img2dcm - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

img2dcm - Converti formati immagine standard in formato DICOM

SINOSSI

img2dcm [opzioni] imgfile-in dcmfile-out

DESCRIZIONE

I img2dcm serve come strumento di conversione da un formato di immagine standard come JPEG o BMP
a DICOM. È possibile selezionare diverse classi SOP di output. Le informazioni aggiuntive
(riguardo a pazienti, serie, ecc.) memorizzati nel file di output DICOM possono essere estratti da
altri file DICOM che fungono da "modello" per l'oggetto DICOM risultante. img2dcm può
anche essere configurato per inventare attributi DICOM di tipo 1 e tipo 2 mancanti per funzionare anche
senza alcun set di dati modello.

PARAMETRI

imgfile-in file immagine da importare

dcmfile-out file di output DICOM

VERSIONI

generale Opzioni
-h --aiuto
stampa questo testo di aiuto ed esci

--versione
stampa le informazioni sulla versione ed esci

--argomenti
stampa gli argomenti della riga di comando espansi

-q --silenzioso
modalità silenziosa, non stampa avvisi ed errori

-v --verboso
modalità dettagliata, stampa dei dettagli di elaborazione

-d --debug
modalità di debug, stampa informazioni di debug

-ll --log-level [l]evel: costante di stringa
(fatale, errore, avviso, informazioni, debug, traccia)
usa il livello l per il logger

-lc --log-config [f]nomeile: stringa
usa il file di configurazione f per il logger

ingresso Opzioni
generale:

-i --input-format [i]formato file di input: stringa
formati supportati: JPEG (predefinito), BMP

-df --dataset-from [f]nomeile: stringa
usa il set di dati dal file DICOM f

-stf --study-from [f]nomeile: stringa
leggere il paziente/studio dal file DICOM f

-sef --series-from [f]nomeile: stringa
leggere paziente/studio/serie dal file DICOM f

-ii --istanza-inc
aumenta il numero di istanze lette dal file DICOM

Formato Jpeg:

-dp --disable-progr
disabilita il supporto per JPEG progressivo

-de --disable-ext
disabilita il supporto per JPEG sequenziale esteso

-jf --insistere su jfif
insistere sull'esistenza dell'intestazione JFIF

-ka --keep-appn
mantieni le sezioni APPn (eccetto JFIF)

lavorazione Opzioni
controllo degli attributi:

--fare-controlli
abilita il controllo della validità degli attributi (impostazione predefinita)

--no-controlli
disabilita il controllo della validità degli attributi

+i2 --inserire-tipo2
inserire attributi di tipo 2 mancanti (predefinito)
(solo con --do-checks)

-i2 --no-type2-insert
non inserire attributi di tipo 2 mancanti
(solo con --do-checks)

+i1 --inventa-tipo1
inventare attributi mancanti di tipo 1
(solo con --do-checks)

-i1 --no-type1-invent
non inventare attributi di tipo 1 mancanti
(solo con --do-checks)

set di caratteri:

+l1 --latino1
imposta latin-1 come set di caratteri standard (predefinito)

-l1 --no-latino1
mantieni l'ASCII a 7 bit come set di caratteri standard

altre opzioni di elaborazione:

-k --key [k]ey: gggg,eeee="str", nome del percorso o del dizionario="str"
aggiungi un ulteriore attributo

produzione Opzioni
classe SOP di destinazione:

-sc --sec-cattura
scrivere la classe SOP di acquisizione secondaria

-nsc --nuovo-sc
scrivere nuove classi SOP di acquisizione secondaria

-vlp --vl-foto
scrivere la classe SOP fotografica a luce visibile (impostazione predefinita)

formato del file di output:

+F --scrivi-file
scrivere il formato del file (predefinito)

-F --write-set di dati
scrivi set di dati senza meta informazioni sul file

codifica della lunghezza del gruppo:

+g= --group-length-ricalc
ricalcolare le lunghezze del gruppo se presente (impostazione predefinita)

+g --gruppo-lunghezza-creare
scrivi sempre con elementi di lunghezza di gruppo

-g --group-length-remove
scrivi sempre senza elementi di lunghezza del gruppo

codifica della lunghezza in sequenze ed elementi:

+e --length-esplicito
scrivere con lunghezze esplicite (predefinito)

-e --lunghezza-non definita
scrivere con lunghezze indefinite

riempimento finale del set di dati (non con --write-dataset):

-p --imbottitura
nessun riempimento (implicito se --write-dataset)

+p --padding-create [f]ile-pad [i]tem-pad: intero
allinea il file su più di f byte
e elementi su più di i byte

NOTE

Attributo fonti
Per convertire un formato immagine generale in formato DICOM, il img2dcm l'applicazione potrebbe essere
alimentato con alcuni input aggiuntivi per riempire gli attributi obbligatori (e facoltativi) nel nuovo
File DICOM come informazioni su pazienti, studi e serie. Queste informazioni possono essere raccolte
utilizzando approcci diversi, che possono essere combinati e applicati al file dei risultati in
il seguente ordine:

· Usando il --dataset-da opzione img2dcm è costretto a importare attributi da un esistente
file DICOM. Il file DICOM fornito è completamente importato e funge da base per tutto
ulteriori operazioni di esportazione. Come eccezione, l'UID dell'istanza SOP non viene copiato da questo
opzione. Anche i dati relativi all'immagine come righe, colonne ecc. vengono scambiati durante la conversione.
Si noti che img2dcm non controlla la validità di nessun altro attributo, ad es
non guardare nelle sequenze per adattare gli attributi al nuovo oggetto (immagini di riferimento
eccetera.). Pertanto, si consiglia di utilizzare i modelli nella directory dei dati per (vecchio)
Oggetti SC e VLP. Vedere anche la sezione "Modelli di input".
· Il --studia-da ed --serie-da le opzioni (mutuamente esclusive) possono essere utilizzate per importare
informazioni su paziente, studio e serie da un file DICOM esistente. Se --serie-da is
specificato, il file DICOM specificato viene aperto da img2dcm e tutte le informazioni obbligatorie
fino al livello della serie viene importato. Si noti che questo include paziente, studio e serie
informazione. In caso di --studia-da, le informazioni sulla serie sono escluse. Il seguente
gli attributi sono presi in carico:
Livello del paziente:
Nome del paziente
ID paziente
Sesso del paziente
Data di nascita del paziente
Set di caratteri specifico

Livello di studio:
Istanza di studio UID
Data di studio
Tempo di studiare
Nome del medico di riferimento
ID studio
Numero di accesso

Livello serie (solo in caso di opzione --series-from):
UID istanza serie
Numero di serie
Costruttore
· Con il --inserire-tipo2 ed --invent-tipo1 opzioni (entrambe abilitate per impostazione predefinita), mancanti
attributi (attributi di tipo 2) e/o valori di attributo mancanti (per attributi di tipo 1)
vengono aggiunti e inventati automaticamente da img2dcm. Si prega di notare che queste opzioni sono solo
valutato se opzione --fare-controlli è abilitato (impostazione predefinita). Se la --no-controlli opzioni è
abilitato, non avverrà alcun inserimento automatico degli attributi.
· Il --chiave L'opzione può essere utilizzata per aggiungere ulteriori attributi al file di output DICOM. Questo
l'opzione viene applicata alla fine, appena prima di salvare il file DICOM. È altresì
possibile specificare sequenze, elementi e attributi nidificati utilizzando il --chiave opzione. In
in questi casi, deve essere utilizzata una speciale notazione 'percorso'. I dettagli su questa notazione di percorso possono
si trovano nella documentazione di dcmodifica.
UID
Vengono generati nuovi UID di istanza di studio e serie if necessaria dopo aver applicato il --studio-
da ed --serie opzioni. Se l'UID dell'istanza di studio o l'UID dell'istanza della serie non sono presenti
dopo questi passaggi, vengono nuovamente generati, indipendentemente l'uno dall'altro. un contrario
comportamento viene scelto per l'UID dell'istanza SOP che ci si potrebbe aspettare di assumere quando
usando il --dataset-da opzione. Questo è non nel caso, l'UID dell'istanza SOP è non copiato
al nuovo oggetto. Questo dovrebbe essere il comportamento desiderabile per la maggior parte dei casi d'uso. Tuttavia, se a
un determinato UID dell'istanza SOP dovrebbe essere inserito nel nuovo oggetto, il --chiave l'opzione dovrebbe
essere usato.
Ingresso Modelli
Per supportare la conversione in DICOM, img2dcm viene fornito con alcuni modelli predefiniti
che può essere utilizzato per il --dataset-da opzione (vedi file di esempio SC.dump ed VLP.dump).
Questi modelli devono essere riempiti con i valori desiderati e quindi devono essere scaricati
(convertito) in un file DICOM prima di essere effettivamente utilizzato con img2dcm. Utilizzare dump2dcm a
convertire il dump in DICOM. Esempio:
dump2dcm SC.dump SC.dcm

È possibile utilizzare qualsiasi file DICOM come modello. Si prega di notare che il DICOM completo
il set di dati viene importato; quindi, dovrebbe essere assicurato che sono presenti solo attributi che
dovrebbe essere parte dell'oggetto DICOM costruito. L'UID della classe SOP e i dati dei pixel
gli attributi (inclusi attributi come Righe, Colonne ecc.) non vengono copiati ma sostituiti da
img2dcm durante la conversione.
Ingresso plugin
I img2dcm l'applicazione attualmente supporta il formato immagine JPEG e BMP come input.
JPEG Ingresso per Redmine
Per JPEG, il JPEG originale dal file sorgente non viene decodificato ma estratto e leggermente
trasformato (ad es. l'intestazione JFIF è tagliata) per consentire una rapida conversione anche di file JPEG di grandi dimensioni
senza bisogno di decodifica e ricodifica. Il plugin JPEG sceglie l'output necessario
trasferire la sintassi automaticamente a seconda della codifica effettiva dei dati all'interno del JPEG
file. Pertanto, le seguenti sintassi di trasferimento (e le relative codifiche JPEG)
sono utilizzati dal plugin JPEG:
· Processo di codifica JPEG 1 Baseline, con perdita, non gerarchico, sequenziale, DCT, Huffman, 8 bit
Classe SOP = 1.2.840.10008.1.2.4.50
· Processo di codifica JPEG 2 (8 bit) e 4 (12 bit) esteso, con perdita, non gerarchico,
Sequenziale, DCT, Huffman, 8/12 Bit Classe SOP = 1.2.840.10008.1.2.4.51
· Processo di codifica JPEG 10 (8 bit) e 12 (12 bit) a progressione completa, con perdita, non gerarchico,
Classe SOP progressiva, DCT, Huffman, 8/12 bit = 1.2.840.10008.1.2.4.55
Sono supportate le immagini a colori e in scala di grigi.
Il supporto per Extended JPEG Transfer Syntax può essere disabilitato (--disable-est opzione)
così come il supporto per la (ritirata) sintassi di trasferimento JPEG progressivo (--disabilita-programma
opzione).
La codifica JPEG lossless e qualsiasi modalità di codifica JPEG aritmetica o gerarchica sono
non supportato dal plugin.
Le informazioni JFIF (JPEG File Interchange Format) facilitano i marker APPn opzionali in a
File JPEG. Molte fotocamere digitali non integrano tali informazioni JFIF nel JPEG
output che creano. Ad esempio, JFIF contiene informazioni sulle proporzioni dei pixel di
l'immagine compressa. Se vuoi il img2dcm applicazione per insistere su un'intestazione JFIF in
il flusso JPEG, puoi usare l'opzione --insistere-su-jfif che si interromperà se non JFIF
informazioni possono essere trovate. Per impostazione predefinita, le informazioni JFIF mancanti vengono ignorate.
Per DICOM è una sorta di "zona grigia", sia che si tratti dell'integrazione di JFIF (o di qualsiasi altra APPn)
i dati nel flusso JPEG interno dell'oggetto DICOM sono consentiti o meno. Tuttavia, il più
un approccio affidabile consiste nel tagliare quei marker e le loro informazioni dal flusso JPEG. Questo
approccio è adottato anche da img2dcm applicazione. Per impostazione predefinita, tutti i marker APPn sono tagliati
fuori dal flusso JPEG originale. Tuttavia, se si desidera mantenere altri indicatori APPn rispetto a
JFIF (ad es. informazioni EXIF) all'interno del flusso DICOM, l'opzione --keep-appn fa il
trucco. Dovrebbe anche essere leggermente più veloce del taglio delle informazioni APPn, perché lo è
non è necessario scansionare l'intero flusso JPEG per tali dati. Le informazioni JFIF sono sempre
rimosso da img2dcm.
BMP Ingresso per Redmine
img2dcm supporta BMP come formato di input. Tuttavia, finora sono solo le immagini BMP più comuni
supportato. In particolare, le immagini BMP che utilizzano campi di bit o codifica della lunghezza di esecuzione saranno
respinto. Tali immagini sono rare. Tutte le immagini in ingresso verranno convertite in un'immagine DICOM
con modello di colore RGB e una profondità di bit di 24. Non ci sono opzioni specifiche per la messa a punto
Conversione formato BMP.
Uscita plugin
La classe SOP di output desiderata può essere selezionata sulla riga di comando. Attualmente, un'esportazione
plugin per la classe SOP Secondary Capture Image (predefinito, opzione -ns), il nuovo Secondario
Cattura immagini classi SOP (opzione -nsc) e Classe SOP dell'immagine fotografica a luce visibile
(opzione -vl) sono disponibili. Si prega di notare che il primo è deprecato secondo il
Standard DICOM ma è selezionato come predefinito perché è ampiamente supportato. Futuro
versioni di img2dcm potrebbe fornire ulteriori plug-in di output per altre classi SOP.
Per le nuove classi SOP Secondary Capture, non è possibile specificare quale specifico
La classe SOP dovrebbe essere usata per l'output. Questo perché queste nuove classi SOP sono
differenziati l'uno dall'altro dalla profondità del colore (1/8/16) e dal fatto che l'immagine sia
bianco/nero o a colori. È per questo img2dcm decide durante la conversione, quale uscita SOP
class è adatta per una data immagine sorgente.

ESEMPI

Ecco alcuni esempi che mostrano come il img2dcm l'applicazione può essere utilizzata.
1. img2dcm image.jpg out.dcm
Leggi il file JPEG 'image.jpg', converti nella vecchia classe Secondary Capture SOP e salva
il risultato nel file DICOM 'out.dcm'. Questo è il modo più semplice di usare img2dcm. Qualsiasi tipo
Gli attributi 1 e di tipo 2 richiesti per scrivere oggetti validi di questa classe SOP sono
inserito automaticamente.
2. img2dcm -i BMP immagine.bmp out.dcm
Come sopra ma dice a img2dcm di leggere un file BMP invece di JPEG.
3. img2dcm image.jpg out.dcm -vlp -k 'PatientName=Bond^James'
Uguale al primo esempio, ma scrive l'oggetto Immagine fotografica a luce visibile su "out.dcm"
e imposta PatientName su 'Bond^James' che altrimenti rimarrebbe vuoto.
4. img2dcm image.jpg out.dcm --series-from template.dcm -k 'PatientName=Bond^James'
Uguale a 1), ma importa informazioni paziente/studio/serie dal file DICOM
'modello.dcm'. Si prega di notare che l'attributo PatientName conterrà 'Bond^James' at
alla fine, qualsiasi valore di 'template.dcm' verrà sovrascritto. Cioè, perché il -k
l'opzione viene applicata alla fine della pipeline di conversione (vedi sopra).
5. img2dcm image.jpg out.dcm --nessun controllo
Uguale a 1), ma non esegue alcun controllo degli attributi e nessun tipo 1 e tipo 2
inserimento attributi! Quindi, in questo caso, verrebbe generato un oggetto DICOM non valido. Questo
può essere interessante se il file di output non deve essere completato ma subirà
ulteriori trasformazioni, ad esempio l'aggiunta di attributi utilizzando dcmodifica. Usa solo l'opzione --No-
controlli se sai cosa stai facendo!
6. img2dcm image.jpg out.dcm --no-type1-invent
Uguale a 1), ma non inserisce gli attributi di tipo 1 mancanti e/oi relativi valori. Tipo 2
verranno inseriti gli attributi. Si noti che in questo caso si deve garantire che tutti i tipi 1
gli attributi sono forniti con altri mezzi, ad esempio aggiungendoli con il --chiave opzione.
Altrimenti, img2dcm segnalerà un errore e interromperà la conversione.
7. img2dcm image.jpg out.dcm --keep-appn --insist-on-jfif
Uguale a 1), ma acquisisce le informazioni APPn come EXIF ​​negli oggetti DICOM
flusso JPEG risultante. Ulteriore, --insistere-su-jfif forzerà img2dcm abortire se no
Le informazioni JFIF sono presenti nel file di origine.

REGISTRAZIONE

Il livello di registrazione dell'output dei vari strumenti della riga di comando e delle librerie sottostanti può
essere specificato dall'utente. Per impostazione predefinita, nello standard vengono scritti solo gli errori e gli avvisi
flusso di errore. Usando l'opzione --verboso anche messaggi informativi come i dettagli di elaborazione
sono segnalati. Opzione - debug può essere utilizzato per ottenere maggiori dettagli sull'attività interna,
ad esempio per scopi di debug. Altri livelli di registrazione possono essere selezionati utilizzando l'opzione --tronco d'albero-
livello. in --silenzioso vengono segnalati solo errori fatali. In tali eventi di errore molto gravi,
l'applicazione di solito termina. Per maggiori dettagli sui diversi livelli di registrazione,
vedere la documentazione del modulo 'oflog'.
Nel caso in cui l'output di registrazione debba essere scritto su file (facoltativamente con la rotazione del file di registro),
a syslog (Unix) o all'opzione registro eventi (Windows) --log-config può essere utilizzato. Questo
il file di configurazione consente anche di indirizzare solo determinati messaggi a un particolare output
stream e per filtrare determinati messaggi in base al modulo o all'applicazione in cui si trovano
sono generati. Un file di configurazione di esempio è fornito in /logger.cfg.

COMANDO LINE

Tutti gli strumenti della riga di comando utilizzano la seguente notazione per i parametri: parentesi quadre racchiudono
valori facoltativi (0-1), tre punti finali indicano che sono consentiti più valori
(1-n), una combinazione di entrambi significa valori da 0 a n.
Le opzioni della riga di comando si distinguono dai parametri da un segno '+' o '-' iniziale,
rispettivamente. Di solito, l'ordine e la posizione delle opzioni della riga di comando sono arbitrari (cioè
può apparire ovunque). Tuttavia, se le opzioni si escludono a vicenda, l'aspetto più a destra
viene utilizzato. Questo comportamento è conforme alle regole di valutazione standard delle comuni shell Unix.
Inoltre, è possibile specificare uno o più file di comando utilizzando un segno '@' come prefisso per
il nome del file (es @comando.txt). Tale argomento di comando è sostituito dal contenuto di
il file di testo corrispondente (più spazi bianchi sono trattati come un singolo separatore a meno che
compaiono tra due virgolette) prima di ogni ulteriore valutazione. Si prega di notare che
un file di comandi non può contenere un altro file di comandi. Questo approccio semplice ma efficace
permette di riassumere combinazioni comuni di opzioni/parametri ed evita lunghe e
righe di comando confuse (un esempio è fornito in file /dumppat.txt).

AMBIENTE

I img2dcm l'utility tenterà di caricare i dizionari di dati DICOM specificati nel
DCMDICPATH variabile d'ambiente. Per impostazione predefinita, cioè se il DCMDICPATH variabile d'ambiente
non è impostato, il file /dicom.dic verrà caricato a meno che non venga creato il dizionario
nell'applicazione (impostazione predefinita per Windows).
Il comportamento predefinito dovrebbe essere preferito e il DCMDICPATH solo variabile d'ambiente
utilizzato quando sono richiesti dizionari di dati alternativi. Il DCMDICPATH variabile d'ambiente
ha lo stesso formato della shell Unix PERCORSO variabile in quanto i due punti (':') separa
inserimenti. Sui sistemi Windows, viene utilizzato un punto e virgola (';') come separatore. Il dizionario dei dati
il codice tenterà di caricare ogni file specificato nel DCMDICPATH variabile d'ambiente. Esso
è un errore se non è possibile caricare alcun dizionario dati.

Usa img2dcm online utilizzando i servizi onworks.net