Questo è il comando kmc_tools-filter che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
kmc_tools-filter - filtra le letture con un numero troppo piccolo di k-mer
SINOSSI
kmc_tools filtro [kmc_input_db_params]
[input_read_set_params] [output_read_set_params]
DESCRIZIONE
Questo comando filtra le letture con un numero troppo piccolo di k-mer.
VERSIONI
Per il database k-mers ci sono parametri aggiuntivi:
-ci
escludere k-mer che si verificano meno di volte
-cx
escludere k-mer che si verificano più di volte
Per il set di letture in ingresso ci sono parametri aggiuntivi:
-ci
rimuovere le letture che contengono meno k-mer di value. Può essere un numero intero o mobile
nell'intervallo [0.0;1.0]
-ci
rimuove le letture che contengono più k-mer di value. Può essere un numero intero o mobile
nell'intervallo [0.0;1.0]
-F
input in formato FASTA (-fa), formato FASTQ (-fq); predefinito: FASTQ
Per il set di letture in uscita ci sono parametri aggiuntivi:
-F
output in formato FASTA (-fa), formato FASTQ (-fq); impostazione predefinita: uguale all'input
ESEMPIO
kmc_tools filtro kmc_db -ci3 input.fastq -ci0.5 -cx1.0 filtered.fastq
filtro kmc_tools kmc_db input.fastq -ci10 -cx100 filtered.fastq
Usa kmc_tools-filter online utilizzando i servizi onworks.net
