gmx-sham - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmx-sham - Calcola energie libere o altri istogrammi da istogrammi

SINOSSI

gmx falso [-f [<.xvg>]] [-dare [<.xvg>]] [-ene [<.xvg>]] [-dist [<.xvg>]]
[-isto [<.xvg>]] [-bidone [<.ndx>]] [-lp [<.xpm>]]
[-ls [<.xpm>]] [-lsh [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[Ora] [-xvg ]
[-[non c'è tempo] [-b ] [-e ] [-ttol ]
[-n ] [-[cenno] [-[no]finzione] [-tsham ]
[-pm ] [-dimezza ] [-griglia ]
[-xmin ] [-xmax ] [-pmax ]
[-gmax ] [-emin ] [-emax ]
[-nlivelli ]

DESCRIZIONE

gmx finzione crea grafici multidimensionali di energia libera, entalpia ed entropia. gmx finzione legge
uno o più .xvg archivia e analizza i set di dati. Lo scopo fondamentale di gmx finzione è tramare
Paesaggi di energia libera di Gibbs (opzione -ls) di Bolzmann invertendo multidimensionale
istogrammi (opzione -lp), ma può anche produrre entalpia (opzione -lsh) ed entropia (opzione
-lss) trame. Gli istogrammi possono essere realizzati per qualsiasi quantità fornita dall'utente. Una linea in
il file di input può iniziare con un'ora (vedi opzione -tempo) e un numero qualsiasi di y-valori possono
Seguire. È possibile leggere più insiemi anche quando sono separati da & (opzione -n), in questo
caso solo uno y-value viene letto da ogni riga. Tutte le righe che iniziano con # e @ sono
saltato.

Opzione -dare può essere utilizzato per fornire un file con energie libere quando l'ensemble non è a
Insieme di Boltzmann, ma ha bisogno di essere influenzato da questa energia libera. Un valore energetico gratuito è
richiesto per ogni punto dati (multidimensionale) nel -f ingresso.

Opzione -ene può essere utilizzato per fornire un file con le energie. Queste energie sono usate come a
funzione di ponderazione nel metodo di analisi dell'istogramma singolo di Kumar et al. quando
vengono fornite le temperature (come seconda colonna nel file), una ponderazione sperimentale
schema è applicato. Inoltre le valli vengono utilizzate per creare grafici di entalpia ed entropia.

Con l'opzione -dimezza, le dimensioni possono essere fornite per le distanze. Quando una distanza è 2- o
3-dimensionale, la circonferenza o superficie campionata da due particelle aumenta con
distanza crescente. A seconda di ciò che si vorrebbe mostrare, si può scegliere di correggere
l'istogramma e l'energia libera per questo effetto volume. La probabilità è normalizzata da r
e r^2 per le dimensioni di 2 e 3, rispettivamente. Un valore di -1 viene utilizzato per indicare an
angolo in gradi tra due vettori: verrà applicata una normalizzazione sin(angolo). Note:
che per angoli tra vettori il prodotto interno o coseno è la quantità naturale a
utilizzare, poiché produrrà contenitori dello stesso volume.

VERSIONI

Opzioni per specificare i file di input:

-f [<.xvg>] (grafico.xvg)
file xvgr/xmgr

-dare [<.xvg>] (gibbs.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-ene [<.xvg>] (esham.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

Opzioni per specificare i file di output:

-dist [<.xvg>] (energia.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-isto [<.xvg>] (edist.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-bidone [<.ndx>] (binindex.ndx) (Facoltativo)
File indice

-lp [<.xpm>] (prob.xpm) (Facoltativo)
File matrice compatibile con X PixMap

-ls [<.xpm>] (gibbs.xpm) (Facoltativo)
File matrice compatibile con X PixMap

-lsh [<.xpm>] (entalpia.xpm) (Facoltativo)
File matrice compatibile con X PixMap

-lss [<.xpm>] (entropia.xpm) (Facoltativo)
File matrice compatibile con X PixMap

-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (Facoltativo)
File banca dati proteine

-g [<.log>] (shamlog.log) (Facoltativo)
File di registro

Altre opzioni:

-[Ora (In)
Visualizza output .xvg, .xpm, .eps ed PDB file

-xvg
formattazione della trama xvg: xmgrace, xmgr, none

-[non c'è tempo (sì)
Aspettatevi un tempo nell'input

-b (-1)
Prima volta che leggo dal set

-e (-1)
L'ultima volta per leggere dal set

-ttol (0)
Tolleranza sul tempo in unità appropriate (di solito ps)

-n (1)
Leggi questo numero di insiemi separati da righe contenenti solo una e commerciale

-[cenno (In)
Usa la derivata

-[no]finzione (sì)
Disattiva la ponderazione dell'energia anche se vengono fornite energie

-tsham (298.15)
Temperatura per analisi a istogramma singolo

-pm (0)
Probabilità minima. Qualsiasi valore inferiore a questo verrà impostato su zero

-dimezza (1 1 1)
Dimensioni per le distanze, utilizzate per la correzione del volume (max 3 valori, dimensioni > 3
otterrà lo stesso valore dell'ultimo)

-griglia (32 32 32)
Numero di contenitori per paesaggi energetici (max 3 valori, dimensioni > 3 otterranno il
stesso valore dell'ultimo)

-xmin (0 0 0)
Minimo per gli assi nel panorama energetico (vedi sopra per > 3 dimensioni)

-xmax (1 1 1)
Massimo per gli assi nel panorama energetico (vedi sopra per > 3 dimensioni)

-pmax (0)
Probabilità massima in uscita, l'impostazione predefinita è calcola

-gmax (0)
Energia libera massima in uscita, l'impostazione predefinita è calcola

-emin (0)
Entalpia minima in uscita, l'impostazione predefinita è calcola

-emax (0)
Entalpia massima in uscita, l'impostazione predefinita è calcola

-nlivelli (25)
Numero di livelli per il panorama energetico

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