Questo è il comando gt-ltrharvest che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gt-ltrharvest - Prevedi i retrotrasposoni LTR.
SINOSSI
gt ltrraccolto [opzione ...] -indice
DESCRIZIONE
-indice [stringa]
specificare il nome dell'indice dell'array suffisso avanzato (obbligatorio) (predefinito: non definito)
-gamma [inizia a fine]
specificare l'intervallo nella sequenza o nelle sequenze di input in cui vengono ricercate le coppie LTR (impostazione predefinita:
[0..0])
semi [APPREZZIAMO]
specificare la lunghezza minima del seme per le ripetizioni esatte (predefinito: 30)
-minlenltr [APPREZZIAMO]
specificare la lunghezza minima per ogni LTR (predefinito: 100)
-maxlentr [APPREZZIAMO]
specificare la lunghezza massima per ogni LTR (predefinito: 1000)
-mindistltr [APPREZZIAMO]
specificare la distanza minima delle posizioni iniziali LTR (predefinito: 1000)
-maxdistltr [APPREZZIAMO]
specificare la distanza massima delle posizioni iniziali LTR (predefinito: 15000)
-simile [APPREZZIAMO]
specificare la soglia di similarità nell'intervallo [1..100%] (predefinito: 85.000000)
-mentid [APPREZZIAMO]
specificare la lunghezza minima per ogni TSD (default: 4)
-maxtsd [APPREZZIAMO]
specificare la lunghezza massima per ogni TSD (default: 20)
-motivo [stringa]
specificare 2 nucleotidi motivo iniziale + 2 nucleotidi motivo finale: ** (predefinito: non definito)
-motivi [APPREZZIAMO]
specificare il numero massimo di discrepanze nel motivo [0,3] (predefinito: 4)
-vic [APPREZZIAMO]
specificare il numero di nucleotidi (a sinistra ea destra) che verranno cercati
per TSD e/o motivi intorno al confine 5' e 3' dei retrotrasposoni LTR previsti
(predefinito: 60)
-sovrapposizioni [...]
specificare no|migliore|tutto (predefinito: migliore)
-xdrop [APPREZZIAMO]
specificare xdropbelowscore per extension-alignment (default: 5)
-MAT [APPREZZIAMO]
specificare il punteggio di corrispondenza per l'allineamento dell'estensione (predefinito: 2)
-mis [APPREZZIAMO]
specifica il mismatchscore per l'allineamento dell'estensione (predefinito: -2)
-ins [APPREZZIAMO]
specifica il punteggio di inserimento per l'allineamento dell'estensione (predefinito: -3)
-del [APPREZZIAMO]
specifica il punteggio di eliminazione per l'allineamento dell'estensione (predefinito: -3)
-v [si|no]
modalità dettagliata (predefinito: no)
- circa [si|no]
mostrare attraverso le sue creazioni vecchio output tabulare invece di GFF3 su stdout (predefinito: sì)
-seqid [si|no]
usa le descrizioni della sequenza invece dei numeri di sequenza nell'output GFF3 (predefinito: no)
-md5 [si|no]
aggiungi hash MD5 ai seqid nell'output GFF3 (impostazione predefinita: no)
-uscita lunga [si|no]
uscita motivo/TSD aggiuntiva (predefinito: no)
-su [stringa]
specificare il nome del file di output FASTA (predefinito: non definito)
-esterno [stringa]
specificare il nome del file di output FASTA per le regioni interne (predefinito: non definito)
-gff3 [stringa]
specificare il nome del file di output GFF3 (predefinito: non definito)
-compensare [APPREZZIAMO]
offset aggiunto alle coordinate GFF3 (predefinito: 0)
-scansione [si|no]
scansiona l'indice in sequenza invece di mapparlo interamente in memoria (predefinito: sì)
-Aiuto
visualizza la guida per le opzioni di base ed esci
-aiuto+
visualizza la guida per tutte le opzioni ed esci
-versione
visualizza le informazioni sulla versione ed esci
SUPPLEMENTARI INFORMAZIONI
Per informazioni dettagliate, fare riferimento al manuale di ltrharvest.
REPORTING BUG
Segnala bug a[email protected]>.
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