gt-eval: online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gt-eval: confronta i file di annotazioni e mostra le misure di precisione (previsione rispetto a riferimento).

SINOSSI

gt eval file_di_riferimento file_di previsione

DESCRIZIONE

-nuc [si|no]
valutare il livello di nucleotidi (il consumo di memoria è proporzionale alle dimensioni del file di input)
(predefinito: sì)

-lt [si|no]
valutare una previsione del retrotrasposone LTR invece di una previsione del gene (all
Gli elementi LTR_retrotransposon sono considerati avere un filamento indeterminato) (impostazione predefinita:
No)

-ltrdelta [APPREZZIAMO]
imposta il delta consentito affinché i confini LTR siano considerati uguali (impostazione predefinita: 20)

-v [si|no]
essere prolisso (predefinito: no)

-o [Nome del file]
reindirizza l'output al file specificato (predefinito: non definito)

-gzip [si|no]
scrivi file di output compresso gzip (predefinito: no)

-bzip2 [si|no]
scrivere file di output compresso bzip2 (impostazione predefinita: no)

-vigore [si|no]
forza la scrittura nel file di output (impostazione predefinita: no)

-Aiuto
visualizza la guida ed esci

-versione
visualizza le informazioni sulla versione ed esci

Il programma mostra i valori di sensibilità e specificità per determinati tipi di funzionalità (ad es.
gene, mRNA ed esone). Per alcuni tipi di funzionalità il numero di funzionalità mancanti ed errate di
viene mostrato anche quel tipo. Pertanto, "mancante" indica il numero di elementi di quel tipo da
il “riferimento” senza sovrapposizioni ad una caratteristica di quel tipo dalla “previsione”. Vice
viceversa, “sbagliato” denota il numero di caratteristiche di quel tipo dalla “previsione” senza
si sovrappongono a una caratteristica di quel tipo dal “riferimento”.

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