idba - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

idba_hybrid - Iterative de Bruijn Graph Assembler per dati di sequenziamento ibrido

SINOSSI

idba_ibrido -r leggi.fa -o dir_output [--riferimento rif.fa]

DESCRIZIONE

IDBA-Tran è un assemblatore iterativo di lettura breve De Bruijn Graph De Novo per trascrittoma.
È un assemblatore puramente de novo basato solo sulle letture di sequenziamento dell'RNA. IDBA-Tran utilizza il locale
assemblaggio per ricostruire i k-mer mancanti in trascrizioni a bassa espressione e quindi impiega
cutoff progressivo sui contigs per separare il grafico in componenti. Ogni componente
corrisponde a un gene nella maggior parte dei casi e non contiene molti trascritti. un'euristica
algoritmo basato su letture pair-end viene quindi utilizzato per trovare le isoforme.

VERSIONI

-o, --fuori argomento (=fuori)
cartella di destinazione

-r, --leggere arg
file di lettura veloce (<=128)

--read_level_2 arg
paired-end legge fasta per ponteggi di secondo livello

--read_level_3 arg
paired-end legge fasta per ponteggi di terzo livello

--read_level_4 arg
paired-end legge fasta per ponteggi di quarto livello

--read_level_5 arg
paired-end legge fasta per ponteggi di quinto livello

-l, --lettura_lunga arg
file di lettura lunga fasta (>128)

--riferimento arg
genoma di riferimento

--visone argomento (=20)
valore k minimo (<=124)

--max argomento (=100)
valore k massimo (<=124)

--fare un passo argomento (=20)
incremento di k-mer di ogni iterazione

--inner_mink argomento (=10)
valore k minimo interno

--passo_interno argomento (=5)
incremento interno di k-mer

--prefisso argomento (=3)
lunghezza del prefisso utilizzata per costruire la tabella sub k-mer

--min_count argomento (=2)
molteplicità minima per filtrare k-mer durante la costruzione del grafico

--min_supporto argomento (=1)
supporto minimo in ogni iterazione

--num_thread argomento (=0)
numero di thread

--seed_kmer argomento (=30)
dimensione del seme kmer per l'allineamento

--min_contig argomento (=200)
dimensione minima di contig

--regione_min argomento (=500)
dimensione minima della regione nel genoma di riferimento

--simile argomento (=0.95)
somiglianza per allineamento

--max_mancata corrispondenza argomento (=3)
massima mancata corrispondenza della correzione degli errori

--min_coppie argomento (=3)
numero minimo di coppie

--max_gap argomento (=50)
distanza massima di riferimento

--no_locale
non usare l'assembly locale

--nessuna_copertura
non iterare sulla copertura

--no_corretto
non correggere

--pre_correzione
eseguire la pre-correzione prima del montaggio

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