Questo è il comando hmm-assembler.pl che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
hmm-assembler.pl - Modulo SNAP hmm-assembler.pl
SINOSSI
hmm-assemblatore.pl [-OPZIONI [-PIÙ OPZIONI,--] [PROGRAMMA_ARG1 ...]
VERSIONI
I i seguenti carattere singolo Opzioni sono accettato:
Con argomenti: -i -e -A -D -M -S -C -I -N -a -3 -5 -Z -c
Booleano (senza argomenti): -r -o -x -p -t -1
Le opzioni possono essere unite insieme. -- interrompe l'elaborazione delle opzioni. Lo spazio non è necessario
tra le opzioni e i loro argomenti.
Opzioni:
-i [500]
-e [1000]
-A [0:30]
-D [0:9]
-M [0:15]
-S [0:9]
-C [4]
-I [4]
-N [4]
-3 [] include il modello 3'UTR, richiede -a
-a [] include il modello PolyA, richiede -3
-5 [] include 5'UTR moel, richiede -p
-p includere un modello di promotore generico, richiede -5
-r includi un modello di ripetizione generico
-o includi il modello ORF inverso
-x usa il modello di introne di durata esplicita
-t includere C.elegans trans-splicing, richiede -p, -5
-Z imposta i valori specifici del clade (verme, mosca, pianta)
-1 modello di singolo gene
-c
includi il modello di donatore di giunzione GC-AG
Usa hmm-assembler.pl online utilizzando i servizi onworks.net