Questo è il comando loadPulses che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online di Windows o emulatore online di MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
loadPulses - informazioni sugli impulsi di sequenziamento del carico
SINOSSI
loadPulses NomeFilebas cmpFileName [Opzioni]
DESCRIZIONE
loadPulses carica informazioni sugli impulsi di sequenziamento come la distanza tra gli impulsi o la qualità
informazioni nel file cmp.h5. Ciò consente di analizzare la cinetica e la qualità
informazioni per colonna di allineamento.
VERSIONI
NomeFilebas
L'input {bas,pls}.h5 o input.fofn.
cmpFileName
Il file cmp.h5 in cui caricare le informazioni sugli impulsi.
-metrica APPREZZIAMO
Un elenco di metriche separate da virgole (senza spazi).
Le opzioni valide sono:
WhenStarted, QualityValue, InsertionQV, MergeQV, DeletionQV, DeletionTag,
SubstitutionTag, SubstitutionQV, PreBaseFrames, IPD, StartFrame, PulseWidth,
WidthInFrames, Luce, pkmid, ClassifierQV, PulseIndex
Le opzioni predefinite sono:
QualityValue, ClassifierQV, StartFrame, PulseWidth, WidthInFrames, pkmid,
IPD
-failOnMissingData
Esci se mancano campi dati dall'input bas.h5 o pls.h5 che sono
necessario per caricare una metrica. L'impostazione predefinita è un avviso.
-da leggere
Caricare le informazioni sugli impulsi tramite lettura anziché buffering delle metriche.
-bimetrico
Carica le informazioni sugli impulsi tramite metrica anziché tramite lettura. Questo utilizza più memoria rispetto a
-da leggere, ma può essere più veloce.
-maxElementi APPREZZIAMO
Imposta un limite alla dimensione del file pls/bas da memorizzare nel buffer -bimetrico (valore predefinito:
massimo int). Utilizzare -da leggere se il limite viene superato.
-maxMemoria APPREZZIAMO
Imposta un limite (in GB) sulla memoria per memorizzare i dati con -bimetrico (valore predefinito: 4
GB). Utilizzare -da leggere se il limite viene superato.
-metaNElementi APPREZZIAMO
Imposta il numero di elementi nella cache dei metadati per la lettura del file bas/bax/pls.h5.
-rawNElementsAPPREZZIAMO
Imposta il numero di elementi nella cache dei dati grezzi per la lettura del file bas/bax/pls.h5.
-rawChunkSize APPREZZIAMO
Imposta la dimensione del blocco della cache dei dati grezzi per la lettura del file bas/bax/pls.h5.
Utilizzare loadPulses online utilizzando i servizi onworks.net
