Questo è il comando micro_razers che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
micro_razer
SINOSSI
micro_razers [OPZIONI]
DESCRIZIONE
MicroRazerS utilizza una strategia di mappatura basata su prefissi per mappare possibili letture di RNA di piccole dimensioni
contenente una sequenza di adattatori 3'.
(c) Copyright 2009 di Anne-Katrin Emde.
-h, --Aiuto
Visualizza questo messaggio di aiuto.
--versione
informazioni sulla versione
Opzioni principali::
-o, --produzione RISORSE
Cambia il nome del file di output. Predefinito: .risultato.
-rr, --tasso-di-riconoscimento NUM
impostare la percentuale di riconoscimento nell'intervallo [80..100]. Valore predefinito: 100.
-SH, --lunghezza-seme NUM
lunghezza del seme Nell'intervallo [10..inf]. Predefinito: 16.
-se, --errore-seme
consentire un errore nel seme
-f, --inoltrare
la mappa legge solo per inoltrare i fili.
-r, --inversione
la mappa legge solo per invertire i fili.
-mN, --match-N
'N' corrisponde a tutti gli altri caratteri
-m, --max-colpi NUM
emette solo NUM dei migliori risultati nell'intervallo [1..inf]. Valore predefinito: 100.
-papà, --purge-ambiguo
elimina le letture con più del massimo dei risultati migliori corrispondenti
- lm, --poca memoria
ridurre l'utilizzo della memoria a scapito del runtime
-v, --verboso
modalità verbosa
-vv, --vverboso
modalità molto prolissa
Opzioni formato di output::
-Di, --formato di output NUM
Imposta il formato di output. 0 = formato MicroRazerS, 1 = SAM. Nell'intervallo [0..1].
-a, --allineamento
scarica l'allineamento per ogni partita
-gn, --nome-genoma NUM
Seleziona come vengono denominati i genomi. 0 = usa Fasta id, 1 = enumera iniziando con 1. In
gamma [0..1]. Predefinito: 0.
-R, --leggi-nome NUM
Seleziona come vengono denominate le letture. 0 = usa Fasta id, 1 = enumera iniziando con 1. In
gamma [0..1]. Predefinito: 0.
-così, --ordinamento NUM
Seleziona come sono ordinate le partite. 0 = numero di lettura, 1 = posizione del genoma. nel raggio d'azione
[0..1]. Predefinito: 0.
-pf, --posizione-formato NUM
Selezionare la numerazione della posizione di inizio/fine (vedere la sezione Coordinate di seguito). 0 = spazio vuoto,
1 = spazio di posizione. Nell'intervallo [0..1]. Predefinito: 0.
VERSIONE
micro_razers versione: 1.0.1 Ultimo aggiornamento luglio 2009
Usa micro_razers online utilizzando i servizi onworks.net
