Questo è il comando indexdb_rna che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
indexdb_rna - strumento per il filtraggio, la mappatura e le letture NGS di prelievo OTU (indexdb)
SINOSSI
indicedb_rna --rif db.fasta,db.idx [OPZIONI]
DESCRIZIONE
SortMeRNA è uno strumento di analisi delle sequenze biologiche per il filtraggio, la mappatura e il prelievo di OTU
NGS legge. L'algoritmo di base si basa su semi approssimativi e consente una rapida e
analisi sensibili di sequenze nucleotidiche. L'applicazione principale di SortMeRNA è il filtraggio
rRNA da dati metatrascrittomici. Altre applicazioni includono il prelievo OTU e
assegnazione della tassonomia disponibile tramite QIIME v1.9+ (http://qiime.org -v1.9.0-rc1).
SortMeRNA prende come input un file di read (formato fasta o fastq) e uno o più rRNA
file di database e ordina l'rRNA e le letture rifiutate in due file specificati da
utente. Facoltativamente, può fornire allineamenti locali di alta qualità di letture di rRNA contro il
banca dati dell'rRNA. SortMeRNA funziona con dati Illumina, 454, Ion Torrent e PacBio e può
produrre allineamenti simili a SAM e BLAST.
VERSIONI
OBBLIGATORIO VERSIONI
--rif STRINGA, STRINGA
File di riferimento FASTA, file indice
Esempio:
--rif /percorso/a/file1.fasta,/percorso/a/indice1
Se si passano più file di sequenza di riferimento, separarli con ':'
Esempio:
--rif /percorso/f1.fasta,/percorso/indice1:/percorso/f2.fasta,percorso/indice2
OPTIONAL VERSIONI
--veloce BOOL
opzione suggerita per allineare circa il 99% di specie correlate (impostazione predefinita: disattivata)
--sensibile BOOL
opzione suggerita per allineare circa il 75-98% di specie correlate (impostazione predefinita: attiva)
--tmpdir STRING
directory dove scrivere i file temporanei
-m INT la quantità di memoria (in Mbyte) per la creazione dell'indice (predefinito: 3072)
-L INT lunghezza del seme (predefinito: 18)
--max_pos INT
numero massimo di posizioni da memorizzare per ogni L-mer univoco (predefinito: 10000, impostazione
--max_pos 0 memorizzerà tutte le posizioni)
-v BOOL
verboso
-h BOOL
Aiuto
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