micalc - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

micalc - Esegue matematica di base con set di dati

DESCRIZIONE

micalc: esegue matematica di base con set di dati

I formati di file sono identificati automaticamente dalla loro estensione di file. per binario
operazioni con due file di input, verrà utilizzato il protocollo del primo file di input
per il file di output.

mica può be utilizzato in prima of , il i seguenti modalità:
Operazione binaria con set di dati e/o numeri scalari:

mica [-if1 | -in 1 ] -operazione
[-se2 | -in 2
] -Di

Accumulo di un set di dati:

mica -Se -operazione

Trasformazione (grandezza, logaritmo, negazione, inversione o acos) di un dato
impostato:

mica -Se -operazione -Di

Statistiche di un set di dati:

mica -Se [-Significare ] [-stdev ] [-fluct
] [-corso ][-hist
-hislots [-histmin ] [-histmax ]
[-rightstairs] [-histfract] [-loghist] ]

Extra opzioni:
-maschera

Compila il read opzioni:
-Data: Data della scansione [aaaammgg] (predefinito=20140807aaaammgg)

-fp: FOV in direzione di fase [mm] (default=220.0mm)

-FR: FOV in direzione di lettura [mm] (default=220.0mm)

-fs: FOV nella direzione della sezione [mm] (default=5.0mm)

-nr: Numero di misurazioni consecutive (default=1)

-nx: Numero di punti in direzione di lettura (default=128)

-ny: Numero di punti in direzione di fase (default=128)

-nz: Numero di punti nella direzione della sezione (default=1)

-pnascita: Data di nascita del paziente [aaaammgg] (predefinito=00000000aaaammgg)

-pid: Identificatore univoco del paziente (predefinito=Sconosciuto)

-pnome: Nome completo del paziente (predefinito=Sconosciuto)

-psex: Sesso del paziente (opzioni=MFO , default=O)

-peso: Peso dei pazienti [kg] (predefinito=50.0kg)

-scienza: Nome scienziato (predefinito=Sconosciuto)

-SD: Distanza tra le sezioni (da centro a centro) [mm] (default=10.0mm)

-serd: Descrizione serie (default=Sconosciuto)

-serno: Numero di serie (predefinito=1)

-st: Spessore fetta [mm] (default=5.0mm)

-perno: Descrizione dello studio (predefinito=Sconosciuto)

-tcnome: Nome della bobina di trasmissione (default=Sconosciuto)

-tè: Time-to-echo della sequenza [ms] (default=80.0ms)

-tempo: Ora di scansione [hhmmss] (predefinito=091012hhmmss)

-tr: Tempo tra eccitazioni consecutive [ms] (default=1000.0ms)

-cplx: Tratta i dati come complessi ed estrai il componente dato (opzioni=nessuno abs pha real
immagine, default=nessuno)

-ds: Indice del set di dati da estrarre se vengono letti più set di dati

-filtro: Legge solo quei set di dati il ​​cui parametro di protocollo 'chiave' contiene la stringa
'valore' (dato nel formato 'chiave=valore')

-fmappa: Per ridurre l'utilizzo della memoria, mantenere la mappatura dei file dopo aver letto i dati (grezzi), ma aver scritto
nell'array provocherà un arresto anomalo

-jdx: Se sono presenti più array JDX, seleziona questo

-dialetto: Legge i dati utilizzando un dato dialetto del formato. (l'impostazione predefinita è nessun dialetto)

-R F: Leggi il formato, usalo per sovrascrivere l'estensione del file (opzioni=rileva automaticamente 3db analizza asc
coi dat dcm double float gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit, default=rilevamento automatico)

-Salta: Salta questa quantità di byte prima di leggere i dati grezzi (default=0)

Compila il scrivere opzioni:
-aggiungere: Aggiungi a file esistente, solo per dati grezzi

-fnomepar: Elenco separato da spazi dei parametri del protocollo da includere durante la creazione di elementi univoci
nomi di file

-nessuna scala: Non ridimensionare i valori durante la memorizzazione di numeri interi

-Diviso: Forza la suddivisione delle coppie protocollo-dati in file separati.

-Type: Tipo di rappresentazione dell'immagine (opzioni = float automatico double s32bit u32bit s16bit
u16bit s8bit u8bit, default=automatico)

-wdialetto: Scrivere dati utilizzando un dato dialetto del formato. (l'impostazione predefinita è nessun dialetto)

-wf: Scrivi il formato, usalo per sovrascrivere l'estensione del file (opzioni=rileva automaticamente 3db analizza asc
coi dat dcm double float gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit, default=rilevamento automatico)

-wp: Memorizza il protocollo separatamente in questo file.

Filtri applicato a ingresso File) ed maschera:
-allineare : Allinea i dati alla geometria (posizioni voxel) di
un file esterno

-maschera automatica : Crea maschera utilizzando la soglia automatica basata su istogramma

-grappolo : Crea cluster di voxel adiacenti/vicini diversi da zero, ordinati per dimensione

-convolvere <convolution kernel (Gauss NoFilter Triangle Hann Hamming CosSq Blackman
BlackmanNuttall Exp ),diametro del kernel [mm]> : Convoluzione nelle dimensioni spaziali

-detenzione <Number of low frequency components to be removed,Zero mean of resulting
timecourse> : Rimuovi la deriva lenta nel tempo

-modificare <Position/range string in the format (timeframe,slicepos,phasepos,readpos),new value
di voxel> : modifica i valori dei singoli voxel

- maschera di gen : Crea maschera inclusi tutti i voxel con valore
in un dato intervallo

-isotropa : rende isotropi i voxel dell'immagine tramite interpolazione (image
la geometria non cambierà)

-passabasso : Filtro passa basso

-Max : ritaglia tutti i valori al di sopra del valore massimo

-massimo : Esegui la proiezione della massima intensità
oltre la direzione data

-unione : Unisci set di dati in un singolo set di dati espandendo la dimensione temporale

-min : ritaglia tutti i valori al di sotto del valore minimo

-minip : Esegui la proiezione di intensità minima
oltre la direzione data

-noNaN : Sostituisce ogni NaN con il valore dato

-flip : capovolge i dati nella direzione della fase

-prange : Seleziona intervallo in
direzione di fase

-proja : Esegui la proiezione media su un dato
direzione

- maschera quantistica : Crea una maschera includendo tutti i voxel sopra il dato frazionario
soglia

-ricampionare : ridimensionamento temporale dei dati dell'immagine

-ridimensionare : ridimensionamento spaziale dei dati dell'immagine

-reslice : riduce l'immagine a un dato
orientamento

- capovolgere : capovolge i dati nella direzione di lettura

-marcire : Rotazione nel piano

-arrangiare : Seleziona intervallo in
leggi la direzione

-scala : Ridimensiona i valori dell'immagine

-scorri : capovolge i dati nella direzione della sezione

-cambio <readDirection shift [pixel],phaseDirection shift [pixel],sliceDirection shift
[pixel]> : sposta i dati spazialmente

-Slicetime : Corretto per
diversi punti temporali di acquisizione delle fette

-giunzione : unisce il
immagine nella direzione data

-range : Seleziona intervallo in
direzione della fetta

-scambia <[rps][-],[rps][-],[rps][-]> : scambia/riflette le dimensioni specificando una direzione
triplo con segno di riflessione opzionale aggiunto

-piastrella : Combina le fette in un'immagine 2D quadrata

-strano : Seleziona intervallo in
direzione del tempo

-tshift : Sposta i dati nel tempo

-tipomax : ritaglia tutti i valori al di sopra del massimo di un tipo di dati specifico

-tipo min : ritaglia tutti i valori al di sotto del minimo di un tipo di dati specifico

-usa maschera : Crea set di dati 1D inclusi tutti i valori all'interno della maschera dal file

Altro opzioni:
-v o per eseguire il debug/tracciare tutti i componenti o un singolo
componente, rispettivamente. I valori possibili per loglevel sono: 0(noLog), 1(errorLog),
2(Registro avvisi), 3(Registro informazioni).

-h, --Aiuto, -Aiuto, --versione : stampa il testo della guida o le informazioni sulla versione

supportato filetto estensioni (formati):
3db (dati binari Iris3D)

analizzare
(NIFTI/ANALYZE, dialetti: fsl )

asc (ASCII, dialetti: tcourse )

coi (set di dati JCAMP-DX)

dat (Matrice di dati Matlab ascii 2D)

dcm (DICOM, dialetti: siemens )

double (dati grezzi doppi)

float (dati grezzi float)

gz (contenitore GNU-Zip per altri formati)

hdr (Interfile, dialetti: neurostat )

hdr (NIFTI/ANALYZE, dialetti: fsl )

idx (indici 3D di non zero in ASCII)

ima (DICOM, dialetti: siemens)

interfile
(Interfile, dialetti: neurostat )

jdx (formato immagine JCAMP-DX)

mag (DICOM, dialetti: siemens)

mhd (MetaImmagine)

nii (NIFTI/ANALYZE, dialetti: fsl )

ph (DICOM, dialetti: siemens )

png (grafica di rete portatile)

pos (xy posizioni di non zero in ASCII)

pro (protocolli di misurazione ODIN)

reg (Ansoft HFSS ASCII)

s16bit (dati grezzi a 16 bit con segno)

s32bit (dati grezzi a 32 bit con segno)

s8bit (dati grezzi a 8 bit con segno)

smp (set di dati JCAMP-DX)

u16bit (dati grezzi a 16 bit senza segno)

u32bit (dati grezzi a 32 bit senza segno)

u8bit (dati grezzi a 8 bit senza segno)

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