Questo è il comando LAshow che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici postazioni di lavoro online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
LAshow - mostra gli allineamenti locali dai file .las
SINOSSI
LAspettacolo [-caroUF] [-iint(4)] [-wint(100)][-bint(10)] src1:db|dam [src2:db|dam] allineare:las
[si legge:FILE | si legge: intervallo ...]
DESCRIZIONE
LAspettacolo produce un elenco stampato degli allineamenti locali contenuti nel .las . specificato
file, da dove provengono le letture a e b src1 o da src1 ed src2, rispettivamente. Se un
viene fornito un file o un elenco di intervalli di lettura, quindi solo le sovrapposizioni per le quali è presente l'a-read
viene visualizzato il set specificato dal file o dall'elenco. Vedere DBmostra(1) per una spiegazione di
come vengono interpretati il file e l'elenco degli intervalli di lettura.
VERSIONI
-F Invertire i ruoli delle letture a e b sul display
-U Usa le maiuscole per la sequenza del DNA invece delle minuscole predefinite
-identellatura
Imposta il rientro per le visualizzazioni del fumetto e/o dell'allineamento se richiesto.
(predefinito: 4)
-bnumeri_simboli
Imposta il numero di simboli su entrambi i lati dei segmenti allineati in un allineamento
Schermo. (predefinito: 10)
-ww Questo parametro viene utilizzato per le modalità di visualizzazione specificate da -a ed -r. (predefinito:
100)
-o Visualizza solo gli allineamenti che sono sovrapposizioni corrette, ovvero dove finisce una sequenza
si verifica a ciascuna estremità dell'allineamento
DISPLAY MODALITA '
-c Rendering del fumetto dell'allineamento
-un, -r Visualizza un allineamento dell'allineamento locale
I -a opzione mette esattamente w colonne per segmento del display, mentre il -r opzione
mette esattamente w simboli a-read in ogni segmento del display. Il -r la modalità di visualizzazione è
utile quando si vuole confrontare visivamente due allineamenti che coinvolgono lo stesso a-read. Se un
combinazione di -c, -ae -r le bandiere sono impostate, quindi viene prima il cartone animato, poi il -a
allineamento, e infine il -r allineamento.
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