kmer-mask - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

kmer-mask - set di maschere e filtri di sequenze nucleotidiche in base al contenuto di kmer

SINOSSI

kmer-maschera {-romanzo|-confermato} [-mdb database-mer] [-SM taglia più grande] [-edb database esistente] [-m
dimensione minima] [-e estendere-dimensione] [-soglia bassa l] [-soglia alta h] [-t fili] [-v] [-h
istogramma] [-promuovere|-declassare|-scartare] -1 in.1.veloceq [-2 in.2.veloceq] -o prefisso di uscita

DESCRIZIONE

Maschera e filtro set di sequenze (presumibilmente lette) per contenuto kmer. Il mascheramento può essere
fatto per conservare una nuova sequenza non presente nel database o per mantenere una sequenza confermata presente
nella banca dati. Il filtraggio separerà le sequenze completamente, parzialmente o non mascherate.

VERSIONI

-mdb database-mer
caricare i km di mascheramento da meryl(1) database-mer

-SM taglia più grande

-edb database esistente
salva i kmer di mascheramento in an esiste DB(1) dossier database esistente per ripartenze più veloci

-1 in.1.veloceq

-2 in.2.veloceq
input legge i file in formato fastq, fastq.gz, fastq.bz2 o fastq.xz. Il secondo è
facoltativo, ma incasina la classificazione dell'output se non presente.

-o su
prefisso per le letture in uscita

su.completamente mascherato.[12].fastq
legge con le basi 'bassa soglia' mantenute

su.parzialmente mascherato.[12].fastq
si legge in mezzo

su.ritenuto.[12].fastq
legge con più di basi 'hightreshold' mantenute

su.scartato.[12].fastq
legge con stato in conflitto

-m dimensione minima
ignora i risultati del database al di sotto di questo numero di kmer consecutivi (0)

-e estendere-dimensione
estendi gli hit del database a tutti questi kmer mancanti (0)

-romanzo RETAIN nuova sequenza non presente nel database

-confermato
CONSERVARE la sequenza confermata presente nel database

-promuovere
promuovere la lettura meno RITENUTA allo stato di lettura più RITENUTA
read1=completamente mascherato e read2=parzialmente mascherato -> entrambi sono parzialmente mascherati

-declassare
retrocedere la lettura più RITENUTA allo stato della lettura RITENUTA minore
read1=completamente mascherato e read2=parzialmente mascherato -> entrambi sono completamente mascherati

-scartare
scartare coppie con stato in conflitto (DEFAULT) read1=completamente mascherato e
read2=parzialmente mascherato -> entrambi vengono scartati

stats on Stderr, numero of sequenze con quantità CONSERVATO:
-soglia bassa t
(0.3333)

-soglia alta t
(0.6667)

-h istogramma
scrivere un istogramma della quantità di sequenza RITENUTA

-t t uso t thread di calcolo

-v mostra progressi

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