Questo è il comando qualityScores che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online di Windows o emulatore online di MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
qualityScores - un componente della suite subread
USO
punteggi di qualità [opzioni] -i -o
Argomenti richiesti:
-i
Nome del file di input, inclusi i dati letti. Il formato predefinito è Fastq.
-o
Nome del file di output, ovvero un file di testo contenente i punteggi Phred per ogni base di lettura.
Argomenti facoltativi:
--gzFASTQinput Il file di input è in formato Fastq compresso.
--BAInput
Il file di input è in formato BAM.
--SAMInput
Il file di input è in formato SAM.
--prima-fine
Utilizzare solo le prime letture nei dati paired-end. Applicabile solo per BAM/SAM paired-end
ingresso.
--seconda-estremità
Utilizzare solo seconde letture nei dati paired-end. Applicabile solo per BAM/SAM paired-end
ingresso.
--letture contate Numero totale di letture da estrarre dall'input
file. 10,000 per impostazione predefinita.
--phred-offset <33|64> si riferisce all'allineatore subread.
Utilizzare qualityScores online utilizzando i servizi onworks.net
