Questo è il comando gmx-view che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gmx-view - Visualizza una traiettoria su un terminale X-Windows
SINOSSI
vista gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-b ]
[-e ] [-DT ]
DESCRIZIONE
gmx vista è il visualizzatore di traiettorie GROMACS. Questo programma legge un file di traiettoria, una corsa
file di input e un file indice e traccia una struttura 3D della tua molecola sulla tua X . standard
Schermo della finestra. Non c'è bisogno di una workstation grafica di fascia alta, funziona anche su Monochrome
schermi.
Sono state implementate le seguenti funzionalità: vista 3D, rotazione, traslazione e ridimensionamento
delle tue molecole, etichette sugli atomi, animazione delle traiettorie, copia cartacea in PostScript
formato, i filtri atomici definiti dall'utente vengono eseguiti su MIT-X (X reale), finestre aperte e motivo, utente
menu amichevoli, opzione per rimuovere la periodicità, opzione per mostrare la casella di calcolo.
È possibile utilizzare alcune delle opzioni della riga di comando X più comuni: -bg, -fg cambiare i colori, -font
nome del carattere cambia il carattere.
VERSIONI
Opzioni per specificare i file di input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File di input per eseguire xdr portatile
-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
File indice
Altre opzioni:
-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)
NOTO PROBLEMI
· L'opzione palle non funziona
· A volte scarica il core senza una buona ragione
Usa gmx-view online usando i servizi onworks.net
