gmx-rmsf - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmx-rmsf - Calcola fluttuazioni atomiche

SINOSSI

gmx rmsf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-oq [<.pdb>]] [-bue [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [è [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-[Ora] [-xvg ] [-[no]ris]
[-[no]aniso] [-[non]adatto]

DESCRIZIONE

gmx rmsf calcola la fluttuazione quadratica media (RMSF, cioè deviazione standard) di
posizioni atomiche nella traiettoria (fornito con -f) dopo (facoltativamente) montaggio su a
quadro di riferimento (fornito con -s).

Con l'opzione -oq i valori RMSF vengono convertiti in valori del fattore B, che vengono scritti in a
PDB file con le coordinate, del file struttura, o di a PDB file quando -q is
specificato. Opzione -bue scrive i fattori B in un file con le coordinate medie.

Con l'opzione -od lo scarto quadratico medio rispetto alla struttura di riferimento
è calcolato.

Con l'opzione -aniso, gmx rmsf calcolerà i fattori di temperatura anisotropi e quindi
produrrà anche le coordinate medie e a PDB file con record ANISOU (corrispondente a
, il -oq or -bue opzione). Si prega di notare che i valori U dipendono dall'orientamento, quindi prima
confronto con i dati sperimentali dovresti verificare che ti adatti allo sperimentale
coordinate.

Quando PDB il file di input viene passato al programma e il -aniso flag è impostato una correlazione
verrà creato il grafico dell'Uij, se sono presenti fattori di temperatura anisotropi nel
PDB file.

Con l'opzione è la matrice MSF media (3x3) è diagonalizzata. Questo mostra le direzioni
in cui gli atomi fluttuano di più e di meno.

VERSIONI

Opzioni per specificare i file di input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struttura+massa (db): tpr gro g96 PDB interruzione

-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
File indice

-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (Facoltativo)
File banca dati proteine

Opzioni per specificare i file di output:

-oq [<.pdb>] (bfac.pdb) (Facoltativo)
File banca dati proteine

-bue [<.pdb>] (salvatore.pdb) (Facoltativo)
File banca dati proteine

-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
file xvgr/xmgr

-od [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-oc [<.xvg>] (correl.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

è [<.log>] (rmsf.log) (Facoltativo)
File di registro

Altre opzioni:

-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)

-[Ora (In)
Visualizza output .xvg, .xpm, .eps ed PDB file

-xvg
formattazione della trama xvg: xmgrace, xmgr, none

-[no]ris (In)
Calcola le medie per ogni residuo

-[no]aniso (In)
Calcola fattori di temperatura anisotropi

-[non]adatto (sì)
Eseguire una sovrapposizione dei minimi quadrati prima di calcolare RMSF. Senza questo devi fare
assicurarsi che la struttura di riferimento e la traiettoria coincidano.

Usa gmx-rmsf online usando i servizi onworks.net