GWAMA - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

GWAMA - Meta analisi dell'associazione a livello di genoma

SINOSSI

GWAMA [Opzioni]

DESCRIZIONE

Il software GWAMA (Genome-Wide Association Meta Analysis) esegue una meta-analisi del
risultati di studi GWA di fenotipi binari o quantitativi. Effetto fisso e casuale
le meta-analisi vengono eseguite sia per gli SNP direttamente genotipizzati che per quelli imputati utilizzando stime
dell'odds ratio allelico e dell'intervallo di confidenza al 95% per i tratti binari e stime di
la dimensione dell'effetto allelico e l'errore standard per i fenotipi quantitativi. GWAMA può essere utilizzato
per analizzare i risultati di tutti i diversi modelli genetici (moltiplicativi, additivi,
dominante, recessivo). Il software incorpora funzionalità di rilevamento degli errori per identificare
errori di allineamento del filamento e capovolgimento degli alleli, ed esegue test di eterogeneità di
effetti tra gli studi.

VERSIONI

-i, --elenco file=Nome del file
Specificare i file dei risultati degli studi. Predefinito = gwama.in

-o, --produzione=fileroot
Specificare la radice del file per l'output dell'analisi. Predefinito = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)

-r, --a caso
Usa la correzione degli effetti casuali. Predefinito = disabilitato

-gc, --controllo_genomico
Utilizzare il controllo genomico per regolare i file dei risultati degli studi. Predefinito = disabilitato

-gco, --output_controllo_genomico
Utilizzare il controllo genomico sulla sintesi della meta-analisi (cioè i risultati della meta-analisi sono
corretto per gc). Predefinito = disabilitato

-qt, --quantitativo
Seleziona la versione del tratto quantitativo (colonne BETA e SE). Predefinito = tratto binario

-m, --carta geografica=Nome del file
Seleziona il nome del file per la mappa dei marker.

-t, --soglia=0-1
La soglia del valore p per mostrare la direzione nelle direzioni dell'effetto sommario. Predefinito =
1

--no_alleli
Non sono state fornite informazioni sugli alleli. Aspettando sempre lo stesso EA.

--indel_alleles
Le etichette degli alleli potrebbero contenere più di una singola lettera. Nessun controllo del filo.

--sesso Eseguire analisi differenziate di genere ed eterogeneità di genere (metodo descritto in
carta Magi, Lindgren & Morris 2010). Le informazioni sul genere devono essere fornite nel file filelist.
(la seconda colonna dopo i nomi dei file è M o F).

--marcatore_nome
Intestazione alternativa al nome del marcatore col.

--nome_filo
Intestazione alternativa alla colonna del trefolo.

--nome_n
Intestazione alternativa alla dimensione del campione col.

--nome_ea
Intestazione alternativa per effettuare la colonna dell'allele.

--nome_nea
Intestazione alternativa alla colonna dell'allele senza effetto.

--nome_eaf
Intestazione alternativa per effettuare la colonna della frequenza allelica.

--nome_beta
Intestazione alternativa alla colonna beta.

--nome_se
Intestazione alternativa a std. sbagliare. col.

--name_o
Intestazione alternativa alla colonna OR.

--nome_o_95l
Intestazione alternativa alla colonna OR 95L.

--nome_o_95u
Intestazione alternativa alla colonna OR 95U.

-h, --Aiuto
Stampa questo aiuto.

-v, --versione
Stampa il numero di versione GWAMA. Questa pagina di manuale deve essere insufficiente. Si prega di utilizzare il
opzione di aiuto per un rapido promemoria delle opzioni di gwama o vai alla sua home page
con la documentazione in linea o il manuale scaricabile.

Usa GWAMA online utilizzando i servizi onworks.net