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PROGRAMMA:

NOME

raffigurazione indaco - utilità di rendering di molecole e reazioni

SINOSSI

indaco-raffigurano filein.{mol,rxn,cml,smi} file di output.{png,svg,pdf} [parametri]

indaco-raffigurano filein.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} file_uscita_%s.{png,svg,pdf} [parametri]

indaco-raffigurano infile.smi file di output.{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [parametri]

indaco-raffigurano - SORRISI file di output.{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [parametri]

indaco-raffigurano -Aiuto

DESCRIZIONE

indaco-raffigurano è usato per rappresentare le molecole.

VERSIONI

indaco-raffigurano può leggere file di input o codice SMILES dallo standard input. Questi possono essere
seguito da uno o più dei seguenti parametri.

-w
Larghezza immagine in pixel

-h
Altezza immagine in pixel

-legame
Lunghezza media del legame in pixel

-margini
Margini orizzontali e verticali, in pixel. Nessun margine per impostazione predefinita

-spessore
Imposta il fattore di spessore relativo. L'impostazione predefinita è 1.0

-larghezza della linea
Imposta il fattore di larghezza della linea di legame. L'impostazione predefinita è 1.0

-etichetta
Imposta la modalità di visualizzazione dell'etichetta dell'atomo. L'impostazione predefinita è terminale-etero

-idro
Mostra gli idrogeni impliciti. L'impostazione predefinita è on

-[de]aroma
Forza [de]aromatizzazione

-stereo
Modalità di visualizzazione degli stereogruppi. L'impostazione predefinita è vecchio

-cdbwsa
Centra doppi legami che hanno un legame stereo adiacente (disabilitato per impostazione predefinita)

-interrogazione Tratta l'input come una molecola o una reazione di query (disabilitato per impostazione predefinita)

-intelligente
Tratta l'input come una molecola o una reazione di query SMARTS (disabilitato per impostazione predefinita)

-idcampo
Campo SDF/RDF da mettere al posto di '%s' nei nomi dei file salvati (il valore predefinitoè
molecola/numero di reazione)

-catalizzatori
Posizionamento dei catalizzatori di reazione rispetto alla freccia. L'impostazione predefinita è sopra e sotto

-commento
Commento testuale da inserire sopra la molecola o la reazione. Nessun valore predefinito

-commentooffset
Spazio verticale (in pixel) tra il commento e la struttura

-campo dei commenti
Usa il campo SDF/RDF specificato come commento

-nomecommento
Usa il nome della molecola/reazione come commento

-dimensione del commento
Fattore di dimensione del carattere del commento di testo relativo allo spessore del legame. L'impostazione predefinita è 6

-commenti
Posizione del commento di testo (in basso per impostazione predefinita)

-commentalign <0..1>
Allineamento del commento di testo, un valore float: 0 = sinistra, 0.5 = centro, 1 = giusto

-colorazione
Abilita/disabilita la colorazione. L'impostazione predefinita è on

-hlspesso
Abilita l'evidenziazione con linee spesse e caratteri in grassetto

-hlcolore
Abilita l'evidenziazione con il colore. I valori dei componenti devono essere compresi nell'intervallo [0 255 ..]

-bgcolore
Imposta il colore di sfondo. I valori dei componenti devono essere compresi nell'intervallo [0 255 ..]

-colore di base
Imposta il colore di primo piano predefinito. I valori dei componenti devono essere compresi nell'intervallo [0 255 ..]

-amcolor
Imposta il colore degli indici AAM. I valori dei componenti devono essere compresi nell'intervallo [0 255 ..]

-dsgcolore
Imposta il colore degli SGroups di dati. I valori dei componenti devono essere compresi nell'intervallo [0 255 ..]

-commentocolore
Imposta il colore del commento. I valori dei componenti devono essere compresi nell'intervallo [0 255 ..]

-numeri atomici
Mostra numeri atomici (solo per scopi di debug)

-numeri obbligazionari
Mostra i numeri delle obbligazioni (solo a scopo di debug)

-unobasato
Inizia gli indici atomici e obbligazionari da uno. Il valore predefinito è da zero

-Aiuto Stampa questo messaggio di aiuto

ESEMPI

indaco-raffigurano file.mol file.png -colorazione MENO -aroma
indaco-raffigurano database.sdf molecola_%s.png -idcampo cdbregno -spessore 1.1
indaco-raffigurano banca dati.smi database.sdf
indaco-raffigurano - CC.[O-][*-]([O-])=O query.png -interrogazione
indaco-raffigurano - OCO>>CC(C)N reazione.rxn

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