Questo è il comando vcf_filter che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
vcf_filter - Filtra un file VCF
SINOSSI
filtro_vcf [-h] [--nessun-cortocircuito] [--nessun-filtrato] [--uscita OUTPUT] [--script-locale
LOCAL_SCRIPT] filtro di ingresso [filter_args] [filtro [filter_args]] ...
DESCRIZIONE
Questo script fa parte di PyVCF.
VERSIONI
posizionale argomenti:
input File da elaborare (usare - per STDIN) (predefinito: Nessuno)
opzionale argomenti:
-h, --Aiuto
Mostra questo messaggio di aiuto ed esci. (predefinito: falso)
--no-cortocircuito
Non interrompere l'elaborazione del filtro su un sito se viene attivato un filtro (impostazione predefinita: False)
--produzione USCITA
Nome file per l'output [STDOUT] (predefinito: <_io.TextIOWrapper name=' 'modalità='w'
codifica='ANSI_X3.4-1968'>)
--no-filtrato
Emetti solo i siti che passano i filtri (impostazione predefinita: False)
--script-local SCRIPT_LOCALE
File Python nella directory di lavoro corrente con le classi del filtro (impostazione predefinita: nessuna)
mgq:
Filtra i siti con solo varianti di bassa qualità. È possibile avere un sito alto
qualità con molte chiamate di bassa qualità. Questo filtro richiede che almeno una chiamata sia superiore
una qualità soglia.
--qualità-genotipo GENOTIPO_QUALITÀ
Filtra i siti senza genotipi al di sopra di questa qualità (predefinito: 50)
solo snp:
Scegli solo le varianti SNP
DP:
Soglia di profondità di lettura per campione
--profondità-per-campione PROFONDITÀ_PER_SAMPLE
Copertura minima richiesta in ogni campione (predefinito: 5)
dps medio:
Soglia profondità di lettura media per campione (read_depth / sample_count)
--avg-profondità-per-campione AVG_DEPTH_PER_SAMPLE
Copertura media minima richiesta per campione (predefinito: 3)
EB:
Filtra i siti che sembrano errori di sequenza correlati. Alcune sequenze
tecnologie, in particolare il pirosequenziamento, producono hotspot di mutazione dove c'è un
livello costante di rumore, producendo alcuni richiami di riferimento e alcuni richiami eterozigoti. Questo
filter calcola un fattore di Bayes per ogni sito confrontando la verosimiglianza binomiale
delle profondità alleliche osservate sotto: * Un modello con errore costante pari al
MAF. * Un modello in cui ogni campione è la ploidia riportata dal chiamante. La prova
value è il log del fattore di bayes. I valori più alti hanno maggiori probabilità di essere errori.
Nota: questo filtro richiede rpy2
--eblr EBLR
Filtra i siti al di sopra di questo rapporto di probabilità del registro degli errori (impostazione predefinita: all'10 ottobre)
mq:
Filtra siti di bassa qualità
--qualità-sito SITO_QUALITÀ
Filtra i siti al di sotto di questa qualità (predefinito: 30)
Usa vcf_filter online utilizzando i servizi onworks.net
