Questo è il comando gmx-sasa che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, l'emulatore online di Windows o l'emulatore online di MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gmx-sasa - Calcola l'area superficiale accessibile al solvente
SINOSSI
gmx sasa [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-odg [<.xvg>]] [-O [<.xvg>]] [-oh [<.xvg>]]
[- tv [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-tu ] [-xvg ] [-[no]rmbc]
[-[no]pc] [-sf ] [-selrpos ] [-sonda ]
[-ndots ] [-[no]prot] [-dgs ]
[-superficie ] [-produzione ]
DESCRIZIONE
gmx sasa calcola le aree superficiali accessibili al solvente. Vedi Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos
P, Sander C, & Scharf M (1995) J. Comput. Chem. 16, 273-284 per l'algoritmo utilizzato. Con
-q, la superficie di Connolly può essere generata anche in un PDB file in cui si trovano i nodi
rappresentati come atomi e gli spigoli che collegano i nodi più vicini come record CONECT. -odg
consente la stima delle energie libere di solvatazione dalle energie di solvatazione per atomo per
superficie esposta.
Il programma richiede una selezione per il calcolo della superficie da specificare con
-superficie. Questo dovrebbe sempre consistere di tutti gli atomi non solventi nel sistema. L'area di
questo gruppo viene sempre calcolato. Facoltativamente, -produzione può specificare selezioni aggiuntive,
che dovrebbero essere sottoinsiemi del gruppo di calcolo. Le aree accessibili al solvente per questi
i gruppi vengono estratti anche dall'intera superficie.
La media e la deviazione standard dell'area sulla traiettoria possono essere calcolate per
residuo e atomo (opzioni -O e -oh).
Grazie alla - tv opzione è possibile calcolare il volume totale e la densità della molecola. Con
-pc (impostazione predefinita), devi assicurarti che il tuo gruppo molecola/superficie non sia diviso in
PBC. Altrimenti, otterrai risultati insensati. Si prega inoltre di considerare se il
In questo caso è appropriato il raggio della sonda normale oppure si preferisce utilizzare, ad esempio, 0.
È bene tenere presente che i risultati relativi a volume e densità sono molto approssimativi.
Ad esempio, nel ghiaccio Ih, si possono facilmente inserire molecole d'acqua nei pori che darebbero origine
un volume troppo basso e un'area superficiale e una densità troppo elevate.
VERSIONI
Opzioni per specificare i file di input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc) (Facoltativo)
Traiettoria di ingresso o configurazione singola: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Facoltativo)
Struttura dell'input: tpr gro g96 PDB interruzione
-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
Gruppi di indici extra
Opzioni per specificare i file di output:
-o [<.xvg>] (area.xvg)
Area totale in funzione del tempo
-odg [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (Facoltativo)
Energia libera di solvatazione stimata in funzione del tempo
-O [<.xvg>] (resarea.xvg) (Facoltativo)
Area media per residuo
-oh [<.xvg>] (atomarea.xvg) (Facoltativo)
Area media per atomo
- tv [<.xvg>] (volume.xvg) (Facoltativo)
Volume totale e densità in funzione del tempo
-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (Facoltativo)
File PDB per la superficie Connolly
Altre opzioni:
-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-DT (0)
Usa frame solo se t MOD dt == prima volta (ps)
-tu (Ps)
Unità per i valori temporali: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (xmgrace)
Formattazione della trama: nessuno, xmgrace, xmgr
-[no]rmbc (sì)
Crea molecole intere per ogni fotogramma
-[no]pc (sì)
Utilizzare condizioni al contorno periodiche per il calcolo della distanza
-sf
Fornire selezioni dai file
-selrpos (atomo)
Posizioni di riferimento per la selezione: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
intere_res_com, intere_res_cog, intere_mol_com, intere_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-sonda (0.14)
Raggio della sonda del solvente (nm)
-ndots (24)
Numero di punti per sfera, più punti significano più precisione
-[no]prot (sì)
Invia la proteina al Connolly PDB anche il file
-dgs (0)
Valore predefinito per l'energia libera di solvatazione per area (kJ/mol/nm^2)
-superficie
Selezione del calcolo della superficie
-produzione
Selezione/i di output
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