Questo è il comando ltrsift che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
ltrsift - un'interfaccia grafica per la postelaborazione e la classificazione di LTR
candidati al retrotrasposone
SINOSSI
ltrsift
DESCRIZIONE
LTRsift è uno strumento desktop grafico per la postelaborazione semiautomatica delle previsioni de novo
Annotazioni del retrotrasposone LTR, come quelle generate da LTRharvest e LTRdigest.
CONFIGURAZIONE
Gli ULTIMI file binari (lastal e lastdb) dovrebbero trovarsi nel percorso di ricerca del sistema. Se essi
non lo sono, è possibile specificarne la posizione utilizzando l'ambiente "GT_LAST_PATH".
variabile prima di eseguire LTRsift. Lo stesso vale per la posizione BLAST. Utilizzo
``GT_BLAST_PATH” per specificare il percorso completo dell'eseguibile “blastall”.
I file di stile (che descrivono come appare il diagramma lineare delle caratteristiche candidate) possono essere
impostato tramite la variabile di ambiente LTRSIFT_STYLE_FILE. Viene creato uno stile predefinito sensato
in LTRsift.
Utilizza ltrsift online utilizzando i servizi onworks.net
