rasmol-gtk - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

rasmol - Strumento di visualizzazione della grafica molecolare v2.7.5

SINOSSI

rasmola [-nodiplay] [[-formato ] Nome del file] [-sceneggiatura file script]

FORMATI

-pdb Banca dati proteica
-ml Formato file MOL di MDL
-mol2 Formato Sybyl MOL2 di Tripos
-xyz Formato XYZ (XMol) di MSC
-mopac Formato file di input o output MOPAC
-alchimia Formato file Alchemy
-charm CHARMm Formato file
-cif Formato file IUCr CIF o CIF

COMUNICAZIONI

Questo software è stato creato da diverse fonti. Gran parte del codice proviene da RasMol 2.6,
come creato da Roger Sayle. Il codice dell'angolo di torsione, il nuovo codice POVRAY3 e altre caratteristiche
sono derivati ​​dalle revisioni RasMol2.6x1 di Arne Mueller. La trama della stampante Ramachandran
il codice è stato derivato da fisipl creato da Frances C. Bernstein. Vedi la banca dati proteica
nastro di programma.

Il codice per visualizzare più molecole e per consentire la rotazione del legame è derivato in gran parte
dai mod UCB di Gary Grossman e Marco Molinaro, inclusi con il permesso di Eileen
Lewis del Consorzio ModularCHEM.

Le modifiche CIF fanno uso di una libreria basata in parte su CBFlib di Paul J. Ellis e
Herbert J. Bernstein. Parti di CBFlib sono vagamente basate sul pacchetto software CIFPARSE
dalla NDB della Rutgers University. Si prega di digitare i comandi RasMol Aiuto copiare, Aiuto
nel complesso, Aiuto IUCR, Aiuto CBFlib,
e Aiuto CIFPARSE per gli avvisi applicabili. Per favore digita Aiuto copyright per il diritto d'autore
avvisi. Se utilizzi RasMol V2.6 o una versione precedente, digita il comando RasMol Aiuto
vecchio avviso.

COPIA

Questa versione è basata direttamente su RasMol versione 2.7.4.2, su RasMol versione 2.7.4.2, su
RasMol versione 2.7.4, su RasMol versione 2.7.3.1, su RasMol versione 2.7.3, su RasMol
versione 2.7.2.1.1, Rasmol versione 2.7.2, RasMol versione 2.7.1.1 e RasTop versione 1.3 e
indirettamente sulle versioni RasMol 2.5-ucb e 2.6-ucb e versione 2.6_CIF.2, RasMol 2.6x1
e RasMol_2.6.4.

RasMol 2.7.5 può essere distribuito secondo i termini della GNU General Public License (la
GPL), vedi

http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt

o il file GPL o digita il comando Aiuto GPL

o RasMol 2.7.5 può essere distribuito sotto la licenza RASMOL. Vedere il file AVVISO o digitare
il comando Aiuto RASLIC

GPL
Licenza GNU GENERAL PUBLIC
Versione 2, giugno 1991

Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc.
59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 Stati Uniti
A tutti è consentito copiare e distribuire copie letterali
di questo documento di licenza, ma non è consentito modificarlo.

Preambolo

Le licenze per la maggior parte dei software sono progettate per toglierti la libertà di condividere
e cambialo. Al contrario, la GNU General Public License ha lo scopo di
garantisci la tua libertà di condividere e modificare il software libero, per assicurarti che il software
è gratuito per tutti i suoi utenti. Questa Licenza Pubblica Generale si applica alla maggior parte dei Gratuiti
Software della Software Foundation e a qualsiasi altro programma i cui autori si impegnano a
usandolo. (Alcuni altri software della Free Software Foundation sono coperti da GNU
Library General Public License invece.) Puoi applicarla anche ai tuoi programmi.

Quando parliamo di software libero, ci riferiamo alla libertà, non al prezzo. I nostri
Le Licenze Pubbliche Generali sono progettate per assicurarti la libertà di
distribuire copie di software gratuito (e addebitare questo servizio se lo si desidera), che
ricevi il codice sorgente o puoi ottenerlo se lo desideri, che puoi cambiare il
software o utilizzarne parti in nuovi programmi gratuiti; e che sai di poterlo fare
queste cose.

Per proteggere i tuoi diritti, dobbiamo fare delle restrizioni che proibiscano a chiunque di negare
voi questi diritti o chiedervi di cedere i diritti. Queste restrizioni
tradurre in determinate responsabilità per te se distribuisci copie del
software o se lo modifichi.

Ad esempio, se distribuisci copie di un tale programma, sia gratis che a
tassa, devi dare ai destinatari tutti i diritti che hai. Devi assicurarti
che anch'essi ricevano o possano ottenere il codice sorgente. E devi mostrargli questi
termini in modo che conoscano i loro diritti.

Proteggiamo i tuoi diritti in due passaggi: (1) copyright del software e (2) offerta
questa licenza che ti dà il permesso legale di copiare, distribuire e/o modificare
il software.

Inoltre, per la protezione di ogni autore e nostra, vogliamo assicurarci che
tutti capiscono che non vi è alcuna garanzia per questo software gratuito. Se la
il software viene modificato da qualcun altro e trasmesso, vogliamo che i suoi destinatari lo sappiano
che quello che hanno non è l'originale, in modo che eventuali problemi introdotti da altri
non rifletterà sulla reputazione degli autori originali.

Infine, qualsiasi programma libero è costantemente minacciato dai brevetti software. Noi speriamo
per evitare il pericolo che i ridistributori di un programma libero ottengano individualmente
licenze di brevetto, rendendo di fatto il programma proprietario. Per evitare questo, noi
hanno chiarito che qualsiasi brevetto deve essere concesso in licenza per l'uso gratuito di tutti o no
concesso in licenza a tutti.

I termini e le condizioni precisi per la copia, la distribuzione e la modifica
Seguire.

Licenza GNU GENERAL PUBLIC
TERMINI E CONDIZIONI DI COPIA, DISTRIBUZIONE E MODIFICA

0. Questa Licenza si applica a qualsiasi programma o altro lavoro che contenga un avviso
inserito dal detentore del copyright dicendo che può essere distribuito secondo i termini di questo
Licenza pubblica generale. Il "Programma", di seguito, si riferisce a tale programma o lavoro,
e per "opera basata sul Programma" si intende il Programma o qualsiasi opera derivata
ai sensi della legge sul diritto d'autore: vale a dire, un'opera contenente il Programma o una parte di
it, letterale o con modifiche e/o tradotto in altra lingua.
(Di seguito, la traduzione è inclusa senza limitazioni nel termine
"modifica".) Ogni licenziatario è indicato come "voi".

Le attività diverse dalla copia, distribuzione e modifica non sono coperte da
questa Licenza; sono al di fuori del suo ambito. L'atto di eseguire il Programma non lo è
limitato e l'output del Programma è coperto solo se il suo contenuto
costituiscono un'opera basata sul Programma (indipendentemente dal fatto che sia stata realizzata eseguendo
il programma). Se questo è vero dipende da cosa fa il Programma.

1. È possibile copiare e distribuire copie letterali del codice sorgente del Programma come
lo ricevi, con qualsiasi mezzo, a condizione che tu lo faccia in modo evidente e appropriato
pubblicare su ogni copia un avviso di copyright appropriato e l'esclusione di garanzia;
mantenere intatte tutte le avvertenze che si riferiscono a questa Licenza e all'assenza di qualsiasi
garanzia; e fornire a qualsiasi altro destinatario del Programma una copia di questa Licenza insieme
con il Programma.

È possibile addebitare una commissione per l'atto fisico di trasferire una copia e si può a
la tua opzione offre protezione in garanzia in cambio di una commissione.

2. È possibile modificare la propria copia o le copie del Programma o qualsiasi parte di esso, in tal modo
formare un'opera basata sul Programma e copiare e distribuire tali modifiche o
lavorare secondo i termini della Sezione 1 di cui sopra, a condizione che tu soddisfi anche tutti questi
Condizioni:

a) Devi fare in modo che i file modificati portino avvisi ben visibili
affermando che hai modificato i file e la data di qualsiasi modifica.

b) Devi fare in modo che qualsiasi lavoro che distribuisci o pubblichi, in formato
tutto o in parte contiene o è derivato dal Programma o da qualsiasi altro
parte di esso, per essere concesso in licenza nel suo complesso gratuitamente a tutti i terzi
parti in base ai termini di questa Licenza.

c) Se il programma modificato normalmente legge i comandi in modo interattivo
quando corri, devi causarlo, quando inizi a correre per tale
uso interattivo nel modo più ordinario, per stampare o visualizzare un file
annuncio comprendente un avviso di copyright appropriato e a
nota che non c'è garanzia (oppure, dicendo che fornisci
una garanzia) e che gli utenti possano ridistribuire il programma sotto
queste condizioni e indicare all'utente come visualizzarne una copia
Licenza. (Eccezione: se il programma stesso è interattivo ma
normalmente non stampa un tale annuncio, il tuo lavoro è basato su
il programma non è tenuto a stampare un annuncio.)

Questi requisiti si applicano all'opera modificata nel suo insieme. Se sezioni identificabili
di tale lavoro non derivano dal Programma e possono essere ragionevolmente considerati
opere indipendenti e separate in sé stesse, allora questa Licenza e i suoi termini, non
non si applicano a quelle sezioni quando le distribuisci come opere separate. Ma quando
distribuisci le stesse sezioni come parte di un insieme che è un'opera basata sul
Programma, la distribuzione dell'intero deve essere nei termini di questa Licenza, la cui
le autorizzazioni per gli altri licenziatari si estendono all'intero insieme, e quindi a ciascuno e
ogni parte indipendentemente da chi l'ha scritta.

Pertanto, non è intenzione di questa sezione rivendicare diritti o contestare i tuoi diritti
lavorare interamente scritto da te; piuttosto, l'intento è quello di esercitare il diritto a
controllare la distribuzione di opere derivate o collettive basate sul Programma.

Inoltre, la mera aggregazione di un'altra opera non basata sul Programma con il
Programma (o con un'opera basata sul Programma) su un volume di un archivio o
mezzo di distribuzione non porta l'altra opera nell'ambito di questa Licenza.

3. È possibile copiare e distribuire il Programma (o un'opera basata su di esso, nella Sezione
2) in codice oggetto o in forma eseguibile ai sensi delle sezioni 1 e 2 di cui sopra
a condizione che tu esegua anche una delle seguenti operazioni:

a) Accompagnarlo con il corrispondente completo leggibile dalla macchina
codice sorgente, che deve essere distribuito secondo i termini delle Sezioni
1 e 2 sopra su un supporto utilizzato abitualmente per l'interscambio di software; o,

b) Accompagnarlo con un'offerta scritta, valida per almeno tre
anni, per cedere a terzi, per un addebito non superiore al tuo
costo di esecuzione fisica della distribuzione del codice sorgente, un completo
copia leggibile dalla macchina del codice sorgente corrispondente, essere
distribuito secondo i termini delle sezioni 1 e 2 sopra su un supporto
utilizzato abitualmente per l'interscambio di software; o,

c) Accompagnalo con le informazioni che hai ricevuto in merito all'offerta
per distribuire il codice sorgente corrispondente. (Questa alternativa è
consentito solo per la distribuzione non commerciale e solo se tu
ricevuto il programma in codice oggetto o in forma eseguibile con tale
un'offerta, in conformità con la sottosezione b di cui sopra.)

Il codice sorgente di un'opera indica la forma preferita dell'opera per la realizzazione
modifiche ad esso. Per un lavoro eseguibile, il codice sorgente completo significa tutte le
codice sorgente per tutti i moduli che contiene, più qualsiasi definizione di interfaccia associata
file, oltre agli script utilizzati per controllare la compilazione e l'installazione del
eseguibile. Tuttavia, come eccezione speciale, non è necessario che il codice sorgente distribuito
includere tutto ciò che è normalmente distribuito (in formato sorgente o binario)
con i componenti principali (compilatore, kernel e così via) del sistema operativo attivi
quale viene eseguito l'eseguibile, a meno che il componente stesso non accompagni l'eseguibile.

Se la distribuzione dell'eseguibile o del codice oggetto viene effettuata offrendo l'accesso alla copia
da un luogo designato, offrendo quindi un accesso equivalente per copiare il codice sorgente
dallo stesso luogo conta come distribuzione del codice sorgente, anche se terzo
le parti non sono obbligate a copiare la fonte insieme al codice oggetto.

4. Non è possibile copiare, modificare, concedere in sublicenza o distribuire il Programma se non come
espressamente previsto da questa Licenza. Qualsiasi altro tentativo di copiare, modificare,
concedere in sublicenza o distribuire il Programma è nullo e terminerà automaticamente il tuo
diritti ai sensi di questa Licenza. Tuttavia, le parti che hanno ricevuto copie, o diritti,
da te ai sensi di questa Licenza non avranno le loro licenze terminate fintanto che tale
le parti restano nel pieno rispetto.

5. Non sei obbligato ad accettare questa Licenza, dal momento che non l'hai firmata.
Tuttavia, nient'altro ti concede il permesso di modificare o distribuire il Programma o
sue opere derivate. Queste azioni sono proibite dalla legge se non accetti
questa Licenza. Pertanto, modificando o distribuendo il Programma (o qualsiasi opera
in base al Programma), indichi la tua accettazione di questa Licenza per farlo, e
tutti i suoi termini e condizioni per la copia, la distribuzione o la modifica del Programma o
opere basate su di esso.

6. Ogni volta che ridistribuisci il Programma (o qualsiasi lavoro basato sul Programma), il
il destinatario riceve automaticamente una licenza dal licenziante originale da copiare,
distribuire o modificare il Programma soggetto a questi termini e condizioni. Potresti
non imporre ulteriori restrizioni all'esercizio dei diritti da parte dei destinatari
qui concesso. Non sei responsabile dell'applicazione della conformità da parte di terzi
a questa Licenza.

7. Se, a seguito di una sentenza del tribunale o di un'accusa di violazione di brevetto
o per qualsiasi altro motivo (non limitato a questioni di brevetto), vengono imposte condizioni su
voi (per ordine del tribunale, accordo o altro) che contraddice le condizioni
di questa Licenza, non ti esonerano dalle condizioni di questa Licenza. Se
non puoi distribuire in modo da soddisfare contemporaneamente i tuoi obblighi ai sensi di questo
Licenza e ogni altro obbligo pertinente, quindi di conseguenza non puoi
distribuire il Programma a tutti. Ad esempio, se una licenza di brevetto non lo consentisse
ridistribuzione royalty-free del Programma da parte di tutti coloro che ne ricevono direttamente le copie
o indirettamente attraverso di te, allora l'unico modo in cui potresti soddisfare sia questo che questo
La licenza consiste nell'astenersi completamente dalla distribuzione del Programma.

Se una qualsiasi parte di questa sezione è ritenuta non valida o non applicabile ai sensi di qualsiasi
circostanza particolare, si intende applicare il saldo della sezione e il
sezione nel suo insieme è destinata ad applicarsi in altre circostanze.

Non è lo scopo di questa sezione di indurti a violare qualsiasi brevetto o
altre rivendicazioni di diritti di proprietà o per contestare la validità di tali rivendicazioni; questa sezione
ha il solo scopo di proteggere l'integrità della distribuzione del software libero
sistema, che è implementato da pratiche di licenza pubblica. Molte persone hanno fatto
generosi contributi alla vasta gamma di software distribuiti attraverso questo
sistema facendo affidamento su un'applicazione coerente di tale sistema; sta a
autore/donatore per decidere se è disposto a distribuire software tramite qualsiasi
altro sistema e un licenziatario non può imporre tale scelta.

Questa sezione ha lo scopo di chiarire completamente ciò che si ritiene essere un
conseguenza del resto di questa Licenza.

8. Se la distribuzione e/o l'utilizzo del Programma sono limitati in determinate
paesi o da brevetti o da interfacce protette da copyright, il copyright originale
titolare che colloca il Programma sotto questa Licenza può aggiungere un'esplicita . geografica
limitazione della distribuzione escludendo quei paesi, in modo che la distribuzione sia
consentito solo all'interno o tra paesi non così esclusi. In tal caso, questa Licenza
incorpora la limitazione come se fosse scritta nel corpo di questa Licenza.

9. La Free Software Foundation può pubblicare versioni riviste e/o nuove del
Licenza pubblica generale di volta in volta. Tali nuove versioni saranno simili in
spirito alla versione attuale, ma può differire nei dettagli per affrontare nuovi problemi o
preoccupazioni.

Ad ogni versione viene assegnato un numero di versione distintivo. Se il Programma specifica a
numero di versione di questa Licenza che si applica ad essa e "qualsiasi versione successiva", l'utente
avere la possibilità di seguire i termini e le condizioni di quella versione o di
qualsiasi versione successiva pubblicata dalla Free Software Foundation. Se il programma lo fa
non specificare un numero di versione di questa Licenza, puoi scegliere qualsiasi versione in assoluto
pubblicato dalla Free Software Foundation.

10. Se desideri incorporare parti del Programma in altri programmi gratuiti
le cui condizioni di distribuzione sono diverse, scrivere all'autore per chiedere
autorizzazione. Per il software protetto da copyright della Free Software Foundation,
scrivere alla Free Software Foundation; a volte facciamo eccezioni per questo. I nostri
decisione sarà guidata dai due obiettivi di preservare lo status di libero di tutti
derivati ​​del nostro software libero e di promuovere la condivisione e il riutilizzo del software
generalmente.

NESSUNA GARANZIA

11. POICHÉ IL PROGRAMMA È CONCESSO IN LICENZA GRATUITAMENTE, NON VI È NESSUNA GARANZIA PER IL
PROGRAMMA, NEI LIMITI CONSENTITI DALLA LEGGE APPLICABILE. SALVO DIVERSO INDICATO
PER SCRITTURA I TITOLARI DEL COPYRIGHT E/O ALTRE PARTI FORNISCONO IL PROGRAMMA "COS COM'È"
SENZA GARANZIE DI ALCUN TIPO, ESPRESSE O IMPLICITE, COMPRESE, MA NON
LIMITATAMENTE ALLE GARANZIE IMPLICITE DI COMMERCIABILITÀ E IDONEITÀ PER UN PARTICOLARE
SCOPO. L'INTERO RISCHIO RELATIVO ALLA QUALITÀ E ALLE PRESTAZIONI DEL PROGRAMMA È CON
TU. NEL CASO IN CUI IL PROGRAMMA SIA DIFETTOSO, TI ASSUMI IL COSTO DI TUTTO IL NECESSARIO
MANUTENZIONE, RIPARAZIONE O CORREZIONE.

12. IN NESSUN CASO SE NON RICHIESTO DALLA LEGGE APPLICABILE O ACCETTATO PER SCRITTO
QUALSIASI TITOLARE DEL COPYRIGHT O QUALSIASI ALTRA PARTE CHE POSSA MODIFICARE E/O RIDISTRIBUIRSI
PROGRAMMA COME SOPRA CONSENTITO, SARÀ RESPONSABILE VERSO LEI PER DANNI, INCLUSO QUALSIASI GENERALE,
DANNI SPECIALI, ACCIDENTALI O CONSEQUENZIALI DERIVANTI DALL'USO O DALL'IMPOSSIBILITÀ DI
UTILIZZARE IL PROGRAMMA (INCLUSO MA NON LIMITATO ALLA PERDITA DI DATI O DATI RESTITUITI
IMPRECISIONI O PERDITE SOSTENUTE DA VOI O DA TERZE PARTI O FALLIMENTO DEL PROGRAMMA
PER OPERARE CON QUALSIASI ALTRO PROGRAMMA), ANCHE SE TALE TITOLARE O ALTRA PARTE È STATO
AVVISATO DELLA POSSIBILITA' DI TALI DANNI.

FINE DEI TERMINI E CONDIZIONI

Come applicare questi termini a nuovi programmi

Se sviluppi un nuovo programma e vuoi che sia di maggiore utilità possibile
al pubblico, il modo migliore per raggiungere questo obiettivo è renderlo un software libero che
tutti possono ridistribuire e modificare in questi termini.

A tal fine, allegare al programma i seguenti avvisi. È più sicuro attaccare
all'inizio di ogni file sorgente per trasmettere in modo più efficace l'esclusione di
garanzia; e ogni file dovrebbe avere almeno la riga "copyright" e un puntatore a
dove si trova il bando completo.


Diritto d'autore (C)

Questo programma è un software gratuito; puoi ridistribuirlo e / o modificarlo
secondo i termini della GNU General Public License come pubblicato da
la Free Software Foundation; sia la versione 2 della licenza, sia
(a tua scelta) qualsiasi versione successiva.

Questo programma è distribuito nella speranza che possa essere utile,
ma SENZA ALCUNA GARANZIA; senza nemmeno la garanzia implicita di
COMMERCIABILITÀ o IDONEITÀ A UNO SCOPO PARTICOLARE. Vedi il
Licenza GNU General Public per maggiori dettagli.

Dovresti aver ricevuto una copia della GNU General Public License
insieme a questo programma; in caso contrario, scrivi al Software Libero
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 Stati Uniti

Si aggiungano anche informazioni su come essere contattati tramite posta elettronica e cartacea.

Se il programma è interattivo, fai in modo che emetta un breve avviso come questo quando
si avvia in modalità interattiva:

Gnomovision versione 69, Copyright (C) anno nome dell'autore
Gnomovision viene fornito con ASSOLUTAMENTE NESSUNA GARANZIA; per i dettagli digita `show w'.
Questo è un software gratuito e puoi ridistribuirlo
a determinate condizioni; digita "mostra c" per i dettagli.

Gli ipotetici comandi `show w' e `show c' dovrebbero mostrare le parti appropriate
della Licenza Pubblica Generale. Naturalmente, i comandi che usi possono essere chiamati
qualcosa di diverso da `mostra w' e `mostra c'; potrebbero anche essere clic del mouse o menu
articoli, qualunque cosa si adatti al tuo programma.

Dovresti anche ottenere il tuo datore di lavoro (se lavori come programmatore) o la tua scuola, se
any, di firmare una "rinuncia al copyright" per il programma, se necessario. Ecco un
campione; modificare i nomi:

Yoyodyne, Inc., con la presente declina ogni interesse di copyright nel programma
`Gnomovision' (che effettua passaggi ai compilatori) scritto da James Hacker.

, 1 aprile 1989
Ty Coon, Presidente di Vice

Questa Licenza Pubblica Generica non consente di incorporare il tuo programma in
programmi proprietari. Se il tuo programma è una libreria di subroutine, potresti prenderlo in considerazione
più utile per consentire il collegamento di applicazioni proprietarie con la libreria. Se questo
è quello che vuoi fare, usa la GNU Library General Public License invece di questa
Licenza.

RASLIC Se non si utilizza la GPL, si applicano le seguenti condizioni di licenza:

Licenza RasMol

Anche se gli autori dei vari documenti e software trovati qui hanno fatto
uno sforzo in buona fede per garantire che i documenti siano corretti e che il software
esegue secondo la sua documentazione, e apprezzeremmo molto l'udito di
eventuali problemi che potresti incontrare, i programmi e documenti tutti i file creati dal
i programmi sono forniti **COME SONO** senza alcuna garanzia di correttezza,
commerciabilità o idoneità per un uso particolare o generale.

LA RESPONSABILITA' PER EVENTUALI CONSEGUENZE NEGATIVE DALL'UTILIZZO DEI PROGRAMMI O
DOCUMENTI O QUALSIASI FILE O FILE CREATO DALL'UTILIZZO DEI PROGRAMMI O DOCUMENTI BUGIA
SOLO CON GLI UTENTI DEI PROGRAMMI O DOCUMENTI O FILE O FILE E NON CON
AUTORI DEI PROGRAMMI O DOCUMENTI.

Fatta salva la tua accettazione delle condizioni sopra indicate, e il tuo rispetto per il
termini e condizioni indicati negli avvisi di seguito, se non ne farai nessuno
modifiche o creare opere derivate, ti viene dato il permesso di copiare liberamente e
distribuire questo pacchetto, a condizione che si eseguano le seguenti operazioni:

1. Includere la documentazione completa, in particolare il file AVVISO, con
cosa distribuisci o fornisci una chiara indicazione di dove le persone possono ottenere una copia di
la documentazione; e

2. Si prega di dare credito dove è dovuto il credito citando la versione e l'originale
autori correttamente; e

3. Per favore non dare a nessuno l'impressione che gli autori originali lo siano
fornire una garanzia di qualsiasi tipo.

Se desideri utilizzare i pezzi principali di RasMol in qualche altro programma, fai
modifiche a RasMol, o in qualche altro modo fare quello che un avvocato chiamerebbe a
"lavoro derivato", non solo sei autorizzato a farlo, sei incoraggiato a farlo.
Oltre alle cose di cui abbiamo discusso sopra, eseguire le seguenti operazioni:

4. Spiega nella tua documentazione in che modo ciò che hai fatto differisce da questo
versione di RasMol; e

5. Si prega di rendere disponibile il codice sorgente modificato.

Questa versione di RasMol _non_ è di pubblico dominio, ma è data gratuitamente al
comunità nella speranza di far progredire la scienza. Se apporti modifiche, per favore falle
in modo responsabile e vi preghiamo di offrirci l'opportunità di includerli
modifiche nelle versioni future di RasMol.

Informazioni Preavviso
Il seguente avviso si applica a quest'opera nel suo insieme e alle opere incluse
al suo interno:

* Gli sforzi creativi dipendono dal vivace scambio di idee. Ci sono leggi e
consuetudini che stabiliscono diritti e responsabilità per gli autori e gli utenti di
ciò che gli autori creano. Questo avviso non ha lo scopo di impedirvi di utilizzare il
software e documenti in questo pacchetto, ma per garantire che non vi siano
malintesi sui termini e le condizioni di tale utilizzo.

* Si prega di leggere attentamente il seguente avviso. Se non capisci nessuna parte
di questo avviso, si prega di richiedere un'adeguata consulenza legale professionale prima di utilizzarla
del software e dei documenti inclusi in questo pacchetto software. Inoltre
qualunque altra misura tu possa essere obbligato a prendere per rispettare l'intellettuale
diritti di proprietà delle varie parti coinvolte, se si fa uso del software
e documenti in questo pacchetto, si prega di dare credito dove è dovuto il credito citando
questo pacchetto, i suoi autori e l'URL o altra fonte da cui l'hai ottenuto,
o equivalenti riferimenti primari in letteratura con gli stessi autori.

* Alcuni dei software e dei documenti inclusi in questo pacchetto software sono i
proprietà intellettuale di varie parti, e il posizionamento in questo pacchetto non in
implica in alcun modo che tali diritti siano stati in qualche modo rinunciati o diminuiti.

* In relazione a qualsiasi software o documento per cui esiste un copyright, ALL
I DIRITTI SONO RISERVATI AI TITOLARI DI TALE COPYRIGHT.

* Anche se gli autori dei vari documenti e software trovati qui hanno
fatto uno sforzo in buona fede per garantire che i documenti siano corretti e che il
il software funziona secondo la sua documentazione e apprezzeremmo molto
conoscere eventuali problemi che potresti incontrare, i programmi e i documenti e tutti i file
creati dai programmi sono forniti **COME SONO** senza alcuna garanzia in merito a
correttezza, commerciabilità o idoneità per un uso particolare o generale.

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DOCUMENTI O QUALSIASI FILE O FILE CREATO DALL'UTILIZZO DEI PROGRAMMI O DOCUMENTI BUGIA
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AUTORI DEI PROGRAMMI O DOCUMENTI.

Vedere i file GPL e RASLIC per due modi alternativi di concedere in licenza questo pacchetto.

Ras Mol V2.6 Preavviso
Il seguente avviso si applica a RasMol V 2.6 e versioni precedenti di RasMol.

Le informazioni contenute in questo documento sono soggette a modifiche senza preavviso e non
rappresentano un impegno da parte del fornitore. Questo pacchetto è
venduto/distribuito a condizione che non lo faccia, per via commerciale o
in caso contrario, essere prestato, rivenduto, affittato o altrimenti diffuso senza il
previo consenso del fornitore, in qualsiasi forma di imballaggio o copertura diversa da quella in
quale è stato prodotto. Nessuna parte di questo manuale o del software di accompagnamento può essere
riprodotto, memorizzato in un sistema di recupero su disco ottico o magnetico, nastro o altro
altro mezzo, o trasmessi in qualsiasi forma o con qualsiasi mezzo, elettronico, meccanico,
fotocopiatura, registrazione o altro per qualsiasi scopo diverso da quello dell'acquirente
uso personale.

Questo prodotto non deve essere utilizzato nella progettazione, costruzione, manutenzione,
il funzionamento o l'uso di qualsiasi impianto nucleare né il volo, la navigazione o
comunicazione di aeromobili o apparecchiature di supporto a terra. L'autore non deve essere
responsabile, in tutto o in parte, per qualsiasi pretesa o danno derivante da tale uso,
inclusa la morte, il fallimento o lo scoppio di una guerra.

IUCR Politica
. IUCr Politica da , il Marchio e , il Promotion of , il STAR Compila il e CIF
Internazionali da Scambio e Archiviazione Elettronico Dati.

Panoramica

Il Crystallographic Information File (CIF)[1] è uno standard per le informazioni
interscambio promulgato dall'Unione Internazionale di Cristallografia (IUCr). CIF
(Hall, Allen & Brown, 1991) è il metodo consigliato per inviare pubblicazioni
ad Acta Crystallographica Sezione C e relazioni sulle determinazioni della struttura cristallina
ad altre sezioni di Acta Crystallographica e molte altre riviste. La sintassi di
un CIF è un sottoinsieme del più generale formato STAR File[2]. Il file CIF e STAR
approcci sono sempre più utilizzati nelle scienze strutturali per lo scambio di dati e
l'archiviazione, e stanno avendo un'influenza significativa su queste attività in altri
campi.

dichiarazione of intento

L'interesse dell'IUCr nel file STAR è come standard generale per lo scambio di dati per
scienza, e il suo interesse per il CIF, un derivato conforme dello STAR File, è
come un conciso scambio di dati e standard di archiviazione per cristallografia e strutturale
scienza.

Marchio of , il standard

Per proteggere lo STAR File e il CIF come standard per l'interscambio e l'archiviazione
dati elettronici, l'IUCr, per conto della comunità scientifica,

* detiene i diritti d'autore sugli standard stessi,

* possiede i marchi associati e i marchi di servizio, e

* detiene un brevetto sullo STAR File.

Questi diritti di proprietà intellettuale si riferiscono esclusivamente ai formati di interscambio, non a
i dati in esso contenuti, né al software utilizzato nella generazione, accesso o
manipolazione dei dati.

Promotion of , il standard

L'unico requisito che l'IUCr, nel suo ruolo protettivo, impone al software
che pretende di elaborare dati STAR File o CIF è che le seguenti condizioni siano soddisfatte
prima della vendita o della distribuzione.

* Software che afferma di leggere file scritti su STAR File o CIF
standard deve essere in grado di estrarre i dati pertinenti da un file conforme al
Sintassi file STAR o sintassi CIF, rispettivamente.

* Software che afferma di scrivere file nel file STAR o CIF, standard
deve produrre file conformi alla sintassi del file STAR o alla sintassi CIF,
rispettivamente.

* Approvato il software che afferma di leggere le definizioni da un dizionario dati specifico
dall'IUCr deve essere in grado di estrarre qualsiasi definizione pertinente che sia conforme a
la lingua di definizione del dizionario (DDL)[3] associata a quel dizionario.

L'IUCr, attraverso il suo comitato per gli standard CIF, assisterà qualsiasi sviluppatore a
verificare che il software soddisfi queste condizioni di conformità.

Glossario of condizioni

[1] CIF:

è un file di dati conforme alla sintassi del file definita in http://www.iucr.org/iucr-
top/cif/spec/index.html

[2] File STAR:

è un file di dati conforme alla sintassi del file definita in http://www.iucr.org/iucr-
top/cif/spec/star/index.html

[3] DDL:

è un linguaggio utilizzato in un dizionario di dati per definire elementi di dati in termini di
"attributi". Dizionari attualmente approvati dalla IUCr e le versioni DDL
utilizzati per costruire questi dizionari, sono elencati in http://www.iucr.org/iucr-
top/cif/spec/ddl/index.html

Ultima modifica: 30 settembre 2000

Politica IUCr Copyright (C) 2000 Unione Internazionale di Cristallografia

CBFLIB Il seguente avviso di esclusione di responsabilità si applica a CBFlib V0.1, da cui questo codice in
parte è derivata.

* Gli articoli forniti con il presente sono stati sviluppati con il patrocinio degli Stati Uniti
Governo. Né gli Stati Uniti, né l'USDOE, né il Leland Stanford Junior
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qualsiasi responsabilità per l'accuratezza, la completezza o l'utilità di qualsiasi
informazioni, apparecchi, prodotti o processi divulgati o dichiara che il loro utilizzo
non violerà i diritti di proprietà privata. Menzione di qualsiasi prodotto, il suo produttore,
o fornitori non devono, né si intende, implicare approvazione, disapprovazione o
idoneità per qualsiasi uso particolare. Gli Stati Uniti e l'Università mantengono sempre il
diritto di utilizzare e diffondere a qualsiasi titolo i mobili forniti.

Avviso 91 02 01

CIFPARSE
Parti di questo software sono liberamente basate sul pacchetto software CIFPARSE di
l'NDB della Rutgers University. Vedere

http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif/software

CIFPARSE fa parte dell'applicazione NDBQUERY, un componente del programma di Nucleic
Progetto database acido [ HM Berman, WK Olson, DL Beveridge, JK
Westbrook, A. Gelbin, T. Demeny, SH Shieh, AR Srinivasan e B. Schneider.
(1992). Il database degli acidi nucleici: un database relazionale completo di tre
Strutture dimensionali degli acidi nucleici. Biophys J., 63, 751-759.], il cui
la cooperazione è riconosciuta con gratitudine, specialmente sotto forma di concetti di design
creato da J. Westbrook.

Si prega di essere a conoscenza del seguente avviso nell'API CIFPARSE:

Questo software viene fornito SENZA GARANZIA DI COMMERCIABILITÀ O IDONEITÀ PER A
SCOPO PARTICOLARE O QUALSIASI ALTRA GARANZIA, ESPRESSA O IMPLICITA. RUTGERS NON FANNO NO
DICHIARAZIONE O GARANZIA CHE IL SOFTWARE NON VIOLERA ALCUN BREVETTO,
COPYRIGHT O ALTRO DIRITTO DI PROPRIETÀ.

DESCRIZIONE

RasMol è un programma di grafica molecolare destinato alla visualizzazione di proteine, nucleici
acidi e piccole molecole. Il programma è finalizzato alla visualizzazione, all'insegnamento e alla generazione di
immagini di qualità da pubblicazione. RasMol funziona su un'ampia gamma di architetture e operazioni
sistemi inclusi Microsoft Windows, Apple Macintosh, UNIX e sistemi VMS. UNIX e VMS
le versioni richiedono un display X Windows a colori a 8, 24 o 32 bit (X11R4 o successivo). La X
La versione Windows di RasMol fornisce supporto opzionale per una casella di selezione hardware e
comunicazione accelerata della memoria condivisa (tramite le estensioni XInput e MIT-SHM) se
disponibile sull'attuale X Server.

Il programma legge un file di coordinate molecolari e visualizza interattivamente la molecola su
lo schermo in una varietà di combinazioni di colori e rappresentazioni molecolari. Attualmente
le rappresentazioni disponibili includono wireframe basati sulla profondità, bastoncini 'Dreiding', spacefilling
(CPK) sfere, sfere e bastoncini, nastri biomolecolari solidi e a trefoli, etichette e punti atomici
superfici.

È possibile caricare e visualizzare fino a 5 molecole contemporaneamente. Uno o tutti
le molecole possono essere ruotate e traslate.

È possibile accedere alla funzione di aiuto di RasMol digitando "help " o "aiuto
" dalla riga di comando. Un elenco completo dei comandi RasMol può essere visualizzato da
digitando "comandi di aiuto". Un singolo punto interrogativo può essere utilizzato anche per abbreviare la parola chiave
"aiuto". Si prega di digitare "avvisi di aiuto" per gli avvisi importanti.

COMANDI

RasMol permette l'esecuzione di comandi interattivi digitati al RasMol> prompt nel
finestra del terminale. Ogni comando deve essere dato su una riga separata. Le parole chiave sono casi
insensibile e può essere immesso in lettere maiuscole o minuscole. Tutti gli spazi bianchi
i caratteri vengono ignorati tranne che per separare le parole chiave ei loro argomenti.

Tutti i comandi possono essere preceduti da una parentesi atomo espressione per selezionare temporaneamente
alcuni atomi solo per l'esecuzione di quel comando. Dopo l'esecuzione del comando,
viene ripristinata la selezione precedente ad eccezione dei comandi select , limitare e script.

Di seguito sono riportati i comandi/parole chiave attualmente riconosciuti da RasMol.

Spina dorsale
Il RasMol spina dorsale Il comando permette la rappresentazione di una dorsale polipeptidica come
una serie di legami che collegano i carboni alfa adiacenti di ciascun amminoacido in a
catena. La visualizzazione di questi "legami" della dorsale viene attivata e disattivata dal comando
parametro allo stesso modo del wireframe comando. Il comando spina dorsale MENO
disattiva le "obbligazioni" selezionate e spina dorsale on o con un numero li accende. Il
numero può essere utilizzato per specificare il raggio del cilindro della rappresentazione in entrambi
Unità Angstrom o RasMol. Un valore del parametro di 500 (2.0 Angstroms) o superiore a risultati
in un errore "Valore del parametro troppo grande". Gli oggetti della spina dorsale possono essere colorati usando il
Ras Mol colore spina dorsale comando.

La parola riservata backbone viene utilizzata anche come insieme predefinito ("set di aiuto") e come
parametro per il set legame e set ssbond comandi. Il comando RasMol tracciare
rende una spina dorsale levigata, in contrasto con spina dorsale che collega i carboni alfa
con linee rette.

La dorsale può essere visualizzata con linee tratteggiate utilizzando il spina dorsale trattino
comando.

sfondo
Il RasMol sfondo comando viene utilizzato per impostare il colore dello sfondo "tela".
Il colore può essere dato come nome del colore o come una tripla di rosso separata da virgole,
Componenti Verde e Blu (RGB) racchiusi tra parentesi quadre. Digitando il comando
Aiuto colori fornirà un elenco dei nomi di colori predefiniti riconosciuti da RasMol.
Quando è in esecuzione su X Windows, RasMol riconosce anche i colori nel server X
database dei nomi dei colori.

. sfondo comando è sinonimo di RasMol set sfondo comando.

Legame Il comando RasMol legame + aggiunge il legame designato al
sorteggio, aumentando l'ordine del titolo se il titolo esiste già. Il comando legame
scegliere seleziona i due atomi specificati dai numeri di serie dell'atomo
come le due estremità di un legame attorno al quale il ruotare legame il comando sarà
applicato. Se non esiste alcun legame, viene creato.

La rotazione attorno a un'obbligazione scelta in precedenza può essere specificata dal ruotare legame
comando, o può anche essere controllato con il mouse, utilizzando il legame ruotare
on / off o l'equivalente ruotare legame on / off comandi.

Bulgaro
Il RasMol Bulgaro Il comando imposta i menu e i messaggi sulle versioni bulgare.

Questo comando potrebbe non funzionare correttamente a meno che non siano stati installati i caratteri appropriati.
I comandi Bulgaro, Cinese, Inglese, Francese, Italiano, Russo e Corsi può
essere utilizzato per selezionare bulgaro, cinese, inglese, francese, italiano, giapponese, russo
e menu e messaggi in spagnolo se sono stati installati i caratteri appropriati.

cartone animato
Il RasMol cartone animato il comando mostra una molecola nastri nel ruolo di Richardson
(MolScript) proteine ​​in stile cartoni animati, implementato come nastri spessi (profondi). Il
il modo più semplice per ottenere una rappresentazione a fumetti di una proteina è usare il Cartoni animati
opzione sul Display menù. Il cartone animato il comando rappresenta l'attuale selezionato
residui come un nastro profondo con la larghezza specificata dall'argomento del comando. Usando
il comando senza un parametro fa sì che la larghezza del nastro venga presa dal
struttura secondaria della proteina, come descritto nella nastri comando. Per impostazione predefinita, il
I C-terminali dei fogli beta sono visualizzati come punte di freccia. Questo può essere abilitato e
disabilitato usando il set cartoni animati comando. La profondità del fumetto può essere regolata
usando il set cartoni animati comando. Il set cartoni animati comando senza
parametri riporta queste due opzioni ai loro valori predefiniti.

centro Il RasMol centro comando definisce il punto intorno al quale il ruotare comando e il
le barre di scorrimento ruotano la molecola corrente. Senza un parametro il comando centrale
reimposta il centro di rotazione per essere il centro di gravità della molecola. Se uno
l'espressione dell'atomo è specificata, RasMol ruota la molecola attorno al centro di
gravità dell'insieme di atomi specificato dall'espressione. Quindi, se un singolo atomo è
specificato dall'espressione, quell'atomo rimarrà 'stazionario' durante le rotazioni.

Tipo Aiuto espressione per ulteriori informazioni sulle espressioni dell'atomo di RasMol.

In alternativa la centratura può essere data come una tripla separata da virgole di [CenX, CenY,
CenZ] offset in unità RasMol (1/250 di un Angstrom) dal centro di gravità.
La tripla deve essere racchiusa tra parentesi quadre.

I moduli opzionali centro ... tradurre e centro ... centro può essere utilizzato per
specificare l'uso di un centro di rotazione traslato (non necessariamente al centro di
tela) o un centro di rotazione posto al centro della tela.
A partire da RasMol 2.7.2, l'impostazione predefinita è centrare il nuovo asse sull'area di disegno.

Cinese
Il RasMol Cinese Il comando imposta i menu e i messaggi sulle versioni cinesi.

Questo comando potrebbe non funzionare correttamente a meno che non siano stati installati i caratteri appropriati.
I comandi Bulgaro, Cinese, Inglese, Francese, Italiano, Russo e Corsi può
essere utilizzato per selezionare bulgaro, cinese, inglese, francese, italiano, giapponese, russo
e menu e messaggi in spagnolo se sono stati installati i caratteri appropriati.

appunti
Il RasMol Appunti comando posiziona una copia dell'immagine attualmente visualizzata sul
"appunti" della grafica locale. Nota: questo comando non è ancora supportato su UNIX o VMS
macchine. Ha lo scopo di facilitare il trasferimento di immagini tra applicazioni
in Microsoft Windows o su un Apple Macintosh.

Quando si utilizza RasMol su un sistema UNIX o VMS, questa funzionalità può essere ottenuta da
generazione di un'immagine raster in un formato leggibile dal programma ricevente
usando il RasMol scrivere comando.

Colore Colora gli atomi (o altri oggetti) della regione selezionata. Il colore può essere dato
come nome del colore o una tripla separata da virgola di Rosso, Verde e Blu (RGB)
componenti racchiusi tra parentesi quadre. Digitando il comando Aiuto colori darà un
elenco di tutti i nomi di colore predefiniti riconosciuti da RasMol.

Gli oggetti consentiti sono atomi, obbligazioni, spina dorsale, nastri, etichette, punti, hbond, carta geografica, e
ssbond. Se non viene specificato alcun oggetto, la parola chiave predefinita atomo è assunto. Alcuni
gli schemi di colori sono definiti per alcuni tipi di oggetti. La combinazione di colori nessuna può essere
applicato a tutti gli oggetti tranne atomi e punti, affermando che gli oggetti selezionati
non hanno un colore proprio, ma usano il colore dei loro atomi associati (cioè il
atomi che legano). Atom gli oggetti possono anche essere colorati da alternativo, ammino, catena,
cartone animato, CPK, gruppo, modello, ben fatto, struttura, temperatura or utente. Legami di idrogeno
può anche essere colorato da Digitare e le superfici dei punti possono anche essere colorate con elettrostatico
potenziale. Per ulteriori informazioni digitare Aiuto colore . Gli oggetti della mappa potrebbero essere
colorato dal colore specifico o dall'atomo più vicino.

Modalità colore
ColourMode consente all'utente di passare dall'utilizzo del nuovo colore metodo. In
presente, la nuova tecnica di colorazione è la stessa della vecchia, ma da preservare
compatibilità per gli script più vecchi potrebbe essere saggio aggiungere un "colormode on" vicino alla parte superiore
del tuo script da qualche parte, se lo script è stato progettato per la versione 2.7.3 di RasMol o
prima. Il nuovo metodo di colore, una volta completato, mira a correggere alcuni bug nel
routine di colorazione.

Connettere
Il RasMol collegano comando viene utilizzato per forzare RasMol a (ri)calcolare il
connettività della molecola corrente. Se il file di input originale conteneva
informazioni sulla connettività, queste vengono scartate. Il comando collegano falso usa un veloce
algoritmo euristico adatto a determinare il legame in grandi biomolecole
come proteine ​​e acidi nucleici. Il comando collegano vero usa un più lento di più
algoritmo accurato basato su raggi covalenti che è più adatto a piccoli
molecole contenenti elementi inorganici o anelli tesi. Se nessun parametro è
dato, RasMol determina quale algoritmo utilizzare in base al numero di atomi nel
file di input. Più di 255 atomi fa sì che RasMol utilizzi l'implementazione più veloce.
Questo è il metodo utilizzato per determinare il legame, se necessario, quando una molecola è
prima leggere utilizzando il caricare comando.

Differire Il RasMol differire comando aggiunge il comando dato alla macro con il nome dato, se no
viene dato il nome, il comando viene aggiunto alla macro con un nome vuoto. Il comando zap
è un caso speciale. In tal caso la macro viene cancellata. Se non viene dato alcun nome il
il comando deve iniziare con una selezione, ad es differire (selezione).spacefill

I comandi differiti accumulati sotto il nome dato possono essere eseguiti usando il
eseguire command

Define Il RasMol definire comando consente all'utente di associare un insieme arbitrario di atomi
con un identificatore univoco. Ciò consente la definizione di insiemi definiti dall'utente. Queste
gli insiemi sono dichiarati staticamente, cioè una volta definiti i contenuti dell'insieme non lo fanno
cambiano, anche se l'espressione che li definisce dipende dalla trasformazione in corso
e rappresentazione della molecola.

Profondità Il RasMol profondità comando abilita, disabilita o posiziona il piano di ritaglio di
la molecola. Il programma disegna solo quelle porzioni della molecola che sono più vicine
allo spettatore rispetto al piano di ritaglio. I valori interi vanno da zero alla fine
retro della molecola a 100 che è completamente davanti alla molecola.
I valori intermedi determinano la percentuale della molecola da disegnare.

Questo comando interagisce con il lastra comando, che si aggancia alla parte anteriore di a
dato piano z-clipping.

dots Il RasMol punti comando viene utilizzato per generare una superficie a punti di van der Waals attorno al
atomi attualmente selezionati. Le superfici dei punti mostrano punti regolarmente distanziati su una sfera
del raggio di van der Waals su ciascun atomo selezionato. Punti che sarebbero "sepolti"
entro il raggio di van der Waals di qualsiasi altro atomo (selezionato o meno) non sono
visualizzato. Il comando punti on elimina qualsiasi superficie del punto esistente e genera a
i punti sorgono attorno all'atomo attualmente selezionato impostato con una densità di punti predefinita di
100. Il comando punti MENO elimina qualsiasi superficie del punto esistente. La densità del punto può essere
specificato fornendo un parametro numerico compreso tra 1 e 1000. Questo valore
corrisponde approssimativamente al numero di puntini sulla superficie di una taglia media
atomo.

Per impostazione predefinita, il colore di ogni punto su una superficie a punti è il colore del punto più vicino
atomo nel momento in cui viene generata la superficie. Il colore dell'intera superficie del punto può
essere modificato utilizzando il colore punti comando.

Echo Il RasMol eco comando viene utilizzato per visualizzare un messaggio nel comando/terminale RasMol
finestra. Il parametro stringa può essere facoltativamente delimitato tra virgolette
caratteri. Se non viene specificato alcun parametro, il eco comando visualizza una riga vuota.
Questo comando è particolarmente utile per visualizzare il testo dall'interno di un RasMol copione
file.

English
Il RasMol English Il comando imposta i menu e i messaggi sulle versioni inglesi.

Questo comando potrebbe non funzionare correttamente a meno che non siano stati installati i caratteri appropriati.
I comandi Bulgaro, Cinese, Inglese, Francese, Italiano, Russo e Corsi può
essere utilizzato per selezionare bulgaro, cinese, inglese, francese, italiano, giapponese, russo
e menu e messaggi in spagnolo se sono stati installati i caratteri appropriati.

Eseguire
Il RasMol eseguire comando:

1. salva il vecchio equilibrio della molecola (traslazione, rotazione e zoom)

2. esegue la macro specificata sopprimendo sia gli aggiornamenti dello schermo che la registrazione

3. anima il movimento della nuova molecola in modo lineare dal vecchio equilibrio a
il nuovo equilibrio

La macro deve essere stata definita in precedenza da chiamate al differire comando.

L'animazione del movimento dipende dalle impostazioni precedenti del record comando.

Francese Il RasMol Francese Il comando imposta i menu e i messaggi sulle versioni francesi.

Questo comando potrebbe non funzionare correttamente a meno che non siano stati installati i caratteri appropriati.
I comandi Bulgaro, Cinese, Inglese, Francese, Italiano, Russo e Corsi può
essere utilizzato per selezionare bulgaro, cinese, inglese, francese, italiano, giapponese, russo
e menu e messaggi in spagnolo se sono stati installati i caratteri appropriati.

Obbligazioni Il RasMol legame comando è usato per rappresentare il legame idrogeno della proteina
spina dorsale della molecola. Questa informazione è utile per valutare le proteine
struttura secondaria. I legami idrogeno sono rappresentati come linee tratteggiate o
cilindri tra i residui donatore e accettore. La prima volta che legame command
viene utilizzato, il programma ricerca la struttura della molecola per trovare legami idrogeno
residui e comunica all'utente il numero di obbligazioni. Il comando hbond on
visualizza le 'obbligazioni' selezionate come linee tratteggiate, e il hbond MENO spegne il loro
Schermo. Il colore degli oggetti hbond può essere modificato dal colore legame comando.
Inizialmente, ogni legame idrogeno ha i colori dei suoi atomi collegati.

Per impostazione predefinita, le linee tratteggiate sono tracciate tra l'accettazione dell'ossigeno e la donazione
azoto. Usando il set hbond comandare le posizioni alfa carbonio del
si possono invece utilizzare residui appropriati. Ciò è particolarmente utile durante l'esame
proteine ​​nella rappresentazione della spina dorsale.

Aiuto Il RasMol Aiuto Il comando fornisce un aiuto in linea sull'argomento dato.

Italiano
Il RasMol Italiano Il comando imposta i menu e i messaggi sulle versioni italiane.

Questo comando potrebbe non funzionare correttamente a meno che non siano stati installati i caratteri appropriati.
I comandi Bulgaro, Cinese, Inglese, Francese, Italiano, Russo e Corsi può
essere utilizzato per selezionare bulgaro, cinese, inglese, francese, italiano, giapponese, russo
e menu e messaggi in spagnolo se sono stati installati i caratteri appropriati.

Giapponese
Il RasMol Giapponese Il comando imposta i menu e i messaggi sulle versioni giapponesi.

Questo comando potrebbe non funzionare correttamente a meno che non siano stati installati i caratteri appropriati.
I comandi Bulgaro, Cinese, Inglese, Francese, Italiano, Russo e Corsi può
essere utilizzato per selezionare bulgaro, cinese, inglese, francese, italiano, giapponese, russo
e menu e messaggi in spagnolo se sono stati installati i caratteri appropriati.

etichetta Il RasMol etichetta comando consente di associare una stringa di testo formattata arbitraria
con ogni atomo attualmente selezionato. Questa stringa può contenere "espansione" incorporata
specificatori' che mostrano le proprietà dell'atomo etichettato. un'espansione
l'identificatore è costituito da un carattere '%' seguito da un singolo carattere alfabetico
specificando la proprietà da visualizzare. Potrebbe essere visualizzato un carattere '%' effettivo
utilizzando l'identificatore di espansione '%%'.

L'etichettatura degli atomi per gli atomi attualmente selezionati può essere disattivata con il comando
etichetta off. Per impostazione predefinita, se non viene fornita alcuna stringa come parametro, RasMol utilizza le etichette
appropriato per la molecola corrente.

Il colore di ciascuna etichetta può essere modificato utilizzando il colore etichetta comando. Per impostazione predefinita,
ogni etichetta è disegnata nello stesso colore dell'atomo a cui è attaccata. Il
la dimensione e la spaziatura del testo visualizzato possono essere modificate utilizzando il set dimensione del font
comando. La larghezza dei tratti nel testo visualizzato può essere modificata
usando il set carattere
comando.

Caricare Carica un file di coordinate molecolari in RasMol. I formati di file della molecola validi sono PDB
(formato Banca Dati Proteine), ml (formato di file MOL di Molecular Design Limited),
Alchimia (formato di file Alchemy di Tripos), mol2 (formato file Sybyl Mol2 di Tripos),
fascino (formato file CHARMm), xyz (formato di file XMol XYZ di MSC), mopac (JP
formato di file MOPAC di Stewart) o cif (formato file IUCr CIF o mmCIF). Se nessun file
il formato è specificato, PPB, CIF, or mmcif è assunto per impostazione predefinita. Fino a 20 molecole
possono essere caricati alla volta. Se i modelli di ligando CHEM_COMP sono inclusi in un file mmCIF,
verranno caricati come modelli NMR, dando prima tutti i modelli NMR per modello
coordinate se specificate e quindi fornire tutti i modelli NMR per il modello ideale
coordinate.

Per eliminare una molecola prima di caricarne un'altra utilizzare il RasMol zap comando. Per
seleziona una molecola per la manipolazione usa il RasMol molecola comando.

. caricare comando seleziona tutti gli atomi nella molecola, la centra sullo schermo
e lo rende come un modello wireframe colorato CPK. Se la molecola non contiene legami
(cioè contiene solo atomi di carbonio alfa), è disegnato come una spina dorsale di carbonio alfa. Se la
file specifica meno legami degli atomi, RasMol determina la connettività usando il
collegano comando.

. caricare inline Il comando consente anche la memorizzazione delle coordinate dell'atomo negli script per
consentire una migliore integrazione con i browser WWW. Un comando di caricamento eseguito all'interno di uno script
il file può specificare la parola chiave inline invece di un nome file convenzionale. Questa opzione
specifica che le coordinate della molecola da caricare sono memorizzate nello stesso file
come i comandi attualmente in esecuzione.

Mappa Il RasMol carta geografica i comandi manipolano le mappe di densità elettronica in coordinazione con
esposizione di molecole Questi comandi richiedono molta memoria e potrebbero non funzionare
macchine con memoria limitata. Ogni molecola può avere tante mappe quante sono disponibili
memoria permette. Le mappe possono essere lette da file o generate dalla densità gaussiana
distribuzioni intorno agli atomi.

carta geografica colore, colorare una mappa secondo un dato schema di colori, carta geografica creare, a
generare una mappa da atomi selezionati basata su pseudo-gaussiani, carta geografica livello, per impostare il
livello di contornatura per mappe selezionate, carta geografica caricare, caricare una mappa da un file, carta geografica mask
per designare una maschera per le mappe selezionate, carta geografica Risoluzione, per impostare la risoluzione
per il contorno di mappe selezionate, carta geografica limitare, per selezionare una o più mappe e per
disabilita tutti gli altri, carta geografica Salva, per salvare le informazioni sulla mappa in un file, carta geografica scala, di controllo
, il scala of pseudo-gaussiani quando la generazione di mappe, carta geografica Selezionare, per selezionarne uno o
più mappe, carta geografica mostrare, per visualizzare informazioni su una o più mappe o sul
parametri da utilizzare per generare o caricare la mappa successiva, carta geografica spaziatura, per impostare
la spaziatura tra le curve di livello delle mappe selezionate, carta geografica propagazione, per impostare la varianza
delle gaussiane per la generazione di mappe come frazione del raggio atomico, e carta geografica zap
per eliminare le mappe precedentemente generate o caricate.

L'effetto di carta geografica generare e carta geografica caricare comandi è modificato da carta geografica mask
comando che limita la porzione di spazio espositivo che può essere considerata per
visualizzazione delle mappe.

Mappa colore
Il RasMol carta geografica colore comando colora le mappe selezionate in base a quanto specificato
schema colore. La combinazione di colori può essere un nome di colore o e RBG triple in
parentesi o la parola chiave atomo per far sì che i punti della mappa siano colorati dal colore
dell'atomo più vicino.

Mappa generare
Il RasMol carta geografica generare il comando genera una mappa da qualunque atomo sia attualmente
selezionato, sommando le densità di elettroni approssimate dalle distribuzioni gaussiane.
L'altezza di ogni gaussiana è determinata dall'impostazione di carta geografica scala comando.
Nell'impostazione predefinita della scala della mappa vera, ogni gaussiana ha un elemento proporzionale all'altezza
tipo dell'atomo. Se viene fornito il parametro 'LRSurf' opzionale o se la scala della mappa
false è stato eseguito, ogni gaussiana viene ridimensionata in modo che il livello del contorno gaussiano
1 è al raggio di van der Waals. In entrambi i casi viene determinata una deviazione standard
viene utilizzato lo spread o la risoluzione specificati più di recente. Se uno spread diverso da zero
è stato dato il raggio dell'atomo è moltiplicato per la diffusione per trovare il
deviazione standard. L'impostazione predefinita è 2/3. Se è stata data una risoluzione, il
lo spread è dedotto come 2/3 della risoluzione.

Ad esempio, se la risoluzione è data come 1. e l'atomo in questione è un carbonio
con un raggio di van der Waals di 468 unità RasMol (1.87 Angstroms), il dedotto
spead è .6667 e la deviazione standard della gaussiana è presa come 1.25
Angstrom.

Se lo spread è stato impostato a zero, lo spread per ogni atomo è determinato dal
raggio di van der Waals e il raggio dell'atomo sonda per simulare l'effetto di un Lee-
superficie di Richard.

Se non è stata fornita alcuna mappa specifica dal selettore di mappe, la nuova mappa viene assegnata alla successiva
numero di mappa disponibile.

Se una mappa specifica è stata fornita dal selettore della mappa, la nuova mappa sostituisce quella mappa. Se
più di una mappa è stata fornita dal selettore della mappa, la nuova mappa sostituisce la più bassa
numerate delle mappe selezionate. In ogni caso la nuova mappa diventa l'attuale
mappa selezionata.

La mappa viene visualizzata come punti, mesh o superficie, a seconda dell'ultima mappa
modalità di rendering selezionata o la modalità selezionata sul comando stesso.

Mappa livello
Il RasMol carta geografica livello comando imposta il livello del contorno da utilizzare nella creazione
successive rappresentazioni di mappe generate o caricate. Se la parola chiave SIGNIFICA in
utilizzato il livello è relativo alla media dei dati cartografici. Altrimenti il ​​livello è
assoluto.

In generale, un livello inferiore si traduce in una mappa contenente una parte maggiore del volume visualizzato,
mentre un livello più alto si traduce in una mappa contenente meno volume visualizzato.

Mappa caricare
Il RasMol carta geografica caricare Il comando carica un file di mappa in RasMol. I formati validi sono
Formato mappa CCP4 e formato imgCIF.

Se non è stata fornita alcuna mappa specifica dal selettore di mappe, la nuova mappa viene assegnata alla successiva
numero di mappa disponibile.

Se una mappa specifica è stata fornita dal selettore della mappa, la nuova mappa sostituisce quella mappa. Se
più di una mappa è stata fornita dal selettore della mappa, la nuova mappa sostituisce la più bassa
numerate delle mappe selezionate. In ogni caso la nuova mappa diventa l'attuale
mappa selezionata.

La mappa viene visualizzata come punti, mesh o superficie a seconda dell'ultimo rendering della mappa
modalità selezionata.

Mappa mask
Il RasMol carta geografica mask comando specifica una maschera da usare per limitare lo spazio di visualizzazione
da utilizzare per creare rappresentazioni di altre mappe o rimuovere una maschera precedente
specificazione.

L'opzione 'selezionata' indica che la maschera deve essere creata dall'attuale
atomi selezionati. Il ' ' l'opzione indica che la maschera deve essere copiata da
la mappa del numero specificato. L'opzione 'nessuno' rimuove il precedente
maschera specificata, se presente.

Il selettore della mappa specifica la mappa o le mappe a cui verrà applicata la maschera specificata
applicato. Ad esempio, 'mappa la maschera successiva selezionata' specifica che l'attuale
gli atomi selezionati devono essere utilizzati per generare una maschera da applicare alle eventuali mappe create
dai successivi comandi 'map load' o 'map generate'.

Qualsiasi mappa può essere utilizzata come maschera. Le parti della mappa della maschera maggiori di o
uguale al valore medio della mappa della maschera consente di mascherare i valori della mappa
da usare come dato. Le porzioni della mappa della maschera inferiori al valore medio di
la mappa della maschera fa sì che i valori della mappa che viene mascherata vengano trattati come se lo fossero
uguale al valore di dati più basso della mappa che viene mascherata.

Mappa risoluzione
Il RasMol carta geografica risoluzione comando specifica la risoluzione in unità RasMol o, se a
viene fornito un numero contenente un punto decimale, la risoluzione in Angstrom da utilizzare
nella generazione e nella rappresentazione di mappe.

La risoluzione viene utilizzata alla spaziatura della mappa per le rappresentazioni delle mappe, indicando
la separazione tra i livelli di contorno (vedi carta geografica spaziatura comando) e per inferire
la diffusione della mappa da utilizzare nelle mappe generate dagli atomi selezionati (vedi il carta geografica diffondere
comando). L'ampiezza della mappa è impostata su due terzi della risoluzione specificata.

Mappa limitare
Il RasMol carta geografica limitare comando seleziona mappe particolari per renderle attive per
successivi comandi della mappa. Questo è simile al carta geografica select comando, ma non
disabilita la visualizzazione delle mappe non selezionate.

Mappa salvare
Il RasMol carta geografica salvare comando salva un file mappa imgCIF.

Se non è stata fornita alcuna mappa specifica dal selettore di mappe, le mappe attualmente selezionate e
le loro maschere vengono scritte nel file, una mappa e una coppia di maschere per blocco di dati.

Mappa scala
Il RasMol carta geografica scala Il comando seleziona la scalatura delle pseudo-gaussiane nel carta geografica
generare comandi. Nell'impostazione predefinita della scala della mappa vera, ogni gaussiana ha un'altezza
tipo di elemento proporzionale dell'atomo. Se è stata eseguita la scala della mappa false, ogni
La gaussiana è scalata in modo che il livello di contorno gaussiano 1 sia al van der Waals
raggio. In entrambi i casi una deviazione standard determinata dal più recente
viene utilizzato lo spread o la risoluzione specificati.

Mappa select
Il RasMol carta geografica select comando seleziona mappe particolari per renderle attive per
successivi comandi della mappa. Questo è simile al carta geografica limitare comanda, ma non lo fa
disabilitare la visualizzazione delle mappe non selezionate.

Se l'opzionale atomo dato il parametro, il comando seleziona gli atomi con centri
più vicino ai punti della mappa. Il raggio della ricerca può essere specificato dal
parametro raggio_di ricerca. L'impostazione predefinita è cercare gli atomi entro 4 Angstrom più
il raggio della sonda Se l'opzionale entro parametro è dato, la nuova selezione è
prelevato dall'interno degli atomi attualmente selezionati. Se le opzioni aggiungere il parametro è
dato, la nuova selezione viene aggiunta agli atomi attualmente selezionati. L'impostazione predefinita è
per cercare all'interno di tutti gli atomi.

Mappa mostrare attraverso le sue creazioni
Il RasMol carta geografica mostrare attraverso le sue creazioni comando provoca informazioni sulle mappe specificate dalla mappa
selettore da scrivere nella finestra di comando.

Mappa spaziatura
Il RasMol carta geografica spaziatura il comando specifica la spaziatura da utilizzare tra il contorno
linee nella creazione di rappresentazioni di mappe. La distanza è tipicamente
dato in Angstrom con un punto decimale, ma può anche essere specificato in unità RasMol
(250esimi di un Angstom) come numero intero. Per le mappe caricate nelle coordinate della griglia che
la spaziatura è parallela ai bordi della cella. La spaziatura predefinita è metà Angstrom.

Mappa diffondere
Il RasMol carta geografica diffondere comando specifica il reciproco del numero di standard
deviazioni per raggio da utilizzare nella generazione di mappe come somme di Gaussiane centrate
sulle posizioni atomiche. Lo spread predefinitoèuno due terzi (cioè ogni raggio copre
1.5 deviazioni standard).

Se lo spread è stato impostato a zero, lo spread per ogni atomo è determinato dal
raggio di van der Waals e il raggio dell'atomo sonda per simulare l'effetto di un Lee-
superficie di Richard.

Mappa zap
Il RasMol carta geografica zap comando rimuove i dati e le rappresentazioni delle mappe
specificato dal selettore della mappa. I numeri delle mappe che non sono state rimosse
non sono cambiati.

molecola
Il RasMol molecola comando seleziona una delle 5 molecole precedentemente caricate per
manipolazione attiva. Mentre tutte le molecole sono visualizzate e possono essere ruotate
collettivamente (vedi ruotare contro tutti i comando), solo una molecola alla volta è
attivo per la manipolazione da parte dei comandi che controllano i dettagli del rendering.

Monitorare
Il RasMol monitore comando permette la visualizzazione dei monitor di distanza. Una distanza
monitor è una linea tratteggiata (punteggiata) tra una coppia arbitraria di atomi, facoltativamente
contrassegnati dalla distanza tra loro. Il comando RasMol monitore
aggiunge un tale monitor di distanza tra i due atomi specificati dall'atomo
numeri di serie dati come parametri

I monitor di distanza si spengono con il comando monitor off. Per impostazione predefinita,
i monitor visualizzano la distanza tra i suoi due punti finali come un'etichetta al centro
del monitor. Queste etichette di distanza possono essere disattivate con il comando set
monitor spento, e riabilitato con il comando set monitor on. Come la maggior parte degli altri
rappresentazioni, il colore di un monitor è preso dal colore dei suoi punti finali
a meno che non sia specificato dal colore monitor comando.

I monitor di distanza possono anche essere aggiunti a una molecola in modo interattivo con il mouse,
usando il set raccolta monitore comando. Cliccando su un atomo si ottiene il suo essere
identificato sulla riga di comando rasmol. Inoltre ogni atomo prelevato incrementa a
contatore modulo tale che, in modalità monitor, ogni secondo atomo visualizza la distanza
tra questo atomo e il precedente. Il tasto Maiusc può essere usato per formare la distanza
monitora tra un atomo fisso e diverse posizioni consecutive. Un monitor a distanza
può anche essere rimosso (attivato) selezionando la coppia appropriata di punti finali dell'atomo
una seconda volta.

Non attivare/disattivare
Il RasMol NoAttiva/disattiva comando abilita o disabilita l'uso della capacità di attivazione/disattivazione che
è usato da alcuni degli altri comandi RasMol. Quando non viene specificato alcun valore booleano,
La modalità NoToggle è ABILITATA. Quando la modalità NoToggle è ABILITATA, tutte le funzionalità di commutazione
è disabilitato. Per disattivarlo, è necessario impostare esplicitamente notggle off.

Alcuni comandi che utilizzano la funzione di attivazione/disattivazione sono: Modalità colore. Più funzioni che
utilizzare questa capacità può essere aggiunta in un secondo momento.

Pausa Il RasMol pausa comando viene utilizzato nei file di script per interrompere il file di script per local
manipolazione con un mouse, finché non viene premuto un tasto qualsiasi per riavviare il file di script. Aspetta!
è sinonimo di pausa. Questo comando può essere eseguito nei file di script RasMol per
sospendere l'esecuzione sequenziale dei comandi e consentire all'utente di esaminare il
immagine corrente. Quando RasMol esegue a pausa comando in un file di script, si sospende
l'esecuzione del resto del file, aggiorna l'immagine sullo schermo e consente il
manipolazione dell'immagine utilizzando il mouse e le barre di scorrimento o il ridimensionamento del
finestra grafica. Una volta premuto un tasto, il controllo torna al file di script al
linea che segue il pausa comando. Mentre uno script è sospeso, la molecola può essere
ruotato, traslato, ridimensionato, lastricato e selezionato come al solito, ma tutti i comandi del menu sono
Disabilitato.

Giocare Il RasMol PLAY comando specifica il supporto di registrazione da cui riprodurre a
film. L'ora di inizio del fotogramma di riproduzione viene fornita in secondi con precisione al millisecondo.
Poiché stiamo lavorando su computer, il supporto è specificato come un insieme di file, ciascuno
contrassegnato con l'ora di inizio del fotogramma di riproduzione in millisecondi come parte del nome. Il
posto nel nome in cui cercare l'ora di inizio del fotogramma di riproduzione in
millisecondi è contrassegnato dai caratteri "ssssss" con un numero appropriato di
cifre. RasMol accetta lettere maiuscole o minuscole o cifre decimali da contrassegnare
il posto per il tempo. I comandi play off e play eject rimuovono efficacemente
il supporto specificato dall'uso. Se non viene specificato alcun supporto, playoff sospende la riproduzione
e giocare riprende a giocare. Normalmente il gioco inizia immediatamente e va fino alla fine
del mezzo. Tuttavia, se play off e/o una combinazione di play off e
gioca fino a quando non viene inserito prima PLAY Digitare medio, verranno utilizzate queste impostazioni.

A partire dalla versione 2.7.5, RasMol supporta la riproduzione da script e file di dati.

Stampa Il RasMol stampare il comando invia l'immagine attualmente visualizzata all'impostazione predefinita locale
stampante utilizzando il driver di stampa nativo del sistema operativo. Nota: questo comando è
non ancora supportato in UNIX o VMS. È destinato a sfruttare Microsoft
Driver di stampa per Windows e Apple Macintosh. Ad esempio, questo consente alle immagini di essere
stampati direttamente su una stampante a matrice di punti.

Quando si utilizza RasMol su un sistema UNIX o VMS, questa funzionalità può essere ottenuta da
o generando un file PostScript usando RasMol scrivere ps or scrivere vectps
comandi e stamparlo o generare un file di immagine raster e utilizzare un'utilità per
scaricalo sulla stampante locale.

smettere Uscire dal programma RasMol. I comandi RasMol exit e smettere sono sinonimi,
tranne che all'interno di script nidificati. In quel caso, exit termina solo la corrente
livello, mentre smettere termina tutti i livelli annidati di script.

Record Il RasMol record comando specifica il supporto di registrazione per contenere il filmato. Da quando
stiamo lavorando su computer, il supporto è specificato come modello per un insieme di
file, ciascuno contrassegnato con l'ora di inizio del fotogramma di riproduzione in millisecondi (anziché
come secondi per evitare di incorporare un punto decimale) come parte del nome. Il posto in
il nome da sostituire con l'ora di inizio del fotogramma di riproduzione in millisecondi è
contrassegnato dai caratteri "ssssss" con un numero appropriato di cifre. RasMol
accetta lettere maiuscole o minuscole o cifre decimali per contrassegnare il posto per il
tempo. I comandi di disattivazione della registrazione rimuovono dall'uso il supporto specificato. Se nessun mezzo
è specificato, la registrazione disattiva sospende la registrazione e la registrazione attiva riprende la registrazione con
la prima volta disponibile sullo stesso supporto. Lo schermo è il supporto predefinito e
è, per impostazione predefinita, attivo. La scrittura su disco deve essere specificata esplicitamente in modo che il disco
non si riempie involontariamente. Il tipo di supporto di registrazione può essere un
tipo di immagine come gif, pict o png per registrare le immagini dello schermo effettive o lo script per
registrare i comandi RasMol utilizzati per generare i frame.

Normalmente la registrazione inizia all'ora di inizio del fotogramma di riproduzione 0 secondi. Un diverso da zero
l'ora di inizio in secondi può essere specificata con il record da comando come in record
da 25 or record da 37.25 per aiutare nell'organizzazione delle scene dei film da montare
successivamente in un ordine appropriato. Il record fino a quando il comando consente un limite superiore a
essere impostato sul tempo di registrazione in secondi. L'impostazione predefinita è non avere limiti. l'emissione del
comandi

record da 600

record fino a quando 1800

comporterebbe un segmento di film di 20 minuti destinato a iniziare 10 minuti in a
film più lungo. Questi comandi consentono il controllo sulla riscrittura di segmenti temporali selezionati.

ricaricare
Il RasMol rinfrescare comando ridisegna l'immagine corrente. Questo è utile negli script per
garantire l'applicazione di un complesso elenco di modifiche dei parametri.

rinumerare
Il RasMol rinumerare comando numera sequenzialmente i residui in una macromolecolare
catena. Il parametro opzionale specifica il valore del primo residuo nel
sequenza. Per impostazione predefinita, questo valore è uno. Per le proteine, ogni amminoacido è numerato
consecutivamente dal capolinea N al capolinea C. Per gli acidi nucleici, ogni base
è numerato dal capolinea 5' al capolinea 3'. Tutte le catene nella corrente
database vengono rinumerati e le lacune nella sequenza originale vengono ignorate. L'inizio
il valore per la numerazione può essere negativo.

Rimuovi Il RasMol azzerare comando ripristina la trasformazione di visualizzazione originale e il centro di
rotazione. La bilancia è impostata sul valore predefinito, zoom 100 il centro di rotazione
è impostato sul centro geometrico della molecola attualmente caricata, centro Tutti, questo
centro viene traslato al centro dello schermo e il punto di vista impostato su
orientamento predefinito.

Questo comando non deve essere confuso con il RasMol zap comando che cancella il
molecola attualmente memorizzata, riportando il programma al suo stato iniziale.

limitare
Il RasMol limitare comando sia definisce la regione attualmente selezionata del
molecola e disabilita la rappresentazione di (la maggior parte di) quelle parti della molecola
non più selezionato. Tutti i successivi comandi RasMol che modificano il colore di una molecola
o la rappresentazione influiscono solo sulla regione attualmente selezionata. Il parametro di a
limitare comando è un'espressione di atomo RasMol che viene valutata per ogni atomo di
la molecola attuale Questo comando è molto simile al RasMol select comando,
con l’esclusione di limitare disabilita il wireframe, riempire lo spazio e spina dorsale rappresentazioni in
la regione non selezionata.

Digita "help expression" per ulteriori informazioni sulle espressioni dell'atomo RasMol o vedi
pagina Atom Espressioni.

Nastri
Il RasMol nastri il comando visualizza la proteina o l'acido nucleico attualmente caricati come
una superficie liscia e solida a "nastro" che passa lungo la spina dorsale della proteina. Il
viene disegnato un nastro tra ciascun amminoacido il cui carbonio alfa è attualmente selezionato.
Il colore del nastro viene cambiato dal RasMol colore nastro comando. Se la
il colore corrente del nastro è nessuna (l'impostazione predefinita), il colore è preso dall'alpha
carbonio in ogni posizione lungo la sua lunghezza.

La larghezza del nastro in ogni posizione è determinata dal parametro opzionale in
le solite unità RasMol. Per impostazione predefinita, la larghezza del nastro è presa da
struttura secondaria della proteina o un valore costante di 720 (2.88 Angstroms) per
acidi nucleici. La larghezza predefinita delle alfa eliche proteiche e dei fogli beta è 380
(1.52 Angstrom) e 100 (0.4 Angstrom) per spire e bobina casuale. Il secondario
l'assegnazione della struttura è dal file PDB o calcolata utilizzando il DSSP
algoritmo utilizzato da La struttura comando. Questo comando è simile al RasMol
command filoni che rende il nastro biomolecolare come un segnale di profondità parallelo
curve.

Ruota Ruota la molecola attorno all'asse specificato. Valori ammessi per l'asse
parametri sono "x", "y", "z" e "bond". Il parametro intero indica l'angolo in
gradi per la rotazione della struttura. Per gli assi X e Y, i valori positivi si spostano
il punto più vicino in alto e a destra e i valori negativi lo spostano in basso e a sinistra,
rispettivamente. Per l'asse Z, una rotazione positiva agisce in senso orario e una negativa
angolo in senso antiorario.

In alternativa, questo comando può essere usato per specificare quali rotazioni il mouse o
i quadranti controlleranno. Se ruotare legame vero è selezionato, la barra di scorrimento orizzontale
controllerà la rotazione attorno all'asse selezionato dal legame src dst scegliere comando.
If ruotare contro tutti i vero è selezionato e sono state caricate più molecole, quindi tutte
le molecole ruoteranno insieme. In tutti gli altri casi, il mouse e le manopole controllano il
la rotazione della molecola selezionata dal molecola n comando.

Russo
Il RasMol Russo Il comando imposta i menu e i messaggi sulle versioni russe.

Questo comando potrebbe non funzionare correttamente a meno che non siano stati installati i caratteri appropriati.
I comandi Bulgaro, Cinese, Inglese, Francese, Italiano, Russo e Corsi può
essere utilizzato per selezionare bulgaro, cinese, inglese, francese, italiano, giapponese, russo
e menu e messaggi in spagnolo se sono stati installati i caratteri appropriati.

Salva Salva il set di atomi attualmente selezionato in un Protein Data Bank (PDB), MDL,
File in formato Alchemy(tm) o XYZ. La distinzione tra questo comando e il
Ras Mol scrivere comando è stato abbandonato. L'unica differenza è che senza un formato
specificatore il salvare comando genera a PDB file e il file scrivere comando genera a
GIF immagine.

Copione Il RasMol copione comando legge un insieme di comandi RasMol in sequenza da un testo
file e li esegue. Ciò consente alle sequenze di comandi comunemente usati di essere
memorizzato ed eseguito da un singolo comando. Un file di script RasMol può contenere un'ulteriore
comando di script fino a una "profondità" massima di 10, consentendo sequenze complicate di
azioni da eseguire. RasMol ignora tutti i caratteri dopo il primo carattere '#'
su ogni riga consentendo di annotare gli script. Anche i file di script sono spesso
annotato usando il RasMol eco comando.

Il modo più comune per generare un file di script RasMol è usare il scrivere copione or
scrivere rasmola comandi per emettere la sequenza di comandi necessari per
rigenerare la vista corrente, la rappresentazione e la colorazione dell'attuale
molecola visualizzata.

Il comando RasMol source è sinonimo di copione comando.

Seleziona Definire la regione attualmente selezionata della molecola. Tutti i successivi RasMol
comandi che manipolano una molecola o ne modificano solo il colore o la rappresentazione
influenzare la regione attualmente selezionata. Il parametro di a select il comando è un RasMol
espressione che viene valutata per ogni atomo della molecola corrente. Il attualmente
regione selezionata (attiva) della molecola sono quegli atomi che causano l'espressione
valutare vero. Per selezionare l'intera molecola utilizzare il comando RasMol select tutti.
Il comportamento del select comando senza parametri è determinato dal
Ras Mol etero e Idrogenazione parametri.

Digita "help expression" per ulteriori informazioni sulle espressioni dell'atomo RasMol o vedi
pagina Atom Espressioni.

Impostato Il RasMol set comando consente all'utente di modificare vari parametri interni del programma
come quelli che controllano le opzioni di rendering. Ogni parametro ha il proprio set o
opzioni dei parametri consentiti. In genere, omettendo l'opzione parametro si ripristina che
parametro al suo valore predefinito. Di seguito viene fornito un elenco di nomi di parametri validi.

Mostra Il RasMol mostrare attraverso le sue creazioni comando visualizza i dettagli dello stato del correntemente caricato
molecola. Il comando mostrare attraverso le sue creazioni generali elenca il nome della molecola, la classificazione,
Codice PDB e il numero di atomi, catene, gruppi che contiene. Se il legame idrogeno,
sono stati determinati ponti disolfuro o struttura secondaria, il numero di
Vengono visualizzati rispettivamente hbond, ssbond, eliche, ladder e turni. Il
command mostrare attraverso le sue creazioni centro mostra tutti i valori di centratura diversi da zero selezionati dal centro
[CenX, CeY, CenZ] comando. Il comando mostrare attraverso le sue creazioni phipsi mostra gli angoli phi e psi di
i residui attualmente selezionati e gli angoli omega dei legami peptidici cis. Il
command mostrare attraverso le sue creazioni RamPrint (o 'mostra RPP' o 'mostra RamachandranPrinterPlot') mostra a
semplice trama della stampante Ramachandran nello stile del fisipl . di Frances Bernstein
programma. Il comando mostrare attraverso le sue creazioni rotazione (o 'mostra rot' o 'mostra 'ruota') mostra il
i valori attualmente selezionati di z, y, x e le rotazioni dei legami, se presenti. Il comando mostrare attraverso le sue creazioni
selezionato (o 'mostra gruppo selezionato' o 'mostra catena selezionata' o 'mostra selezionato
atom' ) mostra i gruppi (predefinito), le catene o gli atomi della selezione corrente. Il
command mostrare attraverso le sue creazioni sequenza elenca i residui che compongono ciascuna catena della molecola.
Il comando mostrare attraverso le sue creazioni simmetria mostra il gruppo spaziale e la cella unitaria della molecola. Il
command mostrare attraverso le sue creazioni traduzione mostra tutti i valori di traduzione diversi da zero selezionati dal
tradurre comando. Il comando mostrare attraverso le sue creazioni zoom mostra qualsiasi zoom diverso da zero
valore selezionato dal zoom comando.

Lastra Il RasMol lastra comando abilita, disabilita o posiziona il piano di ritaglio z del
molecola. Il programma disegna solo quelle porzioni della molecola che sono più avanti
dallo spettatore rispetto al piano di lastre. I valori interi vanno da zero al
molto indietro della molecola a 100 che è completamente davanti alla molecola.
I valori intermedi determinano la percentuale della molecola da disegnare.

Questo comando interagisce con il profondità comando, che si aggancia alla parte posteriore di a
dato piano z-clipping.

Riempire lo spazio
Il RasMol riempire lo spazio il comando è usato per rappresentare tutti gli attualmente selezionati
atomi come sfere solide. Questo comando viene utilizzato per produrre sia unione di sfere che
modelli sferici di una molecola. Il comando, riempire lo spazio vero, il predefinito,
rappresenta ogni atomo come una sfera di raggio di van der Waals. Il comando riempire lo spazio
MENO disattiva la rappresentazione dell'atomo selezionato come sfere. Un raggio di sfera
può essere specificato come un numero intero in unità RasMol (1/250th Angstrom) o un valore
contenente un punto decimale. Un valore di 500 (2.0 Angstroms) o maggiore risulta in a
Errore "Valore del parametro troppo grande".

. temperatura l'opzione imposta il raggio di ogni sfera al valore memorizzato nella sua
campo di temperatura. I valori zero o negativi non hanno effetto e i valori maggiori di
2.0 vengono troncati a 2.0. Il Utente l'opzione permette che il raggio di ciascuna sfera sia
specificato da righe aggiuntive nel file PDB della molecola utilizzando COLOR di Raster 3D
estensione del record.

Il comando RasMol CPK è sinonimo di riempire lo spazio comando.

Il comando RasMol cp sapeva è sinonimo di riempire lo spazio comando, tranne che a
viene utilizzato un set di colori leggermente diverso.

Corsi
Il RasMol Corsi Il comando imposta i menu e i messaggi sulle versioni spagnole.

Questo comando potrebbe non funzionare correttamente a meno che non siano stati installati i caratteri appropriati.
I comandi Bulgaro, Cinese, Inglese, Francese, Italiano, Russo e Corsi può
essere utilizzato per selezionare bulgaro, cinese, inglese, francese, italiano, giapponese, russo
e menu e messaggi in spagnolo se sono stati installati i caratteri appropriati.

SSBond
Il RasMol ssbond comando viene utilizzato per rappresentare i ponti disolfuro del
molecola proteica come linee tratteggiate o cilindri tra il connesso
cisteine. La prima volta che il ssbond viene utilizzato il comando, il programma cerca
la struttura della proteina per trovare coppie di semicisteine ​​(cisteine ​​i cui solfuri
si trovano entro 3 Angstrom l'uno dall'altro) e riporta il numero di ponti al
utente. Il comando ssbond on visualizza le "obbligazioni" selezionate come linee tratteggiate, e il
command ssbond MENO disabilita la visualizzazione degli ssbond nell'area attualmente selezionata.
La selezione dei ponti disolfuro è identica ai normali legami e può essere modificata
usando il RasMol set modalità di legame comando. Il colore dei legami disolfuro può essere
cambiato usando il colore ssbond comando. Per impostazione predefinita, ogni legame disolfuro ha il
colori dei suoi atomi collegati.

Per impostazione predefinita, vengono tracciati legami disolfuro tra gli atomi di zolfo all'interno della cisteina
gruppi. Usando il set ssbond comandare la posizione dell'alfa della cisteina
al suo posto possono essere usati i carboni.

Stella Il RasMol stella il comando viene utilizzato per rappresentare tutti gli atomi attualmente selezionati come
stelle (sei tratti, uno ciascuno nelle direzioni x, -x, y, -y, z e -z). Il
comandi select non è un vincolato seguito da stella 75 sono utili per marcare gli atomi non legati in
a wireframe display con un sovraccarico inferiore a quello fornito da riempire lo spazio 75 Questo può essere
fatto automaticamente per tutte le successive visualizzazioni wireframe con il comando set
modalità di legame non è un legato.

Il comando stella vero, l'impostazione predefinita, rappresenta ogni atomo come una stella con tratti
lunghezza pari al raggio di van der Waals. Il comando stella MENO spegne il
rappresentazione dell'atomo selezionato come stelle. È possibile specificare una lunghezza della corsa della stella
come un numero intero in unità RasMol (1/250th Angstrom) o un valore contenente un decimale
punto. Un valore di 500 (2.0 Angstroms) o maggiore risulta in un "Valore del parametro anche"
errore "grande".

. temperatura l'opzione imposta la lunghezza del tratto di ogni stella sul valore memorizzato in
il suo campo di temperatura. I valori zero o negativi non hanno effetto e i valori maggiori
di 2.0 vengono troncati a 2.0. Il Utente l'opzione consente la lunghezza della corsa di ciascuno
stella da specificare da righe aggiuntive nel file PDB della molecola utilizzando Raster
L'estensione del record COLOR di 3D.

Il RasMol riempire lo spazio il comando può essere utilizzato per una resa più artistica degli atomi come
sfere.

Stereo Il RasMol stereo Il comando fornisce la visualizzazione stereo affiancata delle immagini. Stereo
la visualizzazione di una molecola può essere attivata (e disattivata) selezionando Stereo da
, il Opzioni menu, o digitando i comandi stereo on or stereo off.

A partire dalla versione RasMol 2.7.2.1, il Stereo selezione del menu e il comando
stereo senza argomenti ciclo dallo stato iniziale di stereo MENO a stereo on in
modalità strabico per stereo on in modalità wall-eyed e poi di nuovo a stereo off.

L'angolo di separazione tra le due viste può essere regolato con il set stereo [-]
comando, dove i valori positivi risultano in una visione con occhi incrociati e negativi
valori nella visione rilassata (con gli occhi chiusi). L'inclusione di [-] nella stereo
comando, come ad esempio in stereo 3 or stereo -5, controlla anche l'angolo e
direzione.

Il comando stereo è implementato solo parzialmente. Quando lo stereo è acceso, il
l'immagine non è correttamente ricentrata. (Questo può essere fatto con a tradurre x -
comando.) Non è supportato nei file di output PostScript vettoriali, non viene salvato da
, il scrivere copione comando, e in generale non è ancora adeguatamente interfacciato con
molte altre caratteristiche del programma.

Strands
Il RasMol filoni il comando visualizza la proteina o l'acido nucleico attualmente caricati come
un "nastro" liscio di curve guidate dalla profondità che passa lungo la spina dorsale della proteina.
Il nastro è composto da un numero di fili che corrono paralleli l'uno all'altro
lungo il piano peptidico di ciascun residuo. Il nastro è disegnato tra ogni amino
acido il cui carbonio alfa è attualmente selezionato. Il colore del nastro è cambiato
dal RasMol colore nastro comando. Se il colore del nastro corrente è nessuna (la
default), il colore è preso dal carbonio alfa in ogni posizione lungo il suo
lunghezza. I fili centrale ed esterno possono essere colorati indipendentemente usando il
colore nastro 1 e colore nastro 2 comandi, rispettivamente. Il numero di fili in
il nastro può essere modificato utilizzando il RasMol set filoni comando.

La larghezza del nastro in ogni posizione è determinata dal parametro opzionale in
le solite unità RasMol. Per impostazione predefinita, la larghezza del nastro è presa da
struttura secondaria della proteina o un valore costante di 720 per gli acidi nucleici
(che produce un nastro largo 2.88 Angstrom). La larghezza predefinita della proteina alfa
eliche e fogli beta è 380 (1.52 Angstrom) e 100 (0.4 Angstrom) per i turni
e bobina casuale. L'assegnazione della struttura secondaria è dal file PDB o
calcolato utilizzando l'algoritmo DSSP utilizzato dal La struttura comando. Questo comando
è simile al comando RasMol nastri che rende il nastro biomolecolare come a
superficie liscia ombreggiata.

Structure
Il RasMol La struttura il comando calcola le assegnazioni della struttura secondaria per il
proteine ​​attualmente caricate. Se il file PDB originale conteneva un'assegnazione strutturale
record (HELIX, SHEET e TURN) questi vengono scartati. Inizialmente, i legami idrogeno
della molecola attuale, se ciò non è già stato fatto. Il secondario
la struttura viene quindi determinata utilizzando l'algoritmo DSSP di Kabsch e Sander. Una volta
terminato il programma riporta il numero di eliche, trefoli e spire trovate.

superficie
Il RasMol superficie comando rende una superficie molecolare di Lee-Richards risultante da
rotolare un atomo sonda sugli atomi selezionati. Il valore dato specifica il raggio
della sonda. Se data nella prima forma, l'evoluta della superficie della sonda
è mostrato (la superficie esclusa solvente). Se data nella seconda forma, la busta
delle posizioni del centro della sonda è mostrato (il solvente accessibile
superficie).

Traccia Il RasMol tracciare il comando visualizza una spline liscia tra alfa carbonio consecutivi
posizioni. Questa spline non passa esattamente attraverso la posizione del carbonio alfa di
ogni residuo, ma segue lo stesso percorso di nastri, filoni e cartoni animati. Note:
che i residui possono essere visualizzati come nastri, fili, cartoni animati o come tracciare.
L'abilitazione di una di queste rappresentazioni disabilita le altre. Tuttavia, un residuo può
essere visualizzato contemporaneamente come dorsale e come una delle rappresentazioni di cui sopra.
Questo potrebbe cambiare nelle versioni future di RasMol. Prima della versione 2.6, tracciare Prima
sinonimo di spina dorsale.

Traccia temperatura mostra la spina dorsale come un cilindro più largo ad alta temperatura
fattori e più sottile al più basso. Questa rappresentazione è utile ai raggi X
cristallografi e spettroscopisti NMR.

Traduci
Il RasMol tradurre comando sposta la posizione del centro della molecola su
lo schermo. Il parametro dell'asse specifica lungo quale asse deve essere la molecola
spostato e il parametro intero specifica la posizione assoluta della molecola
centro dal centro dello schermo. I valori consentiti per il parametro dell'asse sono
"x", "y" e "z". I valori di spostamento devono essere compresi tra -100 e 100 che
corrispondono allo spostamento della molecola corrente appena fuori dallo schermo. Una "x" positiva
spostamento sposta la molecola a destra e uno spostamento positivo "y" si sposta
la molecola lungo lo schermo. La coppia di comandi tradurre x 0 e tradurre y 0
centra la molecola sullo schermo.

Unbond Il comando RasMol sciogliere rimuove il legame designato dal
disegno.

Il comando sciogliere senza argomenti rimuove un legame precedentemente raccolto dal legame
scegliere comando.

Wireframe
Il RasMol wireframe comando rappresenta ogni legame all'interno della regione selezionata del
molecola come un cilindro, una linea o un vettore guidato dalla profondità. La visualizzazione delle obbligazioni come
vettori basati sulla profondità (disegnati più scuri quanto più ci si allontana dallo spettatore) è attivata da
il comando wireframe or wireframe on. Le obbligazioni selezionate vengono visualizzate come
cilindri specificando un raggio come numero intero in unità RasMol o contenente
un punto decimale come valore in Angstroms. Un valore del parametro di 500 (2.0 Angstrom)
o superiore genera un errore "Valore del parametro troppo grande". Le obbligazioni possono essere colorate
usando il colore obbligazioni comando.

Se i legami selezionati coinvolgono atomi di conformeri alternativi, i legami sono
ristretto al centro a un raggio di 8 del raggio specificato (o al raggio
specificato come secondo parametro opzionale).

Atomi non legati, che potrebbero diventare invisibili in un normale wireframe display può
essere contrassegnato da un precedente set modalità di legame non è un vincolato comando. Se quasi co-lineare
i legami con gli atomi li rendono difficili da vedere in un display wireframe, il set
modalità di legame contro tutti i il comando aggiungerà marcatori per contro tutti i atomi in successivi wireframe command
esecuzioni.

Scrivi Scrivi l'immagine corrente in un file in un formato standard. Immagine attualmente supportata
i formati di file includono bmp (Microsoft bitmap) e gif (GIF Compuserve), iris (IRIS
RGB), ppm (Pixmap portatile), ras (file raster del sole), ps e epsf (Incapsulato
PostScript), monopi (PostScript incapsulato monocromatico), pict (Apple FOTO), vectps
(Poscritto vettoriale). Il scrivere il comando può anche essere usato per generare il comando
script per altri programmi di grafica. Il formato copione scrive un file contenente
il RasMol copione comandi per riprodurre l'immagine corrente. Il formato molscritto
scrive i comandi necessari per rendere la vista corrente della molecola come
nastri nel programma Molscript di Per Kraulis e nel formato immagine cinetica i comandi per
Il programma Mage di David Richardson. I seguenti formati sono utili per ulteriori informazioni
lavorazione: povray (POVRaggio 2), povray3 (POVRay 3 -- in fase di sviluppo), vrml (VRML
file). Infine, vengono forniti diversi formati per fornire dati phi-psi per l'elenco
o per phipsi (dati phi-psi come elenco annotato con cis omega), ramachan e RDF
e File di dati Ramachandran (dati phi-psi come colonne di numeri per gnuplot), RPP e
RamachandranStampantePlot (dati phi-psi come grafico della stampante).

La distinzione tra questo comando e il RasMol salvare comando è stato abbandonato.
L'unica differenza è che senza un identificatore di formato il salvare comando genera a
PDB file e il file scrivere comando genera a GIF immagine.

Zap Elimina il contenuto del database corrente e reimposta le variabili dei parametri su
il loro stato di default iniziale.

Zoom Modificare l'ingrandimento dell'immagine attualmente visualizzata. Parametri booleani
o ingrandire o reimpostare la scala della molecola corrente. Un parametro intero
specifica l'ingrandimento desiderato come percentuale della scala predefinita. Il
il valore minimo del parametro è 10; il valore massimo del parametro dipende dal
dimensione della molecola visualizzata. Per le proteine ​​di medie dimensioni questo è circa 500.

SET PARAMETRI

RasMol ha una serie di parametri interni che possono essere modificati usando il set comando.
Questi parametri controllano una serie di opzioni del programma come le opzioni di rendering e il mouse
mappature dei pulsanti.

picking play.fps raggio record.aps

Impostato Ambientale
Il RasMol ambientale parametro viene utilizzato per controllare la quantità di ambiente (o
circostante) luce nella scena. Il ambientale il valore deve essere compreso tra 0 e 100. It
controlla l'intensità percentuale dell'ombra più scura di un oggetto. Per un solido
oggetto, questa è l'intensità delle superfici rivolte lontano dalla sorgente luminosa o in
ombra. Per gli oggetti con indicazione della profondità questa è l'intensità degli oggetti più lontani dal
spettatore.

Questo parametro è comunemente usato per correggere i monitor con diversi "gamma
valori" (luminosità), per modificare il modo in cui appare chiara o scura un'immagine cartacea quando
stampato o per alterare la sensazione di profondità per rappresentazioni wireframe o nastro.

Impostato Assi
Il RasMol assi parametro controlla la visualizzazione degli assi coordinati ortogonali sul
visualizzazione corrente. Gli assi delle coordinate sono quelli utilizzati nel file di dati della molecola e
l'origine è il centro del riquadro di delimitazione della molecola. Il set assi il comando è
simile ai comandi set rilegato e set cella unitaria che mostrano il riquadro di delimitazione
e la cella unitaria cristallografica, rispettivamente.

Impostato Dissolvenza
Il RasMol dissolvenza all'indietro il parametro viene utilizzato per controllare il backfade al valore specificato
colore di sfondo, anziché nero. Questo è controllato dai comandi set
dissolvenza all'indietro on e set dissolvenza all'indietro off. Ad esempio, questo può essere utilizzato per generare profondità-
immagini segnalate che sfumano al bianco, piuttosto che al nero.

Impostato sfondo
Il RasMol sfondo parametro viene utilizzato per impostare il colore della "tela"
sfondo. Il colore può essere dato come nome di colore o separato da virgole
tripla di componenti Rosso, Verde, Blu (RGB) racchiusi tra parentesi quadre. digitando il
command Aiuto colori darà un elenco dei nomi di colori predefiniti riconosciuti da
RasMol. Durante l'esecuzione in X Windows, RasMol riconosce anche i colori in X
database dei nomi dei colori del server.

Il comando set sfondo è sinonimo del comando RasMol sfondo.

Impostato Modalità Legame
Il RasMol set modalità di legame comando controlla il meccanismo utilizzato per selezionare l'individuo
lega e modifica la visualizzazione degli atomi legati e non legati mediante successivi
wireframe comandi.

Quando si utilizza la select e limitare comandi, un determinato legame sarà selezionato se i)
il bondmode è or e viene selezionato uno degli atomi collegati, oppure ii) il
bondmode è e e vengono selezionati entrambi gli atomi collegati dal legame. quindi an
il legame individuale può essere identificato in modo univoco utilizzando il comando set modalità di legame e
e quindi selezionando in modo univoco gli atomi ad entrambe le estremità.

. modalità di legame [Tutti | nessuna | non è un legato] comandi aggiungi stella 75 or riempire lo spazio 75 marcatori
per gli atomi designati a wireframe visualizza. Le stelle vengono utilizzate quando specificato
il raggio del wireframe è zero.

Impostato Legami
Il RasMol obbligazioni parametro viene utilizzato per controllare la visualizzazione di doppi e tripli legami come
più linee o cilindri. Attualmente gli ordini obbligazionari vengono letti solo da MDL Mol
file, file in formato Sybyl Mol2, file in formato Tripos Alchemy, CIF e mmCIF e
file PDB adatti. I doppi (e tripli) legami sono specificati in alcuni file PDB da
specificando un determinato legame due volte (e tre volte) nei record CONECT. Il comando
set obbligazioni on abilita la visualizzazione degli ordini obbligazionari e il comando set obbligazioni MENO
li disabilita.

Impostato BoundBox
Il RasMol rilegato il parametro controlla la visualizzazione della molecola corrente
riquadro di delimitazione sul display. Il riquadro di delimitazione è ortogonale al file di dati
assi coordinati originali. Il set rilegato comando è simile ai comandi set
assi e set cella unitaria che visualizzano gli assi delle coordinate ortogonali e il riquadro di delimitazione,
rispettivamente.

Impostato cartone animato
Il RasMol cartone animato parametro viene utilizzato per controllare la visualizzazione della versione cartone animato di
, il nastri Schermo. Per impostazione predefinita, i terminali C dei fogli beta sono visualizzati come
teste di freccia. Questo può essere abilitato e disabilitato usando il set cartoni animati
comando. La profondità del fumetto può essere regolata utilizzando il cartoni animati
comando. Il set cartoni animati comando senza parametri restituisce queste due opzioni
a
i loro valori predefiniti.

Impostato CisAngle
Il RasMol cisangolo parametro controlla l'angolo di cutoff per identificare il peptide cis
obbligazioni. Se non viene fornito alcun valore, il cutoff è impostato su 90 gradi.

Impostato Display
Questo comando controlla la modalità di visualizzazione all'interno di RasMol. Per impostazione predefinita, set dalla visualizzazione
normale RasMol visualizza la molecola nella rappresentazione specificata dall'utente.
Il comando set dalla visualizzazione selezionato cambia la modalità di visualizzazione in modo tale che la molecola sia
disegnato temporaneamente in modo da indicare la porzione attualmente selezionata della molecola. Il
lo schema di colori e la rappresentazione specificati dall'utente rimangono invariati. In questo
rappresentazione tutti gli atomi selezionati sono mostrati in giallo e tutti gli atomi non selezionati
sono mostrati in blu. Anche il colore dello sfondo viene modificato in un grigio scuro per
indicare il cambio di modalità di visualizzazione. Questo comando è in genere utilizzato solo da
interfacce grafiche utente esterne (GUI).

Impostato Dimensione del font
Il RasMol set dimensione del font comando viene utilizzato per controllare la dimensione dei caratteri che
formare etichette atomiche. Questo valore corrisponde all'altezza del carattere visualizzato
in pixel. Il valore massimo di dimensione del font è 48 pixel e il valore predefinito è 8
pixel di altezza. La spaziatura fissa o proporzionale può essere selezionata aggiungendo "FS"
o modificatori "PS", rispettivamente. L'impostazione predefinita è "FS". Per visualizzare le etichette degli atomi su
lo schermo usa il RasMol etichetta comando e per cambiare il colore del display
etichette, utilizzare il colore etichette comando.

Impostato FontStroke
Il RasMol set carattere comando viene utilizzato per controllare la dimensione della larghezza del tratto
dei caratteri che formano le etichette degli atomi. Questo valore è il raggio in pixel di
cilindri utilizzati per formare le corse. Il valore speciale di "0" è il valore predefinito utilizzato
per la normale larghezza del tratto a pixel singolo, che consente un disegno rapido e
rotazione dell'immagine. Vengono forniti valori diversi da zero per consentire una maggiore creatività
etichette atomiche per la pubblicazione a scapito del tempo extra nel rendering dell'immagine.

Quando si utilizzano tratti più ampi, si consiglia una dimensione del carattere più grande, ad es
Ras Mol set dimensione del font 24 PS comando, seguito da set carattere 2

Per visualizzare le etichette degli atomi sullo schermo usa il RasMol etichetta comando, e per cambiare
il colore delle etichette visualizzate utilizzare il colore etichette comando.

Impostato Obbligazioni
Il RasMol hbond parametro determina se i legami idrogeno sono tracciati tra il
atomi donatori e accettori del legame idrogeno, set hbond catena laterale o tra i file
atomi di carbonio alfa dello scheletro proteico e tra gli atomi di fosforo del
spina dorsale dell'acido nucleico, set hbond spina dorsale. La visualizzazione effettiva dei legami idrogeno
è controllata dal hbond comando. Disegnare legami idrogeno tra la proteina alfa
atomi di fosforo di atomi di carbonio o di acido nucleico è utile quando il resto della molecola
è mostrato solo in una rappresentazione schematica come spina dorsale, nastri or fili.
Questo parametro è simile al RasMol ssbond parametro.

Impostato Etero
Il RasMol etero parametro viene utilizzato per modificare il comportamento 'predefinito' del RasMol
select comando, cioè il comportamento di select senza alcun parametro. Quando questo
valore è falso, il predefinito select regione non include atomi eterogenei
(fare riferimento al set predefinito etero ). Quando questo valore è vero, il predefinito select
regione può contenere eteroatomi. Questo parametro è simile al RasMol Idrogenazione
parametro che determina se gli atomi di idrogeno devono essere inclusi nel default
set. Se entrambi etero e Idrogenazione sono vero, select senza alcun parametro è
equivalente select tutti.

Impostato Clessidra
Il RasMol clessidra parametro permette all'utente di abilitare e disabilitare l'uso del
cursore 'clessidra' utilizzato da RasMol per indicare che il programma è attualmente occupato
disegnando il fotogramma successivo. Il comando set clessidra on abilita l'indicatore, mentre
set clessidra MENO impedisce a RasMol di modificare il cursore. Questo è utile quando
girare la molecola, eseguire una sequenza di comandi da un file di script o usare
comunicazione tra processi per eseguire complesse sequenze di comandi. In questi casi
un cursore 'lampeggiante' può distrarre.

Impostato Idrogeno
Il RasMol Idrogenazione parametro viene utilizzato per modificare il comportamento "predefinito" del
Ras Mol select comando, cioè il comportamento di select senza alcun parametro. quando
questo valore è falso, il predefinito select regione non include idrogeno,
atomi di deuterio o trizio (fare riferimento all'insieme predefinito Idrogenazione ). Quando questo valore
is vero, il predefinito select regione può contenere atomi di idrogeno. Questo parametro è
simile al RasMol etero parametro che determina se atomi eterogenei
dovrebbe essere incluso nel set predefinito. Se entrambi Idrogenazione e etero sono vero, select
senza parametri equivale a select tutti.

Impostato Cinematismo
Il RasMol set immagine cinetica comando controlla la quantità di dettagli memorizzati in un Kinemage
file di output generato dal RasMol scrivere immagine cinetica comando. L'immagine cinetica in uscita
i file devono essere visualizzati dal programma Mage di David Richardson. set
immagine cinetica falso, l'impostazione predefinita, memorizza solo la rappresentazione attualmente visualizzata in
il file di output generato. Il comando set immagine cinetica vero, genera un più complesso
Kinemage che contiene sia le rappresentazioni wireframe che backbone, nonché
gli assi delle coordinate, il riquadro di delimitazione e la cella unitaria del cristallo.

Impostato Menu
Il RasMol set menu Il comando abilita i pulsanti di menu o la barra dei menu della finestra dell'area di disegno.
Questo comando viene in genere utilizzato solo da interfacce utente grafiche o per creare come
un'immagine più grande possibile quando si utilizza Microsoft Windows.

Impostato Monitorare
Il RasMol set monitore comando abilita monitor. Le etichette del monitor di distanza possono
essere spento con il comando set monitore spento, e riabilitato con il comando set
monitore on.

Impostato Topo
Il RasMol set mouse comando imposta la rotazione, la traslazione, il ridimensionamento e lo zoom
attacchi del mouse. Il valore predefinito è rasmola che è adatto per mouse a due pulsanti
(per i mouse a tre pulsanti il ​​secondo e il terzo pulsante sono sinonimi); Rotazione XY
è controllata dal primo pulsante e la traduzione XY dal secondo. aggiuntivo
le funzioni sono controllate tenendo premuto un tasto modificatore sulla tastiera. [Maiusc] e
il primo pulsante esegue il ridimensionamento, [shift] e il secondo pulsante esegue Z-
rotazione e [controllo] e il primo pulsante del mouse controllano il piano di ritaglio. Il
intuizione e Quanta le opzioni forniscono gli stessi collegamenti del mouse degli altri pacchetti per
utenti esperti.

Impostato Adesione
Il RasMol set raccolta serie di comandi influenza il modo in cui un utente può interagire con a
molecola visualizzata sullo schermo in RasMol.

Abilitazione/Disabilitazione Atom Identificazione Raccolta: Cliccando su un atomo con il mouse
comporta l'identificazione e la visualizzazione del nome del residuo, del numero del residuo, dell'atomo
nome, numero di serie dell'atomo e catena nella finestra di comando. Questo comportamento può essere
disabilitato con il comando set raccolta nessuna e ripristinato con il comando set
raccolta ident. Il comando set raccolta coordinata somma le coordinate atomiche di
atomo sul display.

Disabilitare il prelievo, utilizzando set raccolta MENO è utile quando si esegue il pausa
comando negli script RasMol in quanto impedisce la visualizzazione di messaggi spuri sul
riga di comando mentre lo script è sospeso.

misurazione distanze, angoli e Torsioni: Misura interattiva delle distanze,
angoli e torsioni si ottiene utilizzando i comandi: set raccolta la distanza, set
raccolta tenere sotto controllo, set raccolta angolo e set raccolta torsione, rispettivamente. In questi
modalità, facendo clic su un atomo si ottiene che venga identificato sul comando rasmol
linea. Inoltre ogni atomo prelevato incrementa un contatore modulo tale che in
modalità distanza, ogni secondo atomo visualizza la distanza (o il monitor della distanza)
tra questo atomo e il precedente. In modalità angolo, viene visualizzato un atomo su tre
l'angolo tra i tre atomi precedenti e in modalità di torsione ogni quarto atomo
mostra la torsione tra gli ultimi quattro atomi. Tenendo premuto il tasto Maiusc
durante la selezione di un atomo, questo contatore modulo non viene incrementato e consente, per
esempio, le distanze di atomi consecutivi da un atomo fisso da visualizzare. Vedere
, il monitore comando per come controllare la visualizzazione delle linee del monitor di distanza e
etichette.

Etichettatura atomi con , il Topo: Il mouse può essere utilizzato anche per disattivare la visualizzazione
un'etichetta atomo su un dato atomo. Il comando RasMol set raccolta etichetta rimuove un'etichetta
da un atomo selezionato se ne ha già uno o mostra un'etichetta concisa su quell'atomo
posizione altrimenti.

Centraggio Rotazione con , il Topo: Una molecola può essere centrata su un atomo specificato
posizione utilizzando i comandi RasMol set raccolta centro or set raccolta centro. In
questa modalità, la selezione di un atomo fa sì che tutte le ulteriori rotazioni riguardino quel punto.

Adesione a Legame as a Rotazione Asse: Qualsiasi legame può essere scelto come asse di rotazione
per la porzione della molecola oltre il secondo atomo selezionato. Questa caratteristica
va usato con cautela, poiché, naturalmente, modifica la conformazione del
molecola. Dopo l'esecuzione set raccolta legame o usando l'equivalente "Pick Bond" in
il menu "Impostazioni", un legame da ruotare viene selezionato con lo stesso tipo di mouse
clic come vengono utilizzati per la raccolta di atomi per una misurazione della distanza. Normalmente questo
dovrebbe essere fatto dove esiste un legame, ma se non esiste un legame, verrà aggiunto. Il
legame non può essere utilizzato per la rotazione se fa parte di un anello di qualsiasi dimensione. Tutti i legami
selezionati per la rotazione vengono ricordati in modo che possano essere correttamente segnalati quando
scrivere uno script, ma solo l'ultimo legame selezionato può essere ruotato attivamente.

Abilitare Atomo/Gruppo/Catena Selezione Raccolta: Atomi, gruppi e catene possono essere
selezionato (come se con select comando), con il set raccolta atomo, set raccolta
gruppo, set raccolta catena comandi. Per ciascuno di questi comandi, il tasto Maiusc può
essere utilizzato per aggiungere una nuova selezione alla vecchia e il tasto di controllo può essere utilizzato
per cancellare una nuova selezione dalla vecchia. Quando il set raccolta atomo il comando è
dato, il mouse può essere usato per selezionare o trascinare un riquadro attorno agli atomi per i quali
si desidera la selezione. Quando il set raccolta gruppo il comando è dato, scegliendo qualsiasi an
atomo causerà la selezione di tutti gli atomi che concordano nel numero di residui con il
atomo raccolto, anche se in catene diverse. Quando il set raccolta catena il comando è
dato, la selezione di qualsiasi atomo causerà la selezione di tutti gli atomi che concordano in catena
identificatore con l'atomo selezionato.

Impostato Giocare
Il RasMol set riproduci.fps il comando fornisce il numero di fotogrammi al secondo per la riproduzione
dal PLAY comando (predefinito 24 fotogrammi al secondo).

Nell'attuale versione di RasMol, il tempo di riproduzione non è controllato da questo
parametro.

Impostato Raggio
Il RasMol set raggio comando viene utilizzato per alterare il comportamento del RasMol punti
comando a seconda del valore di solvente parametro. quando solvente is vero,
, il raggio parametro controlla se una vera superficie di van der Waals è generata da
, il punti comando. Se il valore di raggio è qualcosa di diverso da zero, quel valore è
usato come raggio di ogni atomo invece del suo vero valore vdW. Quando il valore di
solvente is vero, questo parametro determina il raggio della 'sfera della sonda' (solvente).
Il parametro può essere dato come un intero in unità rasmol o contenente un decimale
punto ad Angstroms. Il valore predefinito di questo parametro è determinato dal valore
of solvente e cambiando solvente reset raggio al suo nuovo valore predefinito.

Impostato Record
Il RasMol set record.aps fornisce la velocità massima sullo schermo in Angstrom per
secondo nell'animazione di traslazioni, rotazioni e zoom (predefinito 10 A/secondo).

Il RasMol set record.aps il comando fornisce il numero di fotogrammi al secondo per la registrazione
dal record comando (predefinito 24 fotogrammi al secondo).

Il RasMol set registrare.dimora il comando imposta il tempo in secondi per soffermarsi su un cambiamento
in apparenza (predefinito 5 sec).

Impostato OmbraPower
. potere d'ombra parametro (adottato da RasTop) determina la ripartizione del colore
(il contrasto) utilizzato nel rendering di oggetti solidi. Questo valore tra 0 e 100
regola l'ombreggiatura su una superficie dell'oggetto orientata lungo la direzione della luce
fonte. La modifica del parametro shadepower non modifica il massimo o il
valori minimi di questa ombreggiatura, così come la modifica del ambientale parametro. Un valore di
100 concentra la luce sulla sommità delle sfere, donando un effetto altamente speculare, vetroso
rendering (vedi potenza specifica parametro). Un valore 0 distribuisce la luce sul
intero oggetto.

Questa implementazione di shadepower differisce da quella in RasTop solo nella scelta
dell'intervallo (da 0 a 100 rispetto a -20 a 20 in RasTop).

Impostato Shadow
Il RasMol set ombra comando abilita e disabilita il ray-tracing del corrente
immagine renderizzata. Attualmente solo la rappresentazione di riempimento dello spazio è ombreggiata o può
ombre nascoste. L'abilitazione dell'ombreggiatura disabiliterà automaticamente il ritaglio Z
(lastro) piano utilizzando il comando lastra off. Il ray-tracing richiede in genere circa
alcuni secondi per una proteina di dimensioni moderate. Si consiglia di ombreggiare
essere normalmente disabilitato mentre la molecola viene trasformata o manipolata, e
abilitato solo una volta selezionato un punto di vista appropriato, per fornire una maggiore
impressione di profondità.

Impostato Modalità lastra
Il RasMol modo lastrico parametro controlla il metodo di rendering degli oggetti tagliati dal
piano di lastre (z-clipping). I parametri validi per lo slabmode sono "reject", "half",
"cavo", "pieno" e "sezione".

Impostato Solvente
Il RasMol set solvente comando viene utilizzato per controllare il comportamento del RasMol punti
comando. A seconda del valore di solvente parametro, il punti comandare sia
genera una superficie di van der Waals o accessibile ai solventi intorno all'attuale
insieme selezionato di atomi. La modifica di questo parametro azzera automaticamente il valore di
il RasMol raggio parametro. Il comando set solvente falso, il valore predefinito,
indica che deve essere generata una superficie di van der Waals e azzera il valore di
raggio a zero. Il comando set solvente vero indica che un 'Connolly' o
La superficie accessibile al solvente "Richards" deve essere disegnata e imposta il raggio
parametro, il raggio del solvente, a 1.2 Angstrom (o 300 unità RasMol).

Impostato Speculare
Il RasMol set speculare comando abilita e disabilita la visualizzazione di speculari
evidenziazioni su oggetti solidi disegnati da RasMol. Le luci speculari appaiono bianche
riflessi della sorgente luminosa sulla superficie dell'oggetto. L'attuale RasMol
l'implementazione utilizza una funzione di approssimazione per generare questo punto culminante.

Le luci speculari sulle superfici degli oggetti solidi possono essere alterate usando
il coefficiente di riflessione speculare, che viene alterato utilizzando il RasMol set
potenza specifica comando.

Impostato Potenza specifica
. potenza specifica parametro determina la lucentezza degli oggetti solidi resi da
RasMol. Questo valore tra 0 e 100 regola il coefficiente di riflessione utilizzato in
calcoli di evidenziazione speculare. I punti salienti speculari sono abilitati e disabilitati
dal RasMol set speculare comando. Valori intorno a 20 o 30 producono un aspetto plastico
superfici. Valori alti rappresentano superfici più lucide come i metalli, mentre valori bassi
i valori producono superfici più diffuse/opache.

Impostato SSBond
Il RasMol ssbond parametro determina se vengono disegnati ponti disolfuro
tra gli atomi di zolfo nella catena laterale (predefinito) o tra gli alfa
atomi di carbonio nella spina dorsale dei residui di cisteina. La visualizzazione effettiva di
ponti disolfuro è controllato dal ssbond comando. Disegno di ponti disolfuro
tra i carboni alfa è utile quando il resto della proteina è mostrato solo in a
rappresentazione schematica come spina dorsale, nastri or fili. Questo parametro è
simile al RasMol hbond parametro.

Impostato Stereo
Il RasMol set stereo parametro controlla la separazione tra sinistra e destra
immagini. L'accensione e lo spegnimento dello stereo non riposiziona il centro della molecola.

La visualizzazione stereo di una molecola può essere attivata (e disattivata) selezionando Stereo
dal Opzioni menu, o digitando i comandi stereo on or stereo off.

L'angolo di separazione tra le due viste può essere regolato con il set stereo [-]
comando, dove i valori positivi risultano in una visione con occhi incrociati e negativi
valori nella visione rilassata (con gli occhi chiusi). Attualmente, la visualizzazione stereo non è supportata
in vettore PostScript file di output.

Impostato Strands
Il RasMol filoni parametro controlla il numero di fili paralleli che sono
visualizzati nelle rappresentazioni a nastro delle proteine. I valori ammissibili per
questi parametri sono 1, 2, 3, 4, 5 e 9. Il valore predefinito è 5. Il numero di
fili è costante per tutti i nastri visualizzati. Tuttavia, la larghezza del nastro
(la separazione tra i filamenti) può essere controllata residuo per residuo
usando il RasMol nastri comando.

Impostato Indicazione
Il RasMol trasparente parametro controlla la scrittura di GIF trasparenti da parte del
scrivere gif comando. Questo può essere controllato dal set trasparente on e
set trasparente MENO comandi.

Impostato UnitàCell
Il RasMol cella unitaria parametro controlla la visualizzazione dell'unità cristallografica
cella sul display corrente. La cella di cristallo è abilitata solo se il appropriato
le informazioni sulla simmetria dei cristalli sono contenute nel file di dati PDB, CIF o mmCIF. Il
Comando RasMol mostrare attraverso le sue creazioni simmetria visualizzare i dettagli del gruppo spaziale e dell'unità del cristallo
assi cellulari. Il set cella unitaria comando è simile ai comandi set assi e set
rilegato che visualizzano gli assi delle coordinate ortogonali e il riquadro di delimitazione,
rispettivamente.

Impostato VectPS
Il RasMol vectps parametro viene utilizzato per controllare il modo in cui RasMol scrivere
Il comando genera file di output PostScript vettoriali. Il comando set vectps on al
l'uso di contorni neri attorno a sfere e legami cilindrici che producono "cartoni animati-
like" output ad alta risoluzione. Tuttavia, l'attuale implementazione di RasMol
carica erroneamente le sfere che sono intersecate da più di un'altra sfera.
Quindi i modelli "palla e bastone" sono resi correttamente ma non riempiono lo spazio di grandi dimensioni
modelli di sfere. I contorni dei cartoni possono essere disabilitati, per impostazione predefinita, con il comando set
vectps off.

Impostato Scrivi
Il RasMol scrivere parametro controlla l'uso del salvare e scrivere comandi all'interno
script, ma può essere eseguito solo dalla riga di comando. Per impostazione predefinita, questo valore
is falso, vietare la generazione di file in qualsiasi script eseguito all'avvio
(come quelli lanciati da un browser WWW). Tuttavia, gli animatori possono avviare RasMol
in modo interattivo: digita set scrivere on e quindi eseguire uno script per generare ciascun frame
utilizzando il comando sorgente.

ATOM ESPRESSIONI

Le espressioni di atomi di RasMol identificano in modo univoco un gruppo arbitrario di atomi all'interno di una molecola.
Le espressioni atomiche sono composte da espressioni primitive, insiemi predefiniti, confronto
operatori, entro espressioni, o combinazioni logiche (booleane) dell'espressione sopra
tipi.

Gli operatori logici consentono di costruire query complesse da quelle più semplici utilizzando
i connettivi booleani standard e, or e non. Questi possono essere abbreviati con i simboli
"&", "|" e "!", rispettivamente. Le parentesi (parentesi) possono essere usate per alterare la precedenza
degli operatori. Per comodità, una virgola può essere utilizzata anche per la disgiunzione booleana.

L'espressione dell'atomo viene valutata per ogni atomo, quindi le proteine e spina dorsale seleziona proteine
atomi della spina dorsale, non le proteine ​​e gli atomi della spina dorsale dell'acido [nucleico]!

Primitivo Espressioni
Le espressioni primitive di RasMol sono i mattoni fondamentali dell'atomo
espressioni. Esistono due tipi di espressione primitiva. Viene utilizzato il primo tipo
per identificare un determinato numero di residui o un intervallo di numeri di residui. Un singolo residuo è
identificato dal suo numero (posizione nella sequenza) e un intervallo è specificato da
limiti inferiore e superiore separati da un trattino. Per esempio select 5,6,7,8
è altresì select 5-8. Nota che questo seleziona i numeri di residuo dati in all
catene di macromolecole.

Il secondo tipo di espressione primitiva specifica una sequenza di campi che devono
corrispondere per un dato atomo. La prima parte specifica un residuo (o gruppo di residui)
e una seconda parte facoltativa specifica gli atomi all'interno di quei residui. Il primo
parte è costituita da un nome del residuo, facoltativamente seguito da un numero di residuo e/o
identificatore di catena.

La seconda parte consiste in un carattere punto seguito da un nome atomo. un atomo
il nome può contenere fino a quattro caratteri alfabetici o numerici. Un punto e virgola opzionale
seguito da un identificatore di conformazione alternativo può essere aggiunto. Un optional
È inoltre possibile aggiungere una barra seguita da un numero di modello.

Un asterisco può essere usato come carattere jolly per un intero campo e un punto interrogativo come a
carattere jolly singolo.

Confronto Operatori
Le parti di una molecola possono anche essere distinte usando uguaglianza, disuguaglianza e
operatori di ordinamento sulle loro proprietà. Il formato di tale espressione di confronto è
un nome di proprietà, seguito da un operatore di confronto e quindi da un valore intero.

Le proprietà dell'atomo che possono essere utilizzate in RasMol sono atomo per l'atomo seriale
numero, elemno per il numero atomico dell'atomo (elemento), reno per il residuo
numero, raggio per il raggio di riempimento dello spazio in unità RasMol (o zero se non rappresentato
come una sfera) e temperatura per il valore della temperatura isotropa PDB.

L'operatore di uguaglianza è indicato con "=" o "==". L'operatore di disuguaglianza come
o "<>", "!=" o "/=". Gli operatori di ordinamento sono "<" per meno di, "<=" per
minore o uguale a, ">" per maggiore di e ">" per maggiore o uguale a.

Nel quadro di Espressioni
Un RasMol entro l'espressione consente di selezionare gli atomi in base alla loro vicinanza a
un altro insieme di atomi. UN entro l'espressione accetta due parametri separati da una virgola
e racchiuso tra parentesi. Il primo argomento è un valore intero chiamato the
distanza "cut-off" dell'espressione all'interno e il secondo argomento è valido qualsiasi
espressione dell'atomo. La distanza di cut-off è espressa in unità RasMol intere
o Angstrom contenenti un punto decimale. Un atomo viene selezionato se si trova all'interno del
distanza di cut-off di uno qualsiasi degli atomi definiti dal secondo argomento. Questo permette
espressioni complesse da costruire contenenti annidate entro espressioni.

Ad esempio, il comando select entro (3.2, spina dorsale) seleziona qualsiasi atomo all'interno di un 3.2
Raggio di angstrom di qualsiasi atomo in una spina dorsale di proteine ​​o acidi nucleici. Nel quadro di
le espressioni sono particolarmente utili per selezionare gli atomi attorno a un sito attivo.

predefiniti Set
Le espressioni dell'atomo di RasMol possono contenere insiemi predefiniti. Questi set sono parole chiave singole
che rappresentano porzioni di una molecola di interesse. I set predefiniti sono spesso
abbreviazioni di espressioni atomiche primitive. In alcuni casi l'uso di predefiniti
set consente la selezione di aree di una molecola che altrimenti non potrebbero essere
distinto. Di seguito è riportato un elenco degli insiemi attualmente predefiniti. In
oltre agli insiemi elencati qui, RasMol tratta anche i nomi degli elementi (e i loro
plurali) come insiemi predefiniti contenenti tutti gli atomi di quel tipo di elemento, cioè il
command select ossigeno è equivalente al comando select Elemno=8.

predefiniti Set

AT Impostato Questo insieme contiene gli atomi nei nucleotidi complementari adenosina e
timidina (A e T, rispettivamente). Tutti i nucleotidi sono classificati come l'insieme
at o il set cg Questo insieme è equivalente alle espressioni dell'atomo di RasMol a, e
nucleico e non è un c.g.

acida Impostato
L'insieme degli amminoacidi acidi. Questi sono i tipi di residuo Asp e Glu. Tutti gli aminoacidi
gli acidi sono classificati come acido, basic or neutro. Questo insieme è equivalente a
le espressioni dell'atomo di RasMol aspide, colla e amino e non è un (di base or neutro).

aciclico Impostato
L'insieme degli atomi negli amminoacidi che non contengono un ciclo o un anello. Tutti gli amminoacidi sono
classificato come ciclico or aciclico. Questo insieme è equivalente all'atomo di RasMol
espressione amino e non è un ciclico.

alifatico Impostato
Questo set contiene gli amminoacidi alifatici. Questi sono gli amminoacidi Ala, Gly,
Ile, Leu e Val. Questo insieme è equivalente all'espressione dell'atomo RasMol ala, gli,
e, leu, ore

Alpha Impostato
L'insieme dei carboni alfa nella molecola proteica. Questo set è di circa
equivalente all'espressione dell'atomo RasMol *.CIRCA. Questo comando non deve essere confuso
con il set predefinito elica che contiene gli atomi negli amminoacidi del
alfa eliche della proteina.

Amino Impostato
Questo insieme contiene tutti gli atomi contenuti nei residui di amminoacidi. Questo è utile
per distinguere la proteina dall'acido nucleico e dagli atomi eterogenei nel
database attuale delle molecole.

Aromatici Impostato
L'insieme degli atomi negli amminoacidi contenenti anelli aromatici. Questi sono gli ammino
acidi His, Phe, Trp e Tyr. Perché contengono anelli aromatici di tutti i membri
questo insieme sono membri dell'insieme predefinito ciclico. Questo insieme è equivalente a
Espressioni atomiche RasMol il suo, pè, trp, tyr e ciclico e non è un pro.

Spina dorsale Impostato
Questo set contiene i quattro atomi di ciascun amminoacido che formano il polipeptide NC-
CO spina dorsale delle proteine, e gli atomi della spina dorsale zucchero fosfato di nucleico
acidi. Usa i set predefiniti di RasMol le proteine e nucleico distinguere tra
le due forme di spina dorsale. Gli atomi negli acidi nucleici e nelle proteine ​​sono spina dorsale
or catena laterale. Questo insieme è equivalente all'espressione RasMol (proteina or nucleico)
e non è un catena laterale.

Il set predefinito catena principale è sinonimo di set spina dorsale.

Basic Impostato
L'insieme degli amminoacidi basici. Questi sono i tipi di residuo Arg, His e Lys. Tutto
gli amminoacidi sono classificati come acido, basic or neutro. Questo set è
equivalente alle espressioni dell'atomo di RasMol argomento, il suo, giglio e amino e non è un (acido
or neutro).

Vincolato Impostato
Questo set contiene tutti gli atomi nel database della molecola corrente che sono legati a
almeno un altro atomo.

Sepolto Impostato
Questo insieme contiene gli atomi in quegli amminoacidi che tendono (preferiscono) ad essere sepolti
all'interno delle proteine, lontano dal contatto con le molecole di solvente. Questo set si riferisce al
preferenza degli aminoacidi e non l'effettiva accessibilità del solvente per la corrente
proteina. Tutti gli amminoacidi sono classificati come superficie or sepolto. Questo set è
equivalente all'espressione dell'atomo RasMol amino e non è un superficie.

CG Impostato Questo set contiene gli atomi nei nucleotidi complementari citidina e guanosina
(C e G, rispettivamente). Tutti i nucleotidi sono classificati come l'insieme at oppure
set cg Questo insieme è equivalente alle espressioni dell'atomo di RasMol c, g e nucleico e
non è un AT.

carico Impostato
Questo set contiene gli amminoacidi carichi. Questi sono gli amminoacidi che sono
o acida or di base. Gli amminoacidi sono classificati come carico or
neutro. Questo insieme è equivalente alle espressioni dell'atomo di RasMol acida or basic e
amino e non è un neutro.

Ciclico Impostato
L'insieme degli atomi negli amminoacidi contenenti un ciclo o anelli. Tutti gli amminoacidi sono
classificato come ciclico or aciclico. Questo insieme è costituito dagli amminoacidi His,
Phe, Pro, Trp e Tyr. I membri dell'insieme predefinito aromatico sono membri di
questo insieme. L'unico amminoacido ciclico ma non aromatico è la prolina. Questo set è
equivalente alle espressioni dell'atomo di RasMol il suo, pè, pro, trp, tyr e aromatico or
PRO e amino e non è un aciclico.

cistina Impostato
Questo insieme contiene gli atomi di residui di cisteina che fanno parte di un disolfuro
ponte, cioè metà cistina. RasMol determina automaticamente i ponti disolfuro, se
né l'insieme predefinito cistina né il RasMol ssbond comando sono stati usati
da quando la molecola è stata caricata. L'insieme delle cisteine ​​libere può essere determinato utilizzando
l'espressione dell'atomo RasMol cis e non è un cistina.

Elica Impostato
Questo set contiene tutti gli atomi che fanno parte di un'alfa elica proteica come determinato
dall'autore del file PDB o dall'algoritmo DSSP di Kabsch e Sander. Per impostazione predefinita,
RasMol utilizza la determinazione della struttura secondaria fornita nel file PDB se
esiste. In caso contrario, utilizza l'algoritmo DSSP utilizzato da RasMol La struttura
comando.

Questo set predefinito non deve essere confuso con il set predefinito alfa quale
contiene gli atomi di carbonio alfa di una proteina.

Etero Impostato
Questo insieme contiene tutti gli atomi eterogenei nella molecola. Questi sono gli atomi
descritto dalle voci HETATM nel file PDB. Questi contengono tipicamente acqua,
cofattori e altri solventi e leganti. Tutto etero gli atomi sono classificati come
ligando or solvente atomi. Questi eterogenei solvente gli atomi sono ulteriormente classificati
sia come acqua or ioni.

Idrogeno Impostato
Questo set predefinito contiene tutti gli atomi di idrogeno, deuterio e trizio del
molecola attuale. Questo insieme predefinito è equivalente all'espressione dell'atomo RasMol
Elemno=1.

idrofobo Impostato
Questo set contiene tutti gli amminoacidi idrofobici. Questi sono gli amminoacidi Ala,
Leu, Val, Ile, Pro, Phe, Met e Trp. Tutti gli amminoacidi sono classificati come
idrofobo or polare. Questo insieme è equivalente alle espressioni dell'atomo di RasMol ala,
leu, vale, e, pro, pè, incontrato, trp e amino e non è un polare.

ioni Impostato
Questo set contiene tutti gli ioni fosfato e solfato eterogenei nella corrente
file di dati della molecola. Un gran numero di questi ioni è talvolta associato a
strutture di proteine ​​e acidi nucleici determinate mediante cristallografia a raggi X. Queste
gli atomi tendono a ingombrare un'immagine. Tutto etero gli atomi sono classificati come ligando or
solvente atomi. Tutto solvente gli atomi sono classificati come acqua or ioni.

Grande Impostato
Tutti gli amminoacidi sono classificati come piccolo, medie or grande. Questo set è
equivalente all'espressione dell'atomo RasMol amino e non è un (piccolo or medio).

ligando Impostato
Questo set contiene tutti i cofattori eterogenei e le porzioni di ligando che sono
contenuto nel file di dati della molecola corrente. Questo insieme è definito per essere tutto etero
atomi che non sono solvente atomi. Quindi questo insieme è equivalente all'atomo di RasMol
espressione etero e non è un solvente.

Medio Impostato
Tutti gli amminoacidi sono classificati come piccolo, medie or grande. Questo set è
equivalente all'espressione dell'atomo RasMol amino e non è un (grande or piccolo).

Poco importante Impostato
L'insieme degli amminoacidi neutri. Tutti gli amminoacidi sono classificati come acido,
basic or neutro. Questo insieme è equivalente all'espressione dell'atomo RasMol amino e
non è un (acido or di base).

Nucleico Impostato
L'insieme di tutti gli atomi negli acidi nucleici, che consiste delle quattro basi nucleotidiche
adenosina, citidina, guanosina e timidina (A, C, G e T, rispettivamente). Tutto
i neurotidi sono classificati come purine or pirimidina. Questo set è equivalente
alle espressioni dell'atomo di RasMol la, do, sol, t e purine or pirimidina. I simboli per
Nucleotidi di RNA (U, +U, I, 1MA, 5MC, OMC, 1MG, 2MG, M2G, 7MG, OMG, YG, H2U, 5MU,
e PSU) sono anche riconosciuti come membri di questo insieme.

Polare Impostato
Questo set contiene gli amminoacidi polari. Tutti gli amminoacidi sono classificati come
idrofobo or polare. Questo insieme è equivalente all'espressione dell'atomo RasMol amino
e non è un idrofobico.

Proteine Impostato
L'insieme di tutti gli atomi nelle proteine. Questo consiste nel set predefinito di RasMol amino
e comuni modifiche post-traduzione.

purina Impostato
L'insieme dei nucleotidi purinici. Queste sono le basi adenosina e guanosina (A e
G, rispettivamente). Tutti i nucleotidi sono o purine or pirimidine. Questo set è
equivalente alle espressioni dell'atomo di RasMol a, g e nucleico e non è un pirimidina.

pyrimidine Impostato
L'insieme dei nucleotidi pirimidinici. Queste sono le basi citidina e timidina (C
e T, rispettivamente). Tutti i nucleotidi sono o purine or pirimidine. Questo set
è equivalente alle espressioni dell'atomo di RasMol c, t e nucleico e non è un purina.

Selezionato Impostato
Questo set contiene l'insieme di atomi nella regione attualmente selezionata. Il attualmente
la regione selezionata è definita dal precedente select or limitare comando e non il
espressione dell'atomo contenente la selezionato parola chiave.

Foglio Impostato
Questo set contiene tutti gli atomi che fanno parte di un foglio beta di proteine ​​come determinato da
l'autore del file PDB o l'algoritmo DSSP di Kabsch e Sander. Per impostazione predefinita,
RasMol utilizza la determinazione della struttura secondaria fornita nel file PDB se
esiste. In caso contrario, utilizza l'algoritmo DSSP utilizzato da RasMol La struttura
comando.

Sidechain Impostato
Questo set contiene le catene laterali funzionali di tutti gli amminoacidi e la base di ciascuno
nucleotide. Questi sono gli atomi che non fanno parte della struttura polipeptidica NCCO di
proteine ​​o lo scheletro fosfato di zucchero degli acidi nucleici. Usa il RasMol
set predefiniti le proteine e nucleico distinguere tra le due forme di
catena laterale. Gli atomi negli acidi nucleici e nelle proteine ​​sono spina dorsale or catena laterale.
Questo insieme è equivalente all'espressione RasMol (proteina or nucleico) e non è un
spina dorsale.

Piccolo Impostato
Tutti gli amminoacidi sono classificati come piccolo, medie or grande. Questo set è
equivalente all'espressione dell'atomo RasMol amino e non è un (medio or grande).

Solvente Impostato
Questo set contiene gli atomi del solvente nel file delle coordinate molecolari. Queste sono le
molecole d'acqua eterogenee, ioni fosfato e solfato. Tutto etero gli atomi sono
classificato come ligando or solvente atomi. Tutto solvente gli atomi sono classificati come
o acqua or ioni. Questo insieme è equivalente alle espressioni dell'atomo di RasMol etero
e non è un ligando e acqua or ioni.

superficie Impostato
Questo insieme contiene gli atomi in quegli amminoacidi che tendono (preferiscono) ad essere sul
superficie delle proteine, a contatto con molecole di solvente. Questo set si riferisce al
preferenza degli aminoacidi e non l'effettiva accessibilità del solvente per la corrente
proteina. Tutti gli amminoacidi sono classificati come superficie or sepolto. Questo set è
equivalente all'espressione dell'atomo RasMol amino e non è un sepolto.

Girare Impostato
Questo set contiene tutti gli atomi che fanno parte dei giri di una proteina come determinato da
l'autore del file PDB o l'algoritmo DSSP di Kabsch e Sander. Per impostazione predefinita,
RasMol utilizza la determinazione della struttura secondaria fornita nel file PDB se
esiste. In caso contrario, utilizza l'algoritmo DSSP utilizzato da RasMol La struttura
comando.

Acqua Impostato
Questo set contiene tutte le molecole d'acqua eterogenee nel database corrente. UN
un gran numero di molecole d'acqua sono talvolta associate a proteine ​​e nucleici
strutture acide determinate mediante cristallografia a raggi X. Questi atomi tendono ad ingombrare e
Immagine. Tutto etero gli atomi sono classificati come ligando or solvente atomi. Il
solvente gli atomi sono ulteriormente classificati come acqua or ioni.

Impostato Sintesi
La tabella seguente riassume la classificazione di RasMol degli amminoacidi comuni.

COLORE SCHEMI

Il RasMol colore il comando consente diversi oggetti (come atomi, legami e nastro
segmenti) a cui assegnare un colore specifico. In genere questo colore è un RasMol
nome del colore predefinito o una tripla RGB. Inoltre RasMol supporta anche alternativo, ammino,
catena, cartone animato, CPK, gruppo, modello, ben fatto, struttura, temperatura or Utente combinazioni di colori
per gli atomi, e legame Digitare schema di colori per legami idrogeno e elettrostatico potenziale
combinazione di colori per superfici a punti. I 24 nomi dei colori attualmente predefiniti sono Nero, Blu,
Tinta Blu, Marrone, Ciano, Oro, Grigio, Verde, Blu Verde, Tinta Verde, Rosa Caldo, Magenta, Arancione,
Rosa, Rosa Tinta, Viola, Rosso, Arancione rosso, Verde mare, Azzurro cielo, Viola, Bianco, Giallo e
Tinta Gialla

Se desideri utilizzare spesso un colore non predefinito, puoi scrivere uno script di una riga.
Ad esempio, se crei il file grigio.col contenente la linea, colore [180,180,180]
#grigio, poi il comando copione grigio.col colora di grigio il set di atomi attualmente selezionato.

altro Colori
Il RasMol alt La combinazione di colori (Alternate Conformer) codifica la struttura di base con
un colore e applica un numero limitato di colori a ciascun conformero alternativo. In
un RasMol costruito per sistemi di colore a 8 bit, sono consentiti 4 colori per alternare
conformatori. Altrimenti, sono disponibili 8 colori.

Amino Colori
Il RasMol amino schema colori colori amminoacidi secondo ammino . tradizionale
proprietà acide. Lo scopo della colorazione è identificare gli amminoacidi in modo insolito
o un ambiente sorprendente. Le parti esterne di una proteina che sono polari sono visibili
(brillanti) colori e residui non polari più scuri. La maggior parte dei colori sono consacrati da
tradizione. Questa combinazione di colori è simile al ben fatto schema.

Catena Colori
Il RasMol catena La combinazione di colori assegna a ciascuna catena macromolecolare un colore univoco.
Questa combinazione di colori è particolarmente utile per distinguere le parti di
struttura multimerica o i singoli "fili" di una catena di DNA. Catena può essere
selezionato dal RasMol Colori menu.

Ricarica Colori
Il RasMol carica la combinazione di colori codifica i colori di ciascun atomo in base alla carica
valore memorizzato nel file di input (o nel campo del fattore beta dei file PDB). I valori alti sono
colorato in blu (positivo) e valori inferiori colorati in rosso (negativo). Piuttosto
di utilizzare una scala fissa questo schema determina i valori massimo e minimo del
campo di carica/temperatura e interpola opportunamente dal rosso al blu. Quindi,
il verde non può essere considerato un addebito "nessun addebito netto".

La differenza tra il carica e temperatura le combinazioni di colori sono quelle in aumento
i valori di temperatura procedono dal blu al rosso, mentre i valori di carica crescenti vanno
dal rosso al blu.

Se il campo carica/temperatura memorizza valori ragionevoli è possibile utilizzare il
Ras Mol colore punti potenziale comando per codificare a colori una superficie di punti (generata dal
punti comando) dal potenziale elettrostatico.

CPK Colori
Il RasMol CPK la combinazione di colori si basa sui colori della plastica popolare
modelli di riempimento dello spazio sviluppati da Corey, Pauling e successivamente migliorati da
Kultun. Questa combinazione di colori colora gli oggetti "atomo" in base al tipo di atomo (elemento). Questo
è lo schema convenzionalmente utilizzato dai chimici. L'assegnazione del più comunemente
i tipi di elementi utilizzati per i colori sono riportati di seguito.

Gruppo Colori
Il RasMol gruppo combinazione di colori codici colore residui in base alla loro posizione in a
catena macromolecolare. Ogni catena è disegnata come uno spettro uniforme dal blu al
verde, giallo e arancione al rosso. Da qui l'N capolinea delle proteine ​​e il 5' capolinea
degli acidi nucleici sono colorati in rosso e il terminale C delle proteine ​​e il terminale 3' di
gli acidi nucleici sono disegnati in blu. Se una catena ha un gran numero di eterogenei
molecole ad esso associate, la macromolecola potrebbe non essere disegnata per intero
'intervallo' dello spettro. Gruppo può essere selezionato dal RasMol Colori menu.

Se una catena ha un gran numero di molecole eterogenee ad essa associate, il
la macromolecola potrebbe non essere disegnata nell'intera gamma dello spettro. Quando RasMol
esegue la colorazione di gruppo decide la gamma di colori che utilizza dal residuo
numerazione data nel file PDB. Quindi il numero di residuo più basso viene visualizzato in
blu e il numero di residuo più alto viene visualizzato in rosso. Sfortunatamente, se un PDB
file contiene un gran numero di eteroatomi, come molecole d'acqua, che occupano
l'alto numero di residui, la proteina viene visualizzata nell'estremità blu-verde del
spettro e le acque nell'estremità giallo-rossa dello spettro. Questo è aggravato
in genere essendoci molte più molecole d'acqua rispetto ai residui di amminoacidi. Il
la soluzione a questo problema è usare il comando set etero MENO prima di applicare il
combinazione di colori del gruppo. Ciò può essere ottenuto anche attivando Etero atomi sul canale
Opzioni menu prima di selezionare Gruppo sul canale Colore menù. Questo comando istruisce
RasMol per utilizzare solo residui non eterogenei nel ridimensionamento del colore del gruppo.

NMR Modello Colori
Il RasMol modello la combinazione di colori codifica ogni modello NMR con un colore distinto. Il
Il numero di modello NMR viene preso come valore numerico. I valori alti sono colorati in blu e
valori inferiori colorati in rosso. Piuttosto che utilizzare una scala fissa, questo schema determina
il valore massimo del numero di modello NMR e interpola dal rosso al blu
appropriatamente.

formoso Colori
Il RasMol ben fatto combinazione di colori codici colore residui in base alla proprietà degli amminoacidi. Questo
Lo schema è basato sui "Modelli Shapely" di Bob Fletterick. Ogni amminoacido e nucleico
residuo acido è dato un colore unico. Il ben fatto la combinazione di colori è usata da David
Il programma Raster3D di Bacon. Questa combinazione di colori è simile al amino schema colore.

Structure Colori
Il RasMol La struttura lo schema di colori colora la molecola in base alla proteina secondaria
struttura. Le alfa eliche sono colorate in magenta, [240,0,128], i fogli beta sono
di colore giallo, [255,255,0], le virate sono di colore azzurro pallido, [96,128,255] e tutto
altri residui sono colorati di bianco. La struttura secondaria è letta dal
File PDB (record HELIX, SHEET e TURN), se disponibile, o determinato utilizzando Kabsch
e l'algoritmo DSSP di Sander. Il RasMol La struttura il comando può essere usato per forzare
Assegnazione della struttura del DSSP da utilizzare.

Temperatura Colori
Il RasMol temperatura combinazione di colori codifica i colori di ciascun atomo in base al
valore della temperatura anisotropa (beta) memorizzato nel file PDB. In genere questo dà a
misura della mobilità/incertezza della posizione di un dato atomo. I valori alti sono
colorato nei colori più caldi (rosso) e valori più bassi nei colori più freddi (blu). Questo
caratteristica è spesso usata per associare un valore di "scala" [come la variabilità degli amminoacidi
in mutanti virali] con ciascun atomo in un file PDB e colora la molecola
appropriatamente.

La differenza tra il temperatura e carica le combinazioni di colori sono quelle in aumento
i valori di temperatura procedono dal blu al rosso, mentre i valori di carica crescenti vanno
dal rosso al blu.

Utente Colori
Il RasMol Utente schema di colori consente a RasMol di utilizzare lo schema di colori memorizzato nel
file PDB. I colori per ogni atomo sono memorizzati nei record COLO inseriti nel PDB
file di dati. Questa convenzione è stata introdotta dal programma Raster3D di David Bacon.

HBond Tipo Colori
Il RasMol Digitare lo schema di colori si applica solo ai legami idrogeno, quindi viene utilizzato nel
command colore hbond tipo. Questo schema codifica a colori ogni legame idrogeno secondo
alla distanza lungo una catena proteica tra donatore e accettore del legame idrogeno.
Questa rappresentazione schematica è stata introdotta da Belhadj-Mostefa e Milner-White.
Questa rappresentazione fornisce una buona visione della struttura secondaria delle proteine ​​(hbonds
le alfa eliche che formano appaiono rosse, quelle che formano i fogli appaiono gialle e quelle
le spire in formazione appaiono magenta).

Potenziali Colori
Il RasMol potenziale la combinazione di colori si applica solo alle superfici dei punti, quindi viene utilizzata in
il comando colore punti potenziale. Questo schema colora ciascuno attualmente visualizzato
punto dal potenziale elettrostatico in quel punto nello spazio. Questo potenziale è
calcolato utilizzando la legge di Coulomb prendendo il campo di temperatura/carica dell'input
file per essere la carica associata a quell'atomo. Questa è la stessa interpretazione
usato dal colore carica comando. Come il carica combinazione di colori i valori bassi sono
blu/bianco e i valori alti sono rossi.

Amino Acido Codici
La tabella seguente elenca i nomi, i codici a lettera singola e a tre lettere di ciascuno
degli amminoacidi.

booleani
Un parametro booleano è un valore di verità. I valori booleani validi sono "true" e "false",
e i loro sinonimi 'on' e 'off'. I parametri booleani sono comunemente usati da RasMol
per abilitare o disabilitare una rappresentazione o un'opzione.

RISORSE FORMATI

Proteine Dati Banca File

Se non si dispone della documentazione PDB, è possibile trovare il seguente riepilogo del PDB
formato di file utile. Il Protein Data Bank è un database di archivio basato su computer per
strutture macromolecolari. Il database è stato istituito nel 1971 da Brookhaven National
Laboratory, Upton, New York, come archivio di dominio pubblico per la cristallografia risolta
strutture. La Banca utilizza un formato uniforme per memorizzare le coordinate atomiche e il legame parziale
connettività come derivate da studi cristallografici. Nel 1999 la Banca Dati Proteine
trasferito al Collaboratorio di Ricerca per la Biologia Strutturale.

Le voci del file PDB sono costituite da record di 80 caratteri ciascuno. Utilizzando l'analogia della scheda perforata,
le colonne da 1 a 6 contengono un identificatore di tipo record, le colonne da 7 a 70 contengono dati. In
le voci più vecchie, le colonne da 71 a 80 sono normalmente vuote, ma possono contenere informazioni sulla sequenza
aggiunti dai programmi di gestione delle biblioteche. Nelle nuove voci conformi al formato PDB 1996,
ci sono altre informazioni in quelle colonne. I primi quattro caratteri del disco
identificatore sono sufficienti per identificare in modo univoco il tipo di record e la sintassi di ciascuno
record è indipendente dall'ordine dei record all'interno di qualsiasi voce per un particolare
macromolecola.

Gli unici tipi di record di maggiore interesse per il programma RasMol sono ATOM e
Record HETATM che descrivono la posizione di ciascun atomo. I record ATOM/HETATM contengono
nomi di atomi standard e abbreviazioni di residui, insieme a identificatori di sequenza,
coordinate in unità Angstrom, occupazioni e fattori di movimento termico. I dettagli esatti
sono riportati di seguito come un'istruzione in formato FORTRAN. La colonna "fmt" indica l'uso del
campo in tutti i formati PDB, nei formati 1992 e precedenti o nel 1996 e successivi
formati.

I residui si verificano nell'ordine a partire dal residuo N-terminale per le proteine ​​e 5'-terminale
per gli acidi nucleici. Se la sequenza dei residui è nota, alcuni numeri di serie dell'atomo potrebbero essere
omesso per consentire l'inserimento futuro di eventuali atomi mancanti. All'interno di ogni residuo, gli atomi sono
ordinato in modo standard, a partire dalla spina dorsale (NCCO per le proteine) e
procedendo in allontanamento crescente dal carbonio alfa, lungo la catena laterale.

I record HETATM vengono utilizzati per definire modifiche e cofattori post-traduzionali
associato alla molecola principale. I record TER sono interpretati come interruzioni nel main
spina dorsale della molecola.

Se presente, RasMol ispeziona anche HEADER, COMPND, HELIX, SHEET, TURN, CONECT, CRYST1,
Record SCALE, MODEL, ENDMDL, EXPDTA e END. Informazioni come il nome, il codice del database,
la data di revisione e la classificazione della molecola sono estratte da HEADER e COMPND
record, le assegnazioni iniziali della struttura secondaria sono prese da HELIX, SHEET e TURN
record e la fine del file può essere indicata da un record END.

Ras Mol Interpretazione of PDB campi
Si presume che gli atomi situati a 9999.000, 9999.000, 9999.000 siano pseudo di Insight
atomi e vengono ignorati da RasMol. Si presume che anche i nomi degli atomi che iniziano con "Q" siano
pseudo atomi o marker di posizione.

Quando un file di dati contiene una struttura NMR, possono essere inserite più conformazioni
un singolo file PDB delimitato da coppie di record MODEL ed ENDMDL. RasMol mostra
tutti i modelli NMR contenuti nel file.

I nomi dei residui "CSH", "CYH" e "CSM" sono considerati pseudonimi per la cisteina "CYS".
I nomi dei residui "WAT", "H20", "SOL" e "TIP" sono considerati pseudonimi per l'acqua
"HOH". Il nome del residuo "D20" è considerato acqua pesante "DOD". Il nome residuo "SUL"
è considerato uno ione solfato "SO4". Il nome del residuo "CPR" è considerato cis-
proline ed è tradotto come "PRO". Il nome residuo "TRY" è considerato a
pseudonimo del triptofano "TRP".

RasMol utilizza i campi HETATM per definire gli insiemi etero, acqua, solvente e ligando.
Qualsiasi gruppo con il nome "HOH", "DOD", "SO4" o "PO4" (o alias con uno di questi
nomi dalle regole precedenti) è considerato un solvente ed è considerato essere
definito da un campo HETATM.

RasMol rispetta solo i record di connettività CONECT nei file PDB contenenti meno di
256 atomi. Questo è spiegato più dettagliatamente nella sezione sulla determinazione della molecola
connettività. I record CONECT che definiscono un legame più di una volta vengono interpretati come
specificando l'ordine delle obbligazioni di quell'obbligazione, cioè un'obbligazione specificata due volte è un doppio
legame e un legame specificato tre (o più) volte è un triplo legame. Questo non è un
funzione PDB standard.

PDB Colore schema Specificazione
RasMol accetta anche il tipo di record COLO supplementare nei file PDB. Questo
formato di registrazione è stato introdotto dal programma Raster3D di David Bacon per specificare il
combinazione di colori da utilizzare durante il rendering della molecola. Questa estensione non è
attualmente sostenuto dal PDB. Il record COLO ha lo stesso tipo di record di base di
i record ATOM e HETATM descritti sopra.

I colori vengono assegnati agli atomi utilizzando un processo di corrispondenza. Il campo Maschera è usato in
il processo di abbinamento come segue. Prima RasMol legge e ricorda tutto l'ATOMO,
Record HETATM e COLO nell'ordine di input. Quando il colore definito dall'utente ("Utente")
schema è selezionato, RasMol esamina a turno ogni record ATOM/HETATM ricordato,
e cerca un record COLO che corrisponda a tutte le colonne da 7 a 30
primo tale record COLO da trovare determina il colore e il raggio dell'atomo.

Notare che i componenti Rosso, Verde e Blu sono nelle stesse posizioni di X, Y,
e Z di un record ATOM o HETA e il raggio di van der Waals va dentro
il luogo dell'Occupazione. I componenti Rosso, Verde e Blu devono essere tutti nel
gamma da 0 a 1.

Affinché un record COLO possa fornire specifiche di colore e raggio per ulteriori informazioni
di un atomo (ad es. in base al residuo, al tipo di atomo o a qualsiasi altro criterio per il quale
le etichette possono essere fornite da qualche parte nelle colonne da 7 a 30), un carattere "non importa",
viene utilizzato il cancelletto "#" (numero o segno acuto). Questo personaggio, quando si trova in a
Record COLO, corrisponde a qualsiasi carattere nella colonna corrispondente in un ATOM/HETATM
disco. Tutti gli altri caratteri devono corrispondere in modo identico per essere considerati una corrispondenza. come un
estensione alla specifica, qualsiasi atomo che non riesce a corrispondere a un record COLO è
visualizzato in bianco.

multiplo NMR Modelli
RasMol carica tutti i modelli NMR da un file PDB indipendentemente dal comando utilizzato:
caricare PDB or caricare nmrpdb

Una volta che più conformazioni NMR sono state caricate, possono essere manipolate con il
estensioni dell'espressione atomica descritte in Primitivo Espressioni. In particolare, l'
command limitare * / 1 limiterà la visualizzazione solo al primo modello.

CIF e mmcif Formato File
CIF è lo standard IUCr per la presentazione di piccole molecole e si intende mmCIF
in sostituzione del formato PDB a campo fisso per la presentazione di
strutture macromolecolari. RasMol può accettare set di dati in entrambi i formati.

Ci sono molti siti utili sul World Wide Web in cui strumenti di informazione e
è possibile trovare software relativo a CIF, mmCIF e PDB. I seguenti sono buoni
punti di partenza per l'esplorazione:

L'Unione Internazionale di Cristallografia (IUCr) fornisce l'accesso a software,
dizionari, dichiarazioni politiche e documentazione relativa a CIF e mmCIF all'indirizzo:
IUCr, Chester, Inghilterra (www.iucr.org/iucr-top/cif/) con molti siti mirror.

Il Nucleic Acid Database Project fornisce l'accesso alle sue voci, software e
documentazione, con una pagina mmCIF che dà accesso al dizionario e mmCIF
strumenti software presso la Rutgers University, New Jersey, USA
(http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif) con molti siti mirror.

Questa versione di RasMol limita essenzialmente i valori dei tag CIF o mmCIF allo stesso
convenzioni utilizzate per il formato PDB a campo fisso. Così identificatori di catena e
gli identificatori di conformazione alternativi sono limitati a un singolo carattere, i nomi degli atomi
sono limitati a 4 caratteri, ecc. RasMol interpreta i seguenti CIF e mmCIF
tag: viene effettuata una ricerca attraverso più blocchi di dati per i tag desiderati, quindi a
un singolo set di dati può essere composto da più blocchi di dati, ma più set di dati
potrebbero non essere impilati nello stesso file.

SPECIFICHE PER LA MACCHINA SUPPORTO

Nelle sezioni seguenti, il supporto per Monocromo X-Windows, Tcl/Tk PCI, UNIX Prese
basato PCI, compilazione Ras Win con Borland e MetroWerks sono descritti.

Monocromo X-Windows Assistenza
RasMol supporta le numerose workstation UNIX monocromatiche tipiche del mondo accademico,
come workstation SUN di fascia bassa e terminali X NCD. La versione X11 di RasMol
(quando compilato in modalità a 8 bit) ora rileva i display X-Windows in bianco e nero e
abilita il dithering automaticamente. L'uso del dithering della diffusione dell'errore di runtime
significa che tutte le modalità di visualizzazione di RasMol sono disponibili in modalità monocromatica. Per
migliori risultati, gli utenti dovrebbero sperimentare con il comando set ambient per garantire il
massimo contrasto nelle immagini risultanti.

Tcl/Tk IPC supporto
La versione 4 della libreria grafica Tk ha cambiato il protocollo utilizzato per comunicare tra di loro
Tk applicazioni. RasMol versione 2.6 è stata modificata in modo che potesse comunicare
sia con questo nuovo protocollo che con il precedente protocollo versione 3 supportato da RasMol
v2.5. Sebbene le applicazioni Tcl/Tk 3.x possano comunicare solo con altri 3.x
applicazioni e applicazioni Tcl/Tk 4.x con altre applicazioni 4.x, queste modifiche
consentire a RasMol di comunicare tra i processi con entrambi i protocolli (potenzialmente
simultaneamente).

UNIX Prese basato IPC
L'implementazione UNIX di RasMol supporta la comunicazione socket in stile BSD. Un
meccanismo di presa identico è in fase di sviluppo anche per VMS, Apple Macintosh e
Sistemi Microsoft Windows. Ciò dovrebbe consentire a RasMol di visualizzare in modo interattivo
risultati di un calcolo su un host remoto. L'attuale protocollo funge da TCP/IP
server sulla porta 21069 che esegue le righe di comando fino al comando exit or
il comando smettere è digitato. Il comando esce dal server RasMol, il comando
smettere entrambi disconnettono la sessione corrente e terminano RasMol. Questa funzionalità
può essere testato usando il comando UNIX telnet 21069

compilazione Ras Win con Borland e MetroWerks
Sono state apportate numerose modifiche al codice sorgente durante il passaggio dalla versione 2.5
a 2.6 per consentire alla versione Microsoft Windows di RasMol di compilare utilizzando il
Compilatore Borland C/C++. Queste correzioni includono modifiche al nome per la libreria standard
e codice speciale per evitare un bug in _fmemset. Ulteriori modifiche sono state apportate nel
transizione da 2.6 a 2.7 per consentire la compilazione con i compilatori MetroWerks.

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