Questo è il comando gt-extractfeat che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online di Windows o emulatore online di MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gt-extractfeat - Estrae le caratteristiche specificate nel file GFF3 dal file sequenza.
SINOSSI
gt estrazione [opzione...] [GFF3_file]
DESCRIZIONE
-Type [stringa]
imposta il tipo di funzionalità da estrarre (predefinito: non definito)
-aderire [si|no]
unisci sequenze di funzionalità nello stesso sottografo in uno singolo (predefinito: no)
-tradurre [si|no]
tradurre le caratteristiche (di una sequenza di DNA) in proteine (predefinito: no)
-seqide [si|no]
aggiungi l'ID sequenza delle caratteristiche estratte alle descrizioni FASTA (predefinito: no)
-bersaglio [si|no]
aggiungere ID di destinazione delle funzionalità estratte alle descrizioni FASTA (predefinito: no)
-corde [si|no]
aggiungi la posizione delle feature estratte alle descrizioni FASTA (predefinito: no)
-retainidi [si|no]
utilizzare gli attributi ID delle feature estratte come descrizioni FASTA (predefinito: no)
-gcode [APPREZZIAMO]
specifica il codice genetico da utilizzare (predefinito: 1)
-fileseq [Nome del file]
imposta il file di sequenza da cui prendere le sequenze (default: undefined)
-ecc [Nome del file]
imposta il nome indice della sequenza codificata da cui prendere le sequenze (predefinito:
non definito)
-files
impostare i file di sequenza da cui estrarre le funzionalità da utilizzare -- per chiudere la lista
di file di sequenza
-matchdesc [si|no]
cercare le descrizioni della sequenza dai file di input per gli ID di sequenza desiderati (in
GFF3), riportando la prima corrispondenza (default: no)
-matchdescstart [si|no]
corrispondere esattamente alle descrizioni della sequenza dai file di input per la sequenza desiderata
ID (in GFF3) dall'inizio al primo spazio bianco (predefinito: no)
-usato [si|no]
utilizzare le descrizioni della sequenza per mappare gli ID della sequenza (in GFF3) alla sequenza effettiva
inserimenti. Se una descrizione contiene un intervallo di sequenza (ad es. III:1000001..2000000), il
la prima parte è usata come ID di sequenza (III) e la posizione del primo intervallo come offset
(1000001) (predefinito: no)
- mappatura delle regioni [stringa]
imposta il file contenente la regione della sequenza sulla mappatura del file della sequenza (predefinito: non definito)
-v [si|no]
essere prolisso (predefinito: no)
-larghezza [APPREZZIAMO]
imposta la larghezza di output per la stampa in sequenza FASTA (0 disabilita la formattazione) (default: 0)
-o [Nome del file]
reindirizza l'output al file specificato (predefinito: non definito)
-gzip [si|no]
scrivi file di output compresso gzip (predefinito: no)
-bzip2 [si|no]
scrivere file di output compresso bzip2 (impostazione predefinita: no)
-vigore [si|no]
forza la scrittura nel file di output (impostazione predefinita: no)
-Aiuto
visualizza la guida ed esci
-versione
visualizza le informazioni sulla versione ed esci
Numeri di codice genetico per opzione -gcode:
1: Standard 2: Mitocondriale dei vertebrati 3: Mitocondriale del lievito 4: Mitocondriale della muffa;
Protozoo mitocondriale; Mitocondriale celenterato; Micoplasma; Spiroplasma 5:
Invertebrato Mitocondriale 6: Ciliato Nucleare; Dasycladaceo Nucleare; Esamita Nucleare 9:
Echinoderma Mitocondriale; Verme piatto Mitocondriale 10: Euplotide Nucleare 11: Batterico,
Plastidi archeali e vegetali 12: Nucleare alternativo del lievito 13: Mitocondriale dell'ascidia 14:
Verme piatto alternativo Mitocondriale 15: Blefarisma Macronucleare 16: Cloroficeo
Mitocondriale 21: Trematode Mitocondriale 22: Scenedesmus obliquus Mitocondriale 23:
Thraustochytrium Mitocondriale 24: Pterobranchia Mitocondriale 25: Divisione candidata SR1
e Gracilibatteri
Formato file per opzione - mappatura delle regioni:
Il file fornito all'opzione -regionmapping definisce una "mapping". Una mappatura mappa il
voci di regione di sequenza fornite nel GFF3_file in un file di sequenza contenente il
sequenza corrispondente. Le mappature possono essere definite in una delle due forme seguenti:
mappatura = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}
or
mappatura delle funzioni (sequence_region)
return "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
fine
La prima forma definisce un Lua (http://www.lua.org) tabella denominata “mapping” che mappa ciascuno
regione di sequenza al file di sequenza corrispondente. Il secondo definisce una funzione Lua
“mapping”, che deve restituire il nome del file di sequenza quando viene chiamato con il
sequenza_regione come argomento.
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