Questo è il comando obminimize che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
minimizzare — ottimizzare la geometria, minimizzare l'energia per una molecola
SINOSSI
minimizzare [VERSIONI] Nome del file
DESCRIZIONE
Lo strumento obminimize può essere utilizzato per ridurre al minimo l'energia per le molecole all'interno di (multi-)molecole
file (ad es. MOL2, ecc.)
VERSIONI
Se non viene fornito alcun nome di file, obminimize fornirà tutte le opzioni incluse quelle disponibili
campi di forza.
-n passi
Specificare il numero massimo di passaggi (predefinito=2500)
-cg Usa algoritmo gradienti coniugati (predefinito)
-SD Usa l'algoritmo di discesa più ripida
-c criteri
Imposta criteri di convergenza (default=1e-6)
-ff campo di forza
Seleziona il campo di forza
ESEMPI
Visualizza le possibili opzioni, inclusi i campi di forza disponibili:
minimizzare
Riduci al minimo l'energia per le molecole nel file test.mol2:
minimizzare test.mol2
Riduci al minimo l'energia per le molecole nel file test.mol2 utilizzando il campo di forza Ghemical:
minimizza -ff Test ghemico.mol2
Riduci al minimo l'energia per le molecole nel file test.mol2 prendendo al massimo 300 geometrie
passaggi di ottimizzazione
minimizzare -n 300 test.mol2
Riduci al minimo l'energia per le molecole nel file test.mol2 utilizzando la discesa più ripida
algoritmo e criteri di convergenza 1e-5:
obminimize -sd -c 1e-5 test.mol2
Utilizzare obminimize online utilizzando i servizi onworks.net
