Questo è il comando gmx-make_ndx che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gmx-make_ndx - Crea file indice
SINOSSI
gmx make_ndx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx> […]]] [-o [<.ndx>]]
[-natomi ] [-[non vincere]
DESCRIZIONE
I gruppi di indici sono necessari per quasi tutti i programmi GROMACS. Tutti questi programmi possono
generare gruppi di indici predefiniti. Devi SOLO usare gmx make_ndx quando hai bisogno di SPECIAL
gruppi di indici. C'è un gruppo di indici predefinito per l'intero sistema, 9 gruppi di indici predefiniti
per le proteine e viene generato un gruppo indice predefinito per ogni altro nome di residuo.
Quando non viene fornito alcun file indice, anche gmx make_ndx genererà i gruppi predefiniti. Insieme a
l'editor dell'indice è possibile selezionare su atomi, residui e nomi di catene e numeri. Quando una corsa
viene fornito il file di input che puoi anche selezionare sul tipo di atomo. Puoi usare NOT, AND e OR, you
può dividere i gruppi in catene, residui o atomi. Puoi eliminare e rinominare i gruppi.
La numerazione dell'atomo nell'editor e nel file indice inizia da 1.
I -Twin switch duplica tutti i gruppi di indici con un offset di -natomi, che è utile
per le configurazioni di membrane a doppio strato di elettrofisiologia computazionale.
VERSIONI
Opzioni per specificare i file di input:
-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (Facoltativo)
Scheda struttura: gro g96 PDB brk ent esp tpr
-n [<.ndx> […]] (indice.ndx) (Facoltativo)
File indice
Opzioni per specificare i file di output:
-o [<.ndx>] (indice.ndx)
File indice
Altre opzioni:
-natomi (0)
imposta il numero di atomi (predefinito: leggi da coordinate o file indice)
-[non vincere (In)
Duplica tutti i gruppi di indici con un offset di -natoms
Usa gmx-make_ndx online usando i servizi onworks.net
