mia-3dimagefilterstack - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

mia-3dimagefilterstack - Filtra una serie di immagini 3D.

SINOSSI

mia-3dimagefilterstack -i -o -t [opzioni]

DESCRIZIONE

mia-3dimagefilterstack Questo programma viene utilizzato per filtrare e convertire un numero consecutivo
serie di immagini in scala di grigi. I nomi dei file devono seguire il modello 'dataXXXX.v' (X essendo
cifre), cioè la numerazione viene subito prima del punto.

VERSIONI

-i --in-file=(input, richiesto); io
immagini di input da filtrare Per i tipi di file supportati vedere
PLUGIN:3dimage/io

-o --out-file=(output, richiesto); io
base del nome del file di output, i numeri vengono aggiunti in base al file di input
pattern e l'estensione del file viene aggiunta in base all'opzione 'type'.
Per i tipi di file supportati vedere PLUGINS:3dimage/io

-t --type=(richiesto); set
tipo di file di output tipo di file di output
supportato valori sono:( analizzare, pool di dati, dicom, hdf5, Inria, md,
niftì, Vff, vista, vti, vk, )

Aiuto & Info
-V --verbose=avvertimento
verbosità dell'output, stampa messaggi di un dato livello e priorità più alte.
Le priorità supportate a partire dal livello più basso sono:
info ‐ Messaggi di basso livello
tracciare ‐ Traccia chiamata funzione
fallire ‐ Segnalare i fallimenti dei test
identificazione dei warning ‐ Avvertenze
errore ‐ Segnala errori
mettere a punto ‐ Uscita di debug
messaggio ‐ Messaggi normali
fatale ‐ Segnala solo errori fatali

--diritto d'autore
stampa le informazioni sul copyright

-h --aiuto
stampa questo aiuto

-? --uso
stampa un breve aiuto

--versione
stampa il numero di versione ed esci

Processando
--thread=-1
Numero massimo di thread da utilizzare per l'elaborazione, questo numero dovrebbe essere inferiore
o uguale al numero di core del processore logico nella macchina. (-1:
stima automatica).Numero massimo di thread da utilizzare per l'elaborazione,Questo
il numero deve essere inferiore o uguale al numero di core del processore logico in
la macchina. (-1: stima automatica).

PLUGIN: 1d/kernel spaziale

cdiff kernel filtro differenza centrale, vengono utilizzate condizioni al contorno specchio.

(nessun parametro)

gauss kernel del filtro di Gauss spaziale, i parametri supportati sono:

w = 1; uint in [0, inf)
metà larghezza del filtro.

PLUGIN: 1g/splinebc

specchio Condizioni al contorno di interpolazione spline che si specchiano sul confine

(nessun parametro)

ripetere Condizioni al contorno dell'interpolazione spline che ripete il valore al confine

(nessun parametro)

zero Condizioni al contorno di interpolazione spline che assumono zero per valori esterni

(nessun parametro)

PLUGIN: 1d/splinekernel

bspline Creazione del kernel B-spline, i parametri supportati sono:

d = 3; intero in [0, 5]
Grado spline.

mamme Creazione del kernel OMoms-spline, i parametri supportati sono:

d = 3; intero in [3, 3]
Grado spline.

PLUGIN: Immagine 3D/combinatore

abdiff Combinatore di immagini 'absdiff'

(nessun parametro)

aggiungere Combinatore di immagini "aggiungi"

(nessun parametro)

div Combinatore di immagini 'div'

(nessun parametro)

mul Combinatore di immagini 'mul'

(nessun parametro)

sotto Combinatore di immagini 'sub'

(nessun parametro)

PLUGIN: 3dimmagine/filtro

passa-banda filtro passa-banda di intensità, i parametri supportati sono:

max = 3.40282e+38; galleggiante
massimo della banda.

verbale = 0; galleggiante
minimo della banda.

binarizzare filtro binarizzazione immagine, i parametri supportati sono:

max = 3.40282e+38; galleggiante
massimo dell'intervallo accettato.

verbale = 0; galleggiante
minimo dell'intervallo accettato.

close stretta morfologica, i parametri supportati sono:

accennare = nero; corda
un accenno al contenuto principale dell'immagine (nero|bianco).

forma = [sfera:r=2]; fabbrica
elemento strutturante. Per i plug-in supportati vedere PLUGINS:3dimage/shape

combinare Combina due immagini con l'operatore combinatore dato. se 'reverse' è impostato su
false, il primo operatore è l'immagine passata attraverso la pipeline del filtro e
la seconda immagine viene caricata dal file fornito con il parametro 'image' il
momento in cui il filtro viene eseguito., i parametri supportati sono:

Immagine =(input, richiesto, stringa)
seconda immagine necessaria nel combinatore.

op =(richiesto, fabbrica)
Combinatore di immagini da applicare alle immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:3dimage/combiner

invertire = 0; bollo
invertire l'ordine in cui le immagini sono passate al combinatore.

convertire filtro di conversione del formato dei pixel dell'immagine, i parametri supportati sono:

a = 1; galleggiante
parametro di conversione lineare a.

b = 0; galleggiante
parametro di conversione lineare b.

carta geografica = optare; detto
mappatura di conversione. I valori supportati sono:
optare ‐ applicare una trasformazione lineare che mappi l'intervallo di input reale a
l'intera gamma di uscita
gamma ‐ applicare la trasformazione lineare che mappa il tipo di dati di input
range al tipo di dati di uscita range
copia ‐ copiare i dati durante la conversione
lineare ‐ applica la trasformazione lineare x -> a*x+b
optstat ‐ applicare una trasformata lineare che mappa in base alla media di input e
variazione all'intera gamma di uscita

rep = ubite; detto
tipo di pixel di uscita. I valori supportati sono:
nessuna ‐ nessun tipo di pixel definito
galleggiante ‐ virgola mobile 32 bit
sbite ‐ firmato 8 bit
lungo ‐ 64 bit senza segno
doppio ‐ virgola mobile 64 bit
San Nicola ‐ firmato 32 bit
USHORT ‐ 16 bit senza segno
corto ‐ firmato 16 bit
uint ‐ 32 bit senza segno
lungo ‐ firmato 64 bit
bit ‐ dati binari
ubite ‐ 8 bit senza segno

raccolto Ritaglia una regione di un'immagine, la regione è sempre fissata all'immagine originale
size nel senso che viene mantenuto l'intervallo dato., i parametri supportati sono:

fine = [[4294967295,4294967295,4294967295]]; in streaming
fine dell'intervallo di ritaglio, massimo = (-1,-1,-1).

inizia a = [[0,0,0]]; in streaming
inizio dell'intervallo di ritaglio.

espande Filtro dilata pila di immagini 3D, i parametri supportati sono:

accennare = nero; corda
un accenno al contenuto principale dell'immagine (nero|bianco).

forma = [sfera:r=2]; fabbrica
elemento strutturante. Per i plug-in supportati vedere PLUGINS:3dimage/shape

distanza Valutare la trasformazione della distanza 3D di un'immagine. Se l'immagine è una maschera binaria,
quindi il risultato della trasformata della distanza in ogni punto corrisponde all'Euclideo
distanza dalla maschera. Se l'immagine di input è di un valore di pixel scalare, allora il
questo scalare viene interpretato come heighfield e il valore per pixel si aggiunge al
distanza.

(nessun parametro)

ridimensionare Ridimensiona l'immagine di input utilizzando una determinata dimensione del blocco per definire il ridimensionamento
fattore. Prima di ridimensionare l'immagine viene filtrata da un filtro di levigatura per
eliminare i dati ad alta frequenza ed evitare artefatti di aliasing., supportato
i parametri sono:

b = [[1,1,1]]; 3dlimiti
misura del blocco.

bx = 1; uint in [1, inf)
dimensione del blocco in direzione x.

by = 1; uint in [1, inf)
dimensione del blocco in direzione y.

bz = 1; uint in [1, inf)
dimensione del blocco in direzione z.

Kernel = gauss; corda
kernel filtro levigante da applicare, la dimensione del filtro è stimata
in base alla dimensione del blocco..

erodere Filtro per l'erosione dello stack di immagini 3D, i parametri supportati sono:

accennare = nero; corda
un accenno al contenuto principale dell'immagine (nero|bianco).

forma = [sfera:r=2]; fabbrica
elemento strutturante. Per i plug-in supportati vedere PLUGINS:3dimage/shape

gauss filtro Gauss 3D isotropico, i parametri supportati sono:

w = 1; intero in [0, inf)
parametro di larghezza del filtro.

gradnorma Da immagine 3D a filtro norma gradiente

(nessun parametro)

maschera di crescita Utilizzare una maschera binaria di input e un'immagine in scala di grigi di riferimento per aumentare la regione
aggiungendo i pixel vicini di un pixel già aggiunto se hanno un valore inferiore
intensità che è al di sopra della soglia data., i parametri supportati sono:

verbale = 1; galleggiante
soglia più bassa per la crescita della maschera.

ref =(input, richiesto, stringa)
immagine di riferimento per la crescita della regione della maschera.

forma = 6n; fabbrica
maschera di quartiere. Per i plug-in supportati vedere PLUGINS:3dimage/shape

invertire filtro invertitore di intensità

(nessun parametro)

isovoxel Questo filtro ridimensiona un'immagine per rendere isometrica la dimensione del voxel e la sua dimensione a
corrispondono al valore dato, i parametri supportati sono:

interazione = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel di interpolazione da utilizzare. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

Taglia = 1; fluttuare in (0, inf)
dimensione del voxel di destinazione isometrica.

km significa Filtro k-means immagine 3D. Nell'immagine di output il valore del pixel rappresenta il
l'appartenenza alla classe e i centri di classe sono memorizzati come attributo nell'immagine.,
i parametri supportati sono:

c = 3; intero in [2, inf)
numero di classi.

etichetta Un filtro per etichettare i componenti collegati di un'immagine binaria., supportato
i parametri sono:

n = 6n; fabbrica
maschera di quartiere. Per i plug-in supportati vedere PLUGINS:3dimage/shape

etichettamappa Filtro immagine per rimappare gli ID dell'etichetta. Applicabile solo alle immagini con valore intero
intensità/etichette., i parametri supportati sono:

carta geografica =(input, richiesto, stringa)
File di mappatura delle etichette.

etichettascala
Un filtro che crea solo voxel di output che sono già stati creati nell'input
Immagine. Il ridimensionamento viene eseguito utilizzando un algoritmo di voto che seleziona il target
valore dei pixel in base al numero di pixel più alto di una determinata etichetta nel
corrispondente regione di origine. Se la regione comprende due etichette con lo stesso
conteggio, vince quello con il numero più basso., i parametri supportati sono:

fuori misura =(richiesto, 3dbounds)
dimensione target data come due valori separati da virgola.

caricare Carica l'immagine di input da un file e usala per sostituire l'immagine corrente nel
pipeline., i parametri supportati sono:

filetto =(input, richiesto, stringa)
nome del file di input da caricare..

lvdownscale
Questo è un filtro di riduzione del voto di etichetta. Riduce un'immagine 3D per blocchi.
Per ogni blocco l'etichetta (diversa da zero) che appare più volte nel blocco è
emesso come pixel di output nell'immagine di destinazione. Se due etichette hanno lo stesso numero
di volte vince quello con il valore assoluto più basso., i parametri supportati sono:

b = [[1,1,1]]; 3dlimiti
blocksize per il downscaling. Ogni blocco sarà rappresentato da un pixel
nell'immagine di destinazione..

mask Maschera un'immagine, un'immagine è presa dall'elenco dei parametri e l'altra da
il normale ingresso del filtro. Entrambe le immagini devono essere delle stesse dimensioni e una deve
essere binario. Gli attributi dell'immagine che passa attraverso la pipeline del filtro sono
conservato. Il tipo di pixel di output corrisponde all'immagine di input che non lo è
binary., i parametri supportati sono:

ingresso =(input, richiesto, stringa)
secondo nome del file immagine di input.

significare Filtro medio dell'immagine 3D, i parametri supportati sono:

w = 1; intero in [1, inf)
metà larghezza del filtro.

mediano filtro 3d mediano, i parametri supportati sono:

w = 1; intero in [1, inf)
parametro di larghezza del filtro.

ml Filtro immagine 3D Mean of Least Variance, i parametri supportati sono:

w = 1; intero in [1, inf)
parametro di larghezza del filtro.

msnormalizzatore
Filtro di normalizzazione media-sigma dell'immagine 3D, i parametri supportati sono:

w = 1; intero in [1, inf)
metà larghezza del filtro.

aprire morfologicamente aperti, i parametri supportati sono:

accennare = nero; corda
un accenno al contenuto principale dell'immagine (nero|bianco).

forma = [sfera:r=2]; fabbrica
elemento strutturante. Per i plug-in supportati vedere PLUGINS:3dimage/shape

riorientare Filtro di riorientamento dell'immagine 3D, i parametri supportati sono:

carta geografica = xyz; detto
mappatura di orientamento da applicare. I valori supportati sono:
p-zxy ‐ permuta x->y->z->x
r-x180 ‐ ruota intorno all'asse x in senso orario di 180 gradi
xyz ‐ mantenere l'orientamento
p-yzx ‐ permuta x->z->y->x
r-z180 ‐ ruotare attorno all'asse z in senso orario di 180 gradi
r-y270 ‐ ruotare intorno all'asse y in senso orario di 270 gradi
fxz ‐ capovolgi xz
f-sì ‐ capovolgi yz
r-x90 ‐ ruota intorno all'asse x in senso orario di 90 gradi
r-y90 ‐ ruotare intorno all'asse y in senso orario di 90 gradi
r-x270 ‐ ruota intorno all'asse x in senso orario di 270 gradi
r-z270 ‐ ruotare attorno all'asse z in senso orario di 270 gradi
r-z90 ‐ ruotare attorno all'asse z in senso orario di 90 gradi
f-xy ‐ capovolgere xy
r-y180 ‐ ruotare intorno all'asse y in senso orario di 180 gradi

ridimensionare Ridimensiona un'immagine. I dati originali sono centrati all'interno dell'immagine di nuova dimensione.,
i parametri supportati sono:

Taglia = [[0,0,0]]; in streaming
nuova dimensione dell'immagine una dimensione 0 indica di mantenere la dimensione per il
dimensione corrispondente..

sandp filtro 3d sale e pepe, i parametri supportati sono:

trebbiare = 100; fluttuare in [0, inf)
valore di soglia.

w = 1; intero in [1, inf)
parametro di larghezza del filtro.

scala Filtro immagine 3D che si adatta a una determinata dimensione target, i parametri supportati sono:

interazione = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel di interpolazione da utilizzare. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

s = [[0,0,0]]; 3dlimiti
dimensione target per impostare tutti i componenti contemporaneamente (componente 0: usa l'immagine di input
dimensione).

sx = 0; uint in [0, inf)
dimensione del target in direzione x (0: usa la dimensione dell'immagine di input).

sy = 0; uint in [0, inf)
dimensione del target in direzione y (0:usa la dimensione dell'immagine di input).

sz = 0; uint in [0, inf)
dimensione del target in direzione y (0:usa la dimensione dell'immagine di input).

selezionagrande Un filtro che crea una maschera binaria che rappresenta l'intensità con la più alta
conteggio dei pixel. Il valore del pixel 0 verrà ignorato e se due intensità hanno il
stesso numero di pixel, quindi il risultato è indefinito. Il pixel di input deve avere un
tipo di pixel integrale.

(nessun parametro)

sepconv Filtro di convoluzione separato per l'intensità dell'immagine 3D, i parametri supportati sono:

kx = [gauss:w=1]; fabbrica
filtro del kernel in direzione x. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/spacialkernel

ky = [gauss:w=1]; fabbrica
filtro del kernel in direzione y. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/spacialkernel

kz = [gauss:w=1]; fabbrica
filtro del kernel in direzione z. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/spacialkernel

psl testa d'acqua seminata. L'algoritmo estrae esattamente tante regioni quante sono iniziali
le etichette sono fornite nell'immagine seme., i parametri supportati sono:

grad = 0; bollo
Interpreta l'immagine di input come gradiente. .

marchio = 0; bollo
Contrassegnare i bacini idrografici segmentati con un valore speciale in scala di grigi.

n = [sfera:r=1]; fabbrica
Quartiere per la crescita della regione della testa d'acqua. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN: 3dimage/shape

seme =(input, richiesto, stringa)
immagine di input seed contenente le etichette per le regioni iniziali.

tee Salva l'immagine di input in un file e passala anche al filtro successivo,
i parametri supportati sono:

filetto =(output, richiesto, stringa)
nome del file di output per salvare anche l'immagine..

assottigliamento Diradamento morfologico 3D, basato su: Lee e Kashyap, "Building Skeleton Models"
tramite algoritmi di assottigliamento della superficie mediale/asse 3D, modelli grafici e immagini
elaborazione, 56(6):462-478, 1994. Questa implementazione supporta solo il 26
Quartiere.

(nessun parametro)

trasformare Trasforma l'immagine di input con la trasformazione data., parametri supportati
siamo:

filetto =(input, richiesto, stringa)
Nome del file contenente la trasformazione..

confine = ; corda
sovrascrivere le condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine.

imgkernel = ; corda
sovrascrivere il kernel dell'interpolatore di immagini.

varianza Filtro varianza immagine 3D, i parametri supportati sono:

w = 1; intero in [1, inf)
metà larghezza del filtro.

ws segmentazione di base dei bacini idrografici., i parametri supportati sono:

valgrado = 0; bollo
Impostare su 1 se l'immagine di input non rappresenta un'immagine norma gradiente.

marchio = 0; bollo
Contrassegnare i bacini idrografici segmentati con un valore speciale in scala di grigi.

n = [sfera:r=1]; fabbrica
Quartiere per la crescita della regione della testa d'acqua. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN: 3dimage/shape

trebbiare = 0; fluttuare in [0, 1)
Soglia relativa della norma del gradiente. Il valore di soglia del valore effettivo è
soglia * (max_grad - min_grad) + min_grad. Bacini separati da gradienti
con una norma inferiore sarà unito.

PLUGIN: immagine 3d/io

analizzare Analizza immagine 7.5

Estensioni file riconosciute: .HDR, .hdr

Tipi di elementi supportati:
8 bit senza segno, 16 bit con segno, 32 bit con segno, 32 bit con virgola mobile,
virgola mobile 64 bit

pool di dati IO virtuale da e verso il pool di dati interno

Estensioni di file riconosciute: .@

dicom Serie di immagini Dicom in 3D

Estensioni file riconosciute: .DCM, .dcm

Tipi di elementi supportati:
16 bit con segno, 16 bit senza segno

hdf5 I/O immagine 5D HDF3

Estensioni file riconosciute: .H5, .h5

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno,
32 bit con segno, 32 bit senza segno, 64 bit con segno, 64 bit senza segno, flottante
punto 32 bit, virgola mobile 64 bit

inria immagine INRIA

Estensioni file riconosciute: .INR, .inr

Tipi di elementi supportati:
8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno, 32 . con segno
bit, unsigned 32 bit, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64 bit

mhd Immagine MetaIO 3D IO utilizzando l'implementazione VTK (sperimentale).

Estensioni file riconosciute: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Tipi di elementi supportati:
8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno, 32 . con segno
bit, unsigned 32 bit, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64 bit

elegante NIFTI-1 immagine 3D IO

Estensioni file riconosciute: .NII, .nii

Tipi di elementi supportati:
8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno, 32 . con segno
bit, 32 bit senza segno, 64 bit con segno, 64 bit senza segno, virgola mobile 32
bit, virgola mobile 64 bit

vff VFF Sun formato raster

Estensioni file riconosciute: .VFF, .vff

Tipi di elementi supportati:
8 bit senza segno, 16 bit con segno

vista vista 3D

Estensioni file riconosciute: .V, .VISTA, .v, .vista

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno,
32 bit con segno, 32 bit senza segno, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64
bit

VTI Immagine 3D VTK-XML in entrata e in uscita (sperimentale).

Estensioni file riconosciute: .VTI, .vti

Tipi di elementi supportati:
8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno, 32 . con segno
bit, unsigned 32 bit, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64 bit

vk Ingresso e uscita legacy dell'immagine 3D VTK (sperimentale).

Estensioni file riconosciute: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno,
32 bit con segno, 32 bit senza segno, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64
bit

PLUGIN: 3dimmagine/forma

18n Creatore di forme 18D di quartiere 3n

(nessun parametro)

26n Creatore di forme 26D di quartiere 3n

(nessun parametro)

6n Creatore di forme 6D di quartiere 3n

(nessun parametro)

sfera Intorno di forma sferica chiusa che include i pixel all'interno di un dato raggio
r., i parametri supportati sono:

r = 2; fluttuare in (0, inf)
raggio della sfera.

PLUGIN: 3dtrasformare/io

bbs IO serializzato binario (non portatile) di trasformazioni 3D

Estensioni di file riconosciute: .bbs

pool di dati IO virtuale da e verso il pool di dati interno

Estensioni di file riconosciute: .@

vista Archiviazione Vista di trasformazioni 3D

Estensioni file riconosciute: .v, .v3dt

xml IO serializzato XML di trasformazioni 3D

Estensioni file riconosciute: .x3dt

ESEMPIO

Esegui un filtro di varianza media su una serie di immagini che seguono lo schema di numerazione
imageXXXX.hdr e memorizza l'output in immagini filteredXXXX.hdr

mia-3dimagefilterstack -i image0000.hdr -o filtrato -t hdr mlv:w=2

AUTORE(i)

Gert Wollny

COPYRIGHT

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con ASSOLUTAMENTE NESSUNA GARANZIA e puoi ridistribuirlo secondo i termini della GNU
LICENZA PUBBLICA GENERALE Versione 3 (o successiva). Per maggiori informazioni eseguire il programma con il
opzione '--copyright'.

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