Questo è il comando STAR che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
STAR - allineatore universale ultrarapido RNA-seq
DESCRIZIONE
Allineamento delle trascrizioni congiunte a un software di riferimento (STAR) basato su un precedente
Algoritmo di allineamento RNA-seq non descritto che utilizza la ricerca seme sequenziale massima mappabile
in array di suffissi non compressi seguiti da cluster di semi e procedura di cucitura. STELLA
supera gli altri allineatori di un fattore >50 nella velocità di mappatura, allineandosi all'essere umano
genoma 550 milioni di letture paired-end 2 × 76 bp all'ora su un modesto server a 12 core, mentre
allo stesso tempo migliorando la sensibilità e la precisione dell'allineamento. Oltre a imparziale de
novo rilevamento di giunzioni canoniche, STAR può scoprire giunzioni non canoniche e
trascrizioni chimeriche (di fusione) ed è anche in grado di mappare sequenze di RNA a lunghezza intera.
Utilizzando il sequenziamento Roche 454 degli ampliconi della reazione a catena della polimerasi a trascrizione inversa,
gli autori hanno convalidato sperimentalmente 1960 nuove giunzioni di splicing intergenico con un 80-90%
tasso di successo, corroborando l'elevata precisione della strategia di mappatura STAR.
SINOSSI
STAR --opzione1-nome valore-opzione1--nome-opzione2 valore/i opzione2 ...
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