Questo è il comando gt-shredder che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gt-shredder - Distrugge file di sequenza in pezzi consecutivi di lunghezza casuale.
SINOSSI
gt distruttore di documenti [opzione ...] [file_sequenza ...]
DESCRIZIONE
-copertura [APPREZZIAMO]
imposta il numero di volte in cui sequence_file viene distrutto (predefinito: 1)
-lunghezza min [APPREZZIAMO]
imposta la lunghezza minima dei frammenti triturati (default: 300)
-lunghezza massima [APPREZZIAMO]
imposta la lunghezza massima dei frammenti triturati (default: 700)
-sovrapposizione [APPREZZIAMO]
imposta la sovrapposizione tra pezzi consecutivi (default: 0)
-Sample [APPREZZIAMO]
prelevare campioni dei pezzi delle sequenze generate con la probabilità data (default:
1.000000)
-clipdesc [si|no]
descrizioni dei clip dopo il primo spazio (ingannati da \t, \n ecc) aggiunge offset e lunghezza a
garantire un identificatore univoco (impostazione predefinita: no)
-larghezza [APPREZZIAMO]
imposta la larghezza di output per la stampa in sequenza FASTA (0 disabilita la formattazione) (default: 0)
-o [Nome del file]
reindirizza l'output al file specificato (predefinito: non definito)
-gzip [si|no]
scrivi file di output compresso gzip (predefinito: no)
-bzip2 [si|no]
scrivere file di output compresso bzip2 (impostazione predefinita: no)
-vigore [si|no]
forza la scrittura nel file di output (impostazione predefinita: no)
-Aiuto
visualizza la guida ed esci
-versione
visualizza le informazioni sulla versione ed esci
Ogni sequenza data in file_sequenza viene sminuzzato in pezzi consecutivi di casuali
lunghezza (tra -lunghezza min ed -lunghezza massima) fino a consumarlo. Con questo significa l'ultimo
il frammento triturato di una data sequenza può essere più corto dell'argomento di opzione
-lunghezza min. Per sbarazzarsi di tali frammenti usa gt seqfilter (vedi l'esempio sotto).
ESEMPI:
Triturare un dato BAC:
$ gt trituratore U89959_genomic.fas > frammenti.fas
Triturare una raccolta EST in pezzi tra 50 e 100 bp e sbarazzarsi di tutto (terminale)
frammenti inferiori a 50 bp:
$ gt trituratore -minlength 50 -maxlength 100 U89959_ests.fas \
| gt seqfilter -minlength 50 -> frammenti.fas
# 130 su 1260 sequenze sono state rimosse (10.317%)
Distruggi una raccolta EST e mostra solo il 10% casuale dei frammenti risultanti:
$ gt trituratore -campione 0.1 U89959_ests.fas
REPORTING BUG
Segnala bug a[email protected]>.
Usa gt-shredder online utilizzando i servizi onworks.net
