Questo è il comando mipe2dbSTS che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
mipe2dbSTS.pl - Genera file di input per l'invio a dbSTS
incluso nell'output: sezione STS dell'invio dbSTS
basato sulla versione MIPE v1.1
argomenti: * file_mipe
* file di configurazione
* (opzionale) elenco degli ID PCR
Il file di configurazione è costituito da righe contenenti una chiave e un valore, separate da un segno di uguale ('=').
La chiave è costituita dal nome minuscolo del file di invio NCBI (vedi sito web dbSTS), seguito da
un carattere di sottolineatura e il nome minuscolo del campo in quel file.
I seguenti campi dovrebbero essere definiti nel file di configurazione:
pub_titolo=
pub_autori=
nome_origine=
sorgente_organismo=
nome_cont=
fax_cont=
cont_tel=
cont_e-mail=
laboratorio_cont=
cont_inst=
cont_add=
nome_protocollo=
protocollo_protocollo=
nome_tampone=
buffer_buffer=
sts_pcr_profile=
Per protocol_protocol, buffer_buffer e sts_pcr_profile, sono necessarie più righe (vedi esempio).
Un esempio di un file di configurazione simile a questo:
pub_title=Mappatura genetica degli SNP di pollo
pub_authors=Aerts,JA; Veenendaal, T.; Crooijmans,RPMA; Groenen, MAM
source_name=DNA genomico di pollo
source_organism=Gallo gallus
cont_name=Gen Aerts
cont_fax=+31 317 483929
cont_tel=+31 317 483397
cont_e-mail=[email protected]
cont_lab=Gruppo di allevamento e genomica degli animali
cont_inst=Università di Wageningen
cont_addr=Casella postale 338, 6700 AH Wageningen, Paesi Bassi
nome_protocollo=Protocollo_Aerts
protocol_protocol=Modello: 30-60 ng
protocol_protocol=Primer: ogni 4 uM
protocol_protocol=dNTPs: ogni 200 uM
protocol_protocol=Taq: 0.3 unità
protocollo_protocol=Volume: 12 ul
buffer_name=Buffer_Aerts
buffer_buffer=MgCl2: 1.5 mM
buffer_buffer=(NH4)2SO4: 20 mM
buffer_buffer=Tris-HCl: 75 mM
buffer_buffer=Tween 20: 0.01% (p/v)
buffer_buffer=pH: 8.8
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