HPCdaligner - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

HPCdaligner: genera uno script da eseguire diallineatore(1)

SINOSSI

Allineatore HPC [-vbAI] [-kint(14)] [-wint(6)][-hint(35)] [-tint] [-Mint] [-edoppio(.70)]
[-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-mpista]+ [-dalint(4)] [-gradiint(25)] percorso:db|dam
[primo: int[-ultimo:int]]

DESCRIZIONE

Allineatore HPC scrive uno script di shell UNIX nello standard output che consiste in una sequenza
di comandi che vengono eseguiti in modo efficace diallineatore(1) su tutte le coppie di blocchi di un database diviso
e poi li ordina esternamente e li unisce usando LAsort(1) e Unisci(1) in una collezione
di file di allineamento con nomi percorso.#.las dove # varia da 1 al numero di blocchi the
database è suddiviso in. Questi file ordinati se concatenati da say LA cat(1) conterrebbe
tutti gli allineamenti in ordine (di a-read, poi b-read e così via). Inoltre, tutto
le sovrapposizioni per un dato a-read sono garantite per non essere divise tra i file, quindi si può eseguire
analizzatori di artefatti o correzione di errori su ogni file ordinato in parallelo.

Il database deve essere stato precedentemente suddiviso da DB diviso(1) e tutti i parametri, tranne
-v, -dale -gradi, vengono inoltrate alle chiamate a diallineatore(1). Le impostazioni predefinite per
questi parametri sono come per diallineatore(1). Il -v flag, per verbose-mode, viene passato anche a
tutte le chiamate a LAsort(1) e Unisci(1). -dal ed -gradi le opzioni sono descritte più avanti.

Per un database suddiviso in N sottoblocchi, le chiamate a diallineatore(1) produrrà in totale
File 2TN^2 .las presupponendo che daligner venga eseguito con thread T. Questi verranno quindi ordinati e
uniti in N^2 file .las ordinati, uno per ogni coppia di blocchi. Questi vengono poi uniti in
ceil(log_deg N) fasi in cui il numero di file diminuisce geometricamente in -gradi fino a quando
c'è 1 file per riga della matrice di blocchi N x N. Quindi alla fine si ha N ordinato .las
file che, una volta concatenati, darebbero un singolo file di sovrapposizione ordinato di grandi dimensioni.

I -dal opzione (predefinito 4) fornisce il numero desiderato di confronti di blocchi per chiamata a
diallineatore(1). Alcuni devono contenere Dal-1 confronti, e il primo Dal-2 confronti di blocchi
anche meno, ma il Allineatore HPC "planner" fa del suo meglio per dare un carico medio di
dal confronto di blocchi per comando. Il -gradi opzione (predefinito 25) fornisce il numero massimo
di file che verranno uniti in un unico Unisci(1) comando. Il pianificatore fa il massimo
anche k-ary tree of merge, dove il numero di livelli è ceil(log_deg N).

Se gli interi prima di tutto ed ultimo mancano, quindi lo script prodotto è per ogni blocco in
la banca dati. Se prima di tutto è presente, allora Allineatore HPC produce uno script incrementale che
confronta i blocchi prima di tutto attraverso ultimo (ultimo = prima di tutto se non presenti) l'uno contro l'altro e
tutti i blocchi precedenti da 1 a prima di tutto-1, quindi aggiorna in modo incrementale i file .las per
blocchi da 1 a prima di tutto-1 e crea i file .las per i blocchi prima di tutto attraverso ultimo.

Ogni output della riga di comando UNIX dal Allineatore HPC può essere un lavoro batch (usiamo il &&
operatore per combinare diversi comandi in una riga per renderlo tale). Dipendenze tra
i lavori possono essere mantenuti semplicemente eseguendo prima tutti i diallineatore(1) lavori, quindi tutti i
processi di ordinamento iniziali e quindi tutti i processi in ciascuna fase dell'ordinamento di unione esterno. Ogni
di queste fasi è separato da una riga di commento informativa per il tuo script
convenienza.

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