mincreshape - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

mincreshape - taglia un hyperslab da un file minc (con riordinamento delle dimensioni)

SINOSSI

mincreforma [ ] .mnc .mnc

DESCRIZIONE

di Mincreshape il compito principale è ritagliare un hyperslab da un file minc e inserirlo in un nuovo
file minc. "Cos'è un hyperslab?", chiedi. È semplicemente una scatola multidimensionale specificata
con un indice di partenza (un vettore che fornisce una coordinata voxel) e un vettore di conteggio (un numero di
voxel lungo ciascun asse). Una singola porzione di un volume è un hyperslab (con un conteggio di 1
nella direzione della fetta), un piccolo blocco estratto da un grande volume è un hyperslab, a
volume di eco singolo da un set di dati MRI multi-eco è un hyperslab, un punto temporale su a
l'acquisizione dinamica è un hyperslab: hai l'idea. Dai un'occhiata al -Inizio, -contare ed
- disordinato opzioni per maggiori dettagli su come farlo (e guarda gli esempi!). Se tu
stai estraendo solo un punto lungo una dimensione, hai la possibilità di fare il
la dimensione scompare, quindi mincreforma ti dà la possibilità di ridurre la dimensionalità di
un file minc. Inoltre, non sei costretto a specificare un hyperslab che si trova solo all'interno
il file di input, puoi estendere oltre i limiti delle dimensioni nel file di input, e
inoltre puoi dare un conteggio che capovolgerà i dati lungo una dimensione.

Come se tutto ciò non bastasse, mincreforma ha la capacità di riordinare le dimensioni. Più
caso ovvio è convertire un'immagine trasversale in un'immagine coronale. Ma puoi digitare a
elenco di nomi di dimensioni per ottenere un ordine arbitrario di dimensioni.

Vuoi di più!?! Ok ok. Mincreforma esegue tutte le operazioni ICV della libreria minc
disponibile sulla riga di comando. Per chi ama le cose definite, un ICV è un'immagine
variabile di conversione (non chiedermi perché l'ho chiamata così) che in pratica ti consente di dire il
dati come sarà. In altre parole, fa un sacco di conversioni per te.
Queste conversioni includono la modifica del tipo, dell'intervallo e la normalizzazione dei valori voxel,
immagini in espansione o contrazione (mediante duplicazione voxel o media) per dare uno specifico
dimensione dell'immagine e conversione di immagini vettoriali in scalari.

Solo per non confonderti, lascia che te lo dica chiaramente qui: mincreforma fa tutto il
Prima vengono applicate le conversioni ICV e poi viene applicato l'hyperslab e il materiale per il riordino delle dimensioni
il risultato di ciò. Quindi se vuoi mescolarli insieme (come -dimensione img, -Inizio, -contare),
chiariscilo prima nella tua testa.

Ok, tieni il tuo posto: ecco un elenco di opzioni.

VERSIONI

Nota che le opzioni possono essere specificate in forma abbreviata (purché siano uniche) e
può essere dato ovunque sulla riga di comando.

Generale Opzioni

-2 Crea file di output in formato MINC 2.0.

-picchiatore
Sovrascrivi un file esistente.

-noclobber
Non sovrascrivere un file esistente (impostazione predefinita).

-verboso
Stampa le informazioni sullo stato di avanzamento per ogni blocco di dati copiato (impostazione predefinita). un pezzo
varia di dimensioni a seconda principalmente se stai riordinando le dimensioni o meno e
quanto può essere grande il buffer interno.

-silenzioso Non stampare le informazioni sullo stato di avanzamento.

-max_dimensione_pezzo_in_kb Taglia
Specificare la dimensione massima del buffer di copia (in kbyte). Il valore predefinito è 4096 kbyte
(4 mega).

Immagine conversione Opzioni (pixel Digitare ed gamma):

L'impostazione predefinita per tipo, segno e intervallo valido prevede l'utilizzo di quelli del file di input. Se il tipo è
specificato, quindi sia il segno che l'intervallo valido vengono impostati sul valore predefinito per quel tipo. Se il segno è
specificato, l'intervallo valido viene impostato sul valore predefinito per il tipo e il segno.

-tipo di file
Non eseguire alcuna conversione di tipo (impostazione predefinita).

-byte Memorizza i voxel di output in formato intero a 8 bit.

-corto Memorizza i voxel di output in formato intero a 16 bit.

-int Memorizza i voxel di output in formato intero a 32 bit.

-lungo Sostituito da -int.

-galleggiante Memorizza i voxel di output in formato a virgola mobile a 32 bit.

-raddoppiare
Memorizza i voxel di output in formato a virgola mobile a 64 bit.

-firmato
Scrivi i valori come interi con segno (impostazione predefinita per short e long). Ignorato per
tipi in virgola mobile.

-non firmato
Scrivi i valori come interi senza segno (impostazione predefinita per byte). Ignorato per fluttuare
tipi di punti

-intervallo_valido verbale max
specifica l'intervallo valido di valori voxel di output nella loro rappresentazione intera.
L'impostazione predefinita è l'intervallo completo per il tipo e il segno. Questa opzione viene ignorata per
valori in virgola mobile.

-intervallo_immagine verbale max
Normalizza le immagini a un dato valore reale minimo e massimo (non valore voxel).

-normalizzare
Normalizza le immagini al minimo e al massimo reali per l'intero file di input.

-non normalizzare
Non normalizzare le immagini (impostazione predefinita).

-nopixfill
Non convertire i valori fuori intervallo nel file di input, basta copiarli.

-pixfill
Sostituisci i valori fuori intervallo nel file di input con il valore più piccolo possibile (impostazione predefinita).

-pixfillvalue APPREZZIAMO
Specificare un nuovo valore in pixel per sostituire i valori fuori intervallo nel file di input.

Immagine conversione Opzioni (dimensione direzione ed dimensione):

-scalare
Converti immagini vettoriali in immagini scalari (un'immagine vettoriale è una con dimensione_vettore
come dimensione a variazione più rapida). La dimensione del vettore viene rimossa e i valori sono
mediato.

-noscalare
Non convertire le immagini vettoriali in immagini scalari (impostazione predefinita).

+direzione
Capovolgi le immagini per fornire un valore di passo positivo per gli assi spaziali. Nota che il ribaltamento
degli assi spaziali si applica solo alle "dimensioni dell'immagine". Questi sono i due più veloci
dimensioni variabili (non vettoriali) nel file. Se vuoi capovolgere una non immagine
dimensione, puoi convertirla in una dimensione dell'immagine con -ridurre nome debole= -1 (la
-1 significa che non cambia davvero la dimensione). Guarda gli esempi.

-direzione
Capovolgi le immagini per dare un valore di passo negativo per gli assi spaziali.

-qualsiasi direzione
Non capovolgere le immagini lungo gli assi spaziali (impostazione predefinita).

+xdirezione
Capovolgi le immagini per dare un valore xspace:step positivo (da sinistra a destra).

-xdirezione
Capovolgi le immagini per dare un valore xspace:step negativo (da destra a sinistra).

-xanydirezione
Non capovolgere le immagini lungo l'asse x.

+ydirezione
Capovolgi le immagini per dare un valore yspace:step positivo (da posteriore ad anteriore).

-ydirezione
Capovolgi le immagini per dare un valore yspace:step negativo (da anteriore a posteriore).

-yanydirezione
Non capovolgere le immagini lungo l'asse y.

+zdirezione
Capovolgi le immagini per dare un valore zspace:step positivo (da inferiore a superiore).

-zdirezione
Capovolgi le immagini per dare un valore zspace:step negativo (da superiore a inferiore).

-direzione folle
Non capovolgere le immagini lungo l'asse z.

-tenere d'occhio
Conserva le proporzioni durante il ridimensionamento delle immagini. Ciò significa che i voxel vengono replicati
(o mediato) lo stesso numero di volte lungo ciascuna dimensione dell'immagine.

-nokeepspect
Non forzare la conservazione delle proporzioni durante il ridimensionamento delle immagini (impostazione predefinita).

-dimensione img Taglia
Specificare la dimensione dell'immagine desiderata (usata se -dimensione riga or -colzare non data).

-dimensione riga Taglia
Specificare il numero di righe desiderato nell'immagine.

-colzare Taglia
Specificare il numero desiderato di colonne nell'immagine.

-ridurre dimensione=Taglia
Specificare la dimensione di una dimensione denominata (dimensione=Taglia). Nota che solo il ridimensionamento
si applica alle "dimensioni dell'immagine" - di solito le due variabili più veloci (non vettoriali)
dimensioni. Per eseguire il ridimensionamento delle dimensioni, tutte le dimensioni con variazione più rapida fino a
dimensione nominata vengono trasformate in dimensioni dell'immagine e queste vengono quindi influenzate da
le opzioni di direzione. Il nome e la dimensione della dimensione devono trovarsi in una riga di comando
argomento, quindi se usi gli spazi (che va bene), ricordati di usare le virgolette per nasconderli
dal guscio.

rimodellare opzioni:

-trasversale
Scrivi le sezioni trasversali.

-sagittale
Scrivi le fette sagittali.

-coronale
Scrivi le fette coronali.

-disordine dim1,dim2,dim3, ...
Specificare l'ordine delle dimensioni, dove debole? sono i nomi delle dimensioni. Puoi dare
meno dimensioni di quelle presenti nel file: si presume che siano le variazioni più veloci
dimensioni nel file di output (quindi -trasversale è esattamente equivalente a -disordine
zspazio,yspazio,xspazio). Di nuovo, gli spazi sono consentiti tra i nomi, ma ricordati di
nasconderli dalla shell con le virgolette.

- disordinato dim=inizia a[,contare]
Specificare l'intervallo di pedici di dimensione per dimensione dim. Se contare manca o
0, allora si intende 1, ma rimuove la dimensione dal file di output (a
il conteggio di 1 manterrà una dimensione di dimensione 1). Un negativo contare significa capovolgere i dati
lungo quella dimensione - in questo caso inizia a specifica la coordinata voxel più alta
per la dimensione (- disordinato xspazio=3,-3 dà una versione capovolta di
- disordinato xspazio=1,3). Le opzioni -Inizio ed -contare fornire un modo alternativo per
specificare le stesse informazioni.

-Inizio coordina0,coordina1,coordina2, ...

Specifica l'angolo iniziale dell'hyperslab (le coordinate vanno dalla variazione più lenta
dimensione al più veloce). Se vengono fornite meno coordinate rispetto alle dimensioni presenti nel
file, quindi si presume che si applichino alle dimensioni variabili più lente e
le coordinate rimanenti sono impostate su 0. Vedi - disordinato per ulteriori dettagli. Entrambi -Inizio ed
-contare fornire vettori che corrispondono alle dimensioni del file di input dopo l'immagine
sono state applicate le opzioni di conversione (ICV).

-contare size0,size1,size2, ...
Specifica le lunghezze dei bordi di hyperslab da leggere (le coordinate vanno dalla variazione più lenta
dimensione al più veloce). Se vengono fornite meno dimensioni di quelle presenti nel file,
quindi si presume che si applichino alle dimensioni variabili più lente e alle restanti
le dimensioni sono impostate sulla dimensione intera della dimensione. Vedere - disordinato per ulteriori dettagli.
Entrambi -Inizio ed -contare dare i vettori che corrispondono alle dimensioni del file di input dopo
sono state applicate le opzioni di conversione dell'immagine (ICV).

Mancante dati opzioni:

-nessun riempimento
Usa il valore zero per i punti al di fuori del volume di input (predefinito).

-riempire Utilizzare un valore di riempimento per i punti al di fuori del volume di input (valore minimo possibile).

-valore di riempimento APPREZZIAMO
Specificare un valore di riempimento per i punti al di fuori del volume di input (questo è un valore reale,
non un valore in pixel).

Generico Opzioni per contro tutti i comandi:

-Aiuto Stampa il riepilogo delle opzioni della riga di comando ed esci.

-versione
Stampa il numero di versione del programma ed esci.

ESEMPI:

Supponiamo di avere un volume con dimensioni zspace, yspace, xspace (che è trasversale)
e le dimensioni 128, 256, 256. Se vogliamo ricavarne la fetta 40 (mantenendo la coordinata
informazioni per la dimensione zspace), allora possiamo usare

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace=40,1

In alternativa, potremmo usare

mincreshape originale.mnc nuovo.mnc -start 40,0,0 -count 1,256,256

O semplicemente

mincreshape originale.mnc nuovo.mnc -start 40 -count 1

Se volessimo sbarazzarci della dimensione zspace, potremmo usare

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace=40,0

Prendiamo un blocco dal centro e giriamolo lungo xspace:

mincreshape original.mnc nuovo.mnc \
-start 40,10,240 -count 1,200,-200

Ma perché trattenersi? Usciamo dai limiti:

mincreshape original.mnc nuovo.mnc \
-inizia 40,-100,340 -conta 1,200,-200

Se vuoi un volume sagittale, usa questo:

mincreshape original.mnc new.mnc -sagittale

Che ne dici di alcune teste laterali: capovolgi x e y. E converti in byte per risparmiare spazio mentre
ci siamo:

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace,yspace -byte

Ti piace memorizzare i volumi in ordine x,y,z (che è z che varia più velocemente! Conosco alcune persone che
fallo!)? Va bene.

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace,yspace,zspace

Ma sei un minimalista (e non ti dispiace rischiare). Ecco la stessa cosa (ma è
potrebbe interrompersi per un altro file):

mincreshape originale.mnc nuovo.mnc -dimorder zspace

Assicuriamoci che tutte le dimensioni abbiano un attributo passo negativo (vedi opzione +direzione
per alcuni dettagli):

mincreshape original.mnc new.mnc -direction -dimsize zspace=-1

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