Questo è il comando macs2_randsample che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
macs2_randsample - Analisi basata su modello per il sequenziamento ChIP
DESCRIZIONE
utilizzo: macs2 randsample [-h] -t FILET [FILET ...] (-p PERCENTUALE | -n NUMERO)
[--seme SEED] [-o FILE OUTPUT] [--outdir OUTDIR]
[-s TSIZE] [-f {AUTO,BAM,SAM,LETTO,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}] [--verbose
VERBOSO]
opzionale argomenti:
-h, --Aiuto
mostra questo messaggio di aiuto ed esci
-t TFILE [TFILE ...], --tfile TFILE [TFILE ...]
File di allineamento chip-seq. Se più file vengono dati come '-t AB C', allora lo faranno
tutto da leggere e combinare. Nota che i dati di fine coppia non dovrebbero funzionare con questo
comando. NECESSARIO.
-p PERCENTUALE, --percentuale PERCENTUALE
Percentuale di tag che vuoi conservare. Ingresso 80.0 per 80%. Questa opzione non può essere utilizzata
allo stesso tempo con -n/--num. NECESSARIO
-n NUMERO, --numero NUMERO
Numero di tag che vuoi conservare. Immettere 8000000 o 8e+6 per 8 milioni. Questa opzione
non può essere utilizzato contemporaneamente con -p/--per cento. Nota che il numero di tag in
l'output è approssimativo come il numero qui specificato. NECESSARIO
--seme SEED
Impostare il seme casuale durante il campionamento dei dati. Deve essere un numero intero non negativo in
per essere efficace. DEFAULT: non impostato
-o FILE DI USCITA, --ofile FILE DI USCITA
Nome del file BED di output. Se non specificato, scriverà sullo standard output. PREDEFINITO:
stdout
--dir FUORIDIR
Se specificato, tutti i file di output verranno scritti in quella directory. Predefinito: il
directory di lavoro corrente
-s TAGLIA, --tsize TAGLIA
Dimensione dell'etichetta. Questo sovrascriverà la dimensione del tag rilevato automaticamente. PREDEFINITO: Non impostato
-f {AUTO,BAM,SAM,LETTO,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}, --formato
{AUTO,BAM,SAM,LETTO,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}
Formato del file tag, "AUTO", "BED" o "ELAND" o "ELANDMULTI" o "ELANDEXPORT" o
"SAM" o "BAM" o "BOWTIE". L'opzione AUTO predefinita deciderà macs2 randsample
che formato è il file. Si prega di controllare la definizione nel file README se si sceglie
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE. PREDEFINITO: "AUTOMATICO"
--verboso VERBOSO
Imposta il livello dettagliato. 0: mostra solo il messaggio critico, 1: mostra un avviso aggiuntivo
messaggio, 2: mostra le informazioni sul processo, 3: mostra i messaggi di debug. Se lo vuoi sapere
dove sono le letture duplicate, usa 3. DEFAULT:2
Usa macs2_randsample online utilizzando i servizi onworks.net
