Questa è l'app Linux denominata AMBIENT per l'esecuzione in Linux online la cui ultima versione può essere scaricata come ambient-1.3.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata AMBIENT per l'esecuzione in Linux online con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
AMBIENT per funzionare in Linux online
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DESCRIZIONE
IMPORTANTE: Dalla pubblicazione del metodo AMBIENT in BMC Sys Bio sono stati effettuati diversi aggiornamenti. Se desideri utilizzare la versione utilizzata nel documento, è la v0.6.3, tuttavia ti consiglio di utilizzare l'ultima versione che funziona allo stesso modo ma con opzioni aggiuntive e presenta miglioramenti della stabilità e delle prestazioni. Grazie per il tuo interesse!AMBIENT (Active Modules for Bipartite Networks) è un modulo Python che utilizza la ricottura simulata per trovare aree di una rete metabolica (moduli) che hanno alcune caratteristiche coerenti. AMBIENT non richiede percorsi predefiniti e fornisce previsioni altamente specifiche delle aree del metabolismo interessate.
Ad esempio, i punteggi per le reazioni basati sui dati trascrizionali dei loro geni codificanti annotati possono essere utilizzati nella rete e possono essere trovati moduli di cambiamenti di espressione coordinati. Ciò fornisce un'alternativa alle analisi di arricchimento del percorso/set genico che è contemporaneamente più flessibile e più specifica.
Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
Python
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/ambient-bio/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
