:

Delta S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_ideali(N,V,T) = ( - Delta A)/T
Delta S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_ideali(N,p,T) = ( + pV - Delta G)/T

Quando viene specificato un secondo file di energia (-f2), si calcola una differenza di energia libera:

dF = -kT ln( _UN) ,

dove E_A ed E_B sono le energie del primo e del secondo file di energia e la media
è sopra l'insieme A. La media mobile della differenza di energia libera è stampata su a
file specificato da -ravg. Note: che le energie devono essere entrambe calcolate dallo stesso
traiettoria.

VERSIONI

Opzioni per specificare i file di input:

-f [<.edr>] (energ.edr)
File di energia

-f2 [<.edr>] (energ.edr) (Facoltativo)
File di energia

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (Facoltativo)
File di input per eseguire xdr portatile

Opzioni per specificare i file di output:

-o [<.xvg>] (energia.xvg)
file xvgr/xmgr

-viola [<.xvg>] (violaver.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-coppie [<.xvg>] (coppie.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-ora [<.xvg>] (oriente.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-ort [<.xvg>] (orient.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-odda [<.xvg>] (orideva.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-odr [<.xvg>] (oridevr.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-odt [<.xvg>] (oridevt.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-spesso [<.xvg>] (oriten.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-corr [<.xvg>] (ecorr.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-vis [<.xvg>] (visco.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-ravg [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-oddio [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

Altre opzioni:

-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-[Ora (In)
Visualizza output .xvg, .xpm, .eps ed PDB file

-xvg
formattazione della trama xvg: xmgrace, xmgr, none

-[Senza costi (In)
Fai un preventivo energetico gratuito

-fetemp (300)
Temperatura di riferimento per il calcolo dell'energia gratuita

-zero (0)
Sottrarre un'energia di punto zero

-[no]somma (In)
Somma i termini energetici selezionati anziché visualizzarli tutti

-[no]dp (In)
Energie di stampa in alta precisione

-nbmin (5)
Numero minimo di blocchi per la stima dell'errore

-nbmax (5)
Numero massimo di blocchi per la stima dell'errore

-[no]muto (In)
Calcola il momento di dipolo totale dai componenti

-Salta (0)
Salta il numero di frame tra i punti dati

-[no]aver (In)
Stampa anche la media esatta e l'rmsd memorizzati nei frame energetici (solo quando 1 term
è richiesto)

-nmol (1)
Numero di molecole nel tuo campione: le energie sono divise per questo numero

-[no]fluct_props (In)
Calcola le proprietà in base alle fluttuazioni energetiche, come la capacità termica

-[no]derivacorrezione (In)
Utile solo per i calcoli delle proprietà di fluttuazione. La deriva nel
le osservabili verranno sottratte prima di calcolare le proprietà di fluttuazione.

-[no]fluc (In)
Calcola l'autocorrelazione delle fluttuazioni energetiche piuttosto che l'energia stessa

-[no]orinst (In)
Analizza i dati di orientamento istantaneo

-[no]occ (In)
Traccia anche gli autovettori con -spesso

-aflen (-1)
La lunghezza dell'ACF, l'impostazione predefinita è la metà del numero di fotogrammi

-[no]normalizzare (sì)
Normalizza ACF

-P (0)
Polinomio dell'ordine di Legendre per ACF (0 indica nessuno): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Nessuno)
Funzione di adattamento: nessuno, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-inizio (0)
Ora in cui iniziare l'adattamento esponenziale della funzione di correlazione

-endfit (-1)
Tempo in cui termina l'adattamento esponenziale della funzione di correlazione, -1 è fino a che
fine

Usa gmx-energy online utilizzando i servizi onworks.net