king-probe - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

king-probe - Valuta e visualizza l'imballaggio interatomico delle proteine

DESCRIZIONE

Sintassi: probe input.pdb >> out.kin

oppure: probe [flags] "src pattern" ["target pattern"] pdbfiles... >> out.kin

Bandiere:
-Se stesso autointersezione: src -> src (predefinito)

-Entrambi intersecano entrambi i modi: src <=> targ

-Una volta intersezione singola: src -> targ

-Fuori superficie esterna van der Waals di src (superficie di contatto con il solvente)

-Autobondrot Nome del file
leggere ed elaborare un file autobondrot

scorciatoie:

< >uguale a: -4H -mc -il -se stesso "altA ogt33"

-DEFAULT
uguale a: < >, ma consente altri flag

-SCSuperficie uguale a: -far cadere -rad1.4 -su "non acqua"

-Esposto
uguale a: -far cadere -rad1.4 -su (nota: modello forniture utente)

-Una superficie
uguale a: -far cadere -rad0.0 -aggiungi1.4 -su "non acqua"

-ACCESSO
uguale a: -far cadere -rad0.0 -aggiungi1.4 -su (nota: modello forniture utente)

-SCAN0 uguale a: -4H -mc -se stesso "alta blt40 ogt33"

-SCAN1 uguale a: -4H -una volta "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65,(non acqua ogt33)"

-DUMPAtominfo
conta gli atomi nella selezione: src

(nota che BOTH e ONCE richiedono due modelli mentre

OUT, SELF e DUMPATOMINFO richiedono un solo pattern)

-Implicito
idrogeni impliciti

-Esplicito
idrogeni espliciti (predefinito)

-Densità#
imposta la densità dei punti (predefinito 16 punti/mq A)

-Raggio#. #
imposta raggio sonda (default 0.25 A)

-ADVdw#. #
offset aggiunto ai raggi di Van der Waals (predefinito 0.0)

-SCALAvdw#.# fattore di scala per i raggi di Van der Waals (default 1.0)

-COSCale#. #
scala C=O carbonio raggi di Van der Waals (default 0.94)

-Arpione disegna un picco invece di punti (predefinito)

-Arpione#. #
imposta la scala del picco (default=0.5)

-NO Spike
disegna solo punti

-HBregolare#.# sovrapposizione massima per Hbond regolari (default=0.6)

-HBCaricato#.# sovrapposizione massima per Hbond caricati (default=0.8)

-Mantenere mantieni gli atomi non selezionati (predefinito)

-Gocciolare rilascia atomi non selezionati

-Limite limita i punti di rilievo alla massima distanza durante il bacio (impostazione predefinita)

-Senza limiti
non limitare i punti in rilievo

-LEN aggiungi la parola chiave dell'obiettivo al file kin

-NOLEN
non aggiungere la parola chiave lens al file kin (predefinito)

-MC includi interazioni mainchain->mainchain

-HET includi punti nei gruppi HET non idrici (impostazione predefinita)

-NOHET
escludere i punti dai gruppi HET non acquosi

-ACQUE
includi punti sull'acqua (impostazione predefinita)

-NOWATER
escludere i punti dall'acqua

-WAT2wat
mostra punti tra le acque

-DUMPH2O
includere l'acqua H? lista vettoriale in output

-4H estendere la rimozione del punto della catena di legame a 4 per H (predefinito)

-3 limitare la rimozione del punto della catena di legame a 3

-2 limitare la rimozione del punto della catena di legame a 2

-1 limitare la rimozione del punto della catena di legame a 1

-IGNORARE drop esplicito "pattern": ignora gli atomi selezionati dal pattern

-DOCHO
riconoscere CH..O Hbonds

-CHO#. #
fattore di scala per punteggio CH..O Hbond (default=0.5)

-Polare H
usa raggi corti di idrogeni polari (predefinito)

-NOPolareH
non accorciare i raggi degli idrogeni polari

-NOFACEhbond non identificare HBonds a facce aromatiche

-Name "nome" specifica il nome del gruppo (predefinito "punti")

-DOTMASTER
nome del gruppo usato come master extra={name} nelle liste

-NOGruppo
non generare l'istruzione @group nell'output in formato .kin

-KINimmagine
aggiungi l'istruzione @kinemage 1 all'inizio dell'output in formato .kin

-Contapunti
produrre un conteggio di punti, non un elenco di punti

-Non formattato
emette informazioni sui punti grezzi

nome:pat:tipo:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
spY:spZ:spikeLen:punteggio:stipo:ttipo:x:y:z:sBval:tBval:

-OFORMATO
informazioni sui punti di output formattate per la visualizzazione in O

-XVFORMATO
informazioni sui punti di output formattate per la visualizzazione in XtalView

-UNA LINEA
output una riga :contatti:per:gravità:tipo:

-GAPcolore
punti colorati in base alla quantità di spazio vuoto (predefinito)

-ATOMcolore
punti colorati per tipo di atomo

-colore BASE
punti colorati per tipo di base di acido nucleico

-COLOREBase
punti colorati per gap e tipo di base di acido nucleico

-OUTCOLOr "nome" specifica il colore del punto per -FUORI (predefinito "grigio")

- Peso GAP#
imposta il peso per il punteggio delle lacune (predefinito 0.25)

-Peso URTO# imposta la scala relativa per il punteggio dei dossi (predefinito 10.0)

-Peso HB#
imposta la scala relativa per il punteggio Hbonds (default 4.0)

-DIVBasso#. #
Divisione per categorie di rilievi (predefinito -0.4)

-DIVAlto#. #
Divisione per categorie di contatti (predefinito 0.25)

-MINOCcapacità#. #
L'occupazione al di sotto di questa è uguale a zero (predefinito 0.02)

-Elemento
aggiungi pulsanti principali per diversi elementi nell'output kin

-NIENTE
non emettere contatti per HBonds

-NO SCONTRO
non emettere contatti per scontri

-NOV FUORI
non emettere contatti per le interazioni di van der Waals

-SOLOBADOUT
solo l'uscita badout è disturbata (contatti sovrapposti gravi)

-RIEPILOGO
elenco di riepilogo di output di contatti e scontri

-UNA LINEA
elenco di riepilogo dell'output su una riga

-NOTICK
non visualizzare il ticker del nome del residuo durante l'elaborazione

-STDBOND
assumere solo schemi di legame standard nei residui standard

-NOPARENTE
non legano gli idrogeni in base alla tabella degli atomi pesanti genitori

-SEGIDO utilizzare il campo PDB SegID per discriminare tra residui

-OLDU generare vecchio stile -u output: kissEdge2BullsEye, ecc

-VERBOSE
modalità dettagliata (predefinita)

-Riferimento
mostra la stringa di riferimento

-I cambiamenti
visualizzare un elenco di modifiche al programma

-Silenzioso modalità silenziosa

-Aiuto mostra avviso di aiuto esteso (include altri flag)

-VERSIONE
versione a una riga su stdout

Elementi del modello: (dovrebbero essere messi tra virgolette sulla riga di comando)

FILE# all'interno del file #

MODEL # all'interno del modello #

CATENAaa
all'interno della catena a

SEGaaaa
identificatore di segmento aaaa (dove _ rappresenta uno spazio vuoto)

ALta conformazione alternativa a

ATOMaaaa
atomo nome aaaa (dove _ rappresenta lo spazio vuoto) (tutti e 4 i caratteri sono usati quindi H sarebbe
ATOM_H__)

RESaaa residuo aaa

# residuo #

#a residuo #, inserisci a

#-# intervallo residuo # (codici di inserimento ignorati)

un tipo di residuo con codici a una lettera (es. y)

aaa tipo residuo con codici a tre lettere (es. tyr)

TUTTO, PROTEINE, MC, SC, BASE, ALFA, BETA, AZOTO, CARBONIO,
OSSIGENO, ZOLFO, FOSFORO, IDROGENO, METALLO, POLARE,
NON POLARE,CARICATO,DONATORE,ACCETTORE,AROMATICO,METILE, CALDO,ACQUA,DNA,RNA

tutti o un sottoinsieme degli atomi

OLT# Occupazione inferiore a # (percentuale intera)

OGT# Occupazione maggiore di # (percentuale intera)

BLT# Valore B minore di # (intero)

BGT# Valore B maggiore di # (intero)

INSa Inserisci il codice a (dove _ rappresenta lo spazio vuoto)

ENTRO #.# DI #.#, #.#, #.#
atomi a distanza dal punto

I modelli possono essere combinati in elenchi separati da virgole come "trp,phe,tyr" che significa
TRP o PHE o TYR.

I modelli che sono separati da spazi devono essere tutti veri come "chainb 1-5" che significa
residui da 1 a 5 nella catena B.

Puoi anche raggruppare motivi con parentesi, separare più motivi con |
che significa 'o' e scegli il complemento con NOT come in "non file1" che significa non in
scheda 1.

Un file autobondrot è simile ad altri file di input PDB ma include informazioni
identificare gli atomi soggetti a rotazioni e altre trasformazioni.

Esempio di frammento di file autobondrot che mostra la rotazione del legame Calpha-Cbeta e un periodico
funzione di penalità di torsione per questa rotazione

ATOM 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

bondrot:chi1:78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

cos:-3:60:3: ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
TYR 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

I comandi di Autobondrot utilizzano i due punti per separare i valori Trasformazioni:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # fittizio

Funzioni di polarizzazione:
COS:scala:offset di fase:frequenza POLY:scala:offset:polinomialeGradi CONST:valore

Ramificazione:
SALVA e RIPRISTINA o "(" e ")"

(ad es. per ruotare ogni Chi e i metilici per l'isoleucina il

la sequenza è: rotChi1/SAVE/rotChi2/rotCD1/RESTORE/rotCG2)

Imposta orientamento: GO:angle1:angle2:... Include file: @filename Commenti:
# testo del commento

probe: versione 2.13.110909, Copyright 1996-2011, J. Michael Word

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