rate4site - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

rate4site - rilevatore di siti amminoacidici conservati

SINOSSI

rate4site [OPZIONI] -s

DESCRIZIONE

Il tasso di evoluzione non è costante tra i siti degli amminoacidi: alcune posizioni si evolvono lentamente
e sono comunemente chiamati "conservati", mentre altri si evolvono rapidamente e sono chiamati
come "variabile". Le variazioni di velocità corrispondono a diversi livelli di purificazione
selezione che agisce su questi siti. La selezione purificatrice può essere il risultato di una selezione geometrica
vincoli sul ripiegamento della proteina nella sua struttura 3D, vincoli a livello di amminoacido
siti coinvolti nell'attività enzimatica o nel legame del ligando o, in alternativa, a livello degli amminoacidi
siti che prendono parte alle interazioni proteina-proteina. Rate4Site calcola la relativa
tasso evolutivo in ogni sito utilizzando un modello evolutivo basato sulla probabilità. Ciò consente
tenendo conto del processo stocastico alla base dell'evoluzione della sequenza all'interno delle proteine
famiglie e l'albero filogenetico delle proteine nella famiglia. Il punteggio di conservazione
in un sito corrisponde al tasso evolutivo del sito.

METODOLOGIA

L'unico input obbligatorio per Rate4Site è un file MSA. Il programma calcola quindi un
albero filogenetico coerente con l'MSA disponibile (l'utente può anche inserire un
albero precalcolato). Calcola quindi il punteggio di conservazione relativo per ciascun sito in
l'MSA. Questo viene eseguito utilizzando un metodo bayesiano empirico o un massimo
metodo della verosimiglianza (Pupko et al., 2002). Le differenze tra i due metodi sono
spiegato in dettaglio in Mayrose et al (2004).

BIBLIOGRAFIA

Mayrose, I., Graur, D., Ben-Tal, N. e Pupko, T. 2004. Confronto tra tassi specifici per sito
Metodi di inferenza: i metodi bayesiani sono superiori. Mol Biol Evol 21: 1781-1791.

VERSIONI

-s MSA_FILE
Nome del file della sequenza di input. Sono supportati i seguenti formati: Mase, Molphy,
Phylip, Clustal, Fasta

-t Il nome del file dell'albero di input (in formato Newick)

-o FILE DI USCITA
Il file di output dei risultati

-a Nome della sequenza di riferimento nell'MSA. I punteggi di conservazione vengono stampati in base a
amminoacidi in questa sequenza.

-k Il numero di categorie Gamma discrete

-m Modello evolutivo. Sono supportati i seguenti modelli di amminoacidi:

DAY (-md), JTT (-mj), REV (-mr), aaJC (-ma), LG (-Ml), WAG (-Mw) .

Per i nucleotidi sono supportati i seguenti modelli: JC (-mn), HKY (-Mh), Tamura92 (-Mt), GTR (-Mg).

-b Flag di ottimizzazione delle lunghezze delle diramazioni:

-bn = nessuna ottimizzazione delle lunghezze dei rami

-bh = ottimizzazione utilizzando un modello omogeneo (nessuna variazione della frequenza tra siti)

-bg = ottimizzazione utilizzando un modello Gamma

-i Flag del metodo di inferenza della frequenza:

-Im = i tassi vengono dedotti utilizzando il metodo della massima verosimiglianza

-Ib = i tassi vengono dedotti utilizzando il metodo empirico di Bayes

-z Metodo di costruzione dell'albero

zj = Albero di giunzione dei vicini con distanze di Jukes-Cantor

zn = Albero di unione dei vicini con distanze di massima verosimiglianza

-h Breve messaggio di aiuto

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